诺禾十年:十篇经典高分文章见证基因科技十年发展(二)

2021-03-23    编辑:诺禾致源

十年来,诺禾致源紧密追踪科学研究方向和实验技术手段的革新和方向,在全球范围内与众多学术机构建立了广泛的合作关系,完成多项具有国际先进水平的基因组学研究工作,截止2020年12月,诺禾致源与项目伙伴合作发表SCI文章600余篇,累积影响因子超过4270。这些文章记录了诺禾致源一步步发展成为生命科学领域科技服务龙头企业,也见证了基因科技的十年发展。


在这里,我们选出十篇最具代表性的优秀文章,致敬每一位基因科技发展路上的攀登者。



高分文章详解Part 2



2018 Nature Genetics - 陆地棉核心种质开发 IF:27.6


该研究首次完成了来自主要棉产国的419份陆地棉核心种质的基因组重测序,通过比较核心种质与野生种系全基因组功能基因SNP变异,首次为育种改良提供重点关注基因。通过对13个纤维相关性状GWAS分析首次明确了不同性状遗传位点分布的重点染色体。此项成果获评2019中国农业科学10大进展之一,标志着我国在棉花基因组变异和纤维性状遗传领域取得重大进展,棉花核心种质重要性状表型、基因组变异和分子标记鉴定以及新基因发掘跃居国际领先行列,帮助棉花育种从“海选”走向“定制”。截止2021年3月,文章已被引用134次。诺禾致源作为共同第一作者和通讯作者参与实验设计到文章发表全程研究,以实际行动推进基础科研转化技术应用,全力支持农业基础科研助力分子育种应用的使命。



2019 Gut-肝癌多组学IF=17.943


该文章选择8位典型肝细胞癌患者,共取42个不同区域的肝癌组织样本进行多组学整合研究。该研究首次结合基因组、转录组、单细胞转录组、蛋白质组、代谢组等和CyTOF等6个平台数据对肝细胞癌进行深入挖掘,通过免疫细胞浸润情况对高度异质性肝细胞癌样本实现免疫分型。该研究有效推进肝细胞癌患者临床诊断和预后评估,取得肝细胞癌研究重要进展。截止2021年2月,该文章已被引60次。该文章也是诺禾致源首次合作发表的癌症蛋白基因组联合分析的项目文章,展现了诺禾致源多组学项目联合分析的实力。



2020 Nature -人前列腺癌基因组 IF 43.07


该研究针对208例中国前列腺癌患者进行深度全基因组测序、DNA甲基化测序和转录组测序,并与2,554例西方前列腺癌患者数据进行比较,全面描绘了中国人基因组、DNA甲基化和转录组特征,绘制了首个中国人前列腺癌图谱,发现了非编码突变、SVs和表观突变的致瘤潜力,为未来中国前列腺癌患者诊断和治疗提供分子基础。


该研究是迄今为止规模最大的中国前列腺癌人群研究,也是诺禾致源首次承担前列腺癌队列测序分析的重大合作性项目。截止2021年2月,该文章已被引17次。



2020 Science-小麦抗赤霉病主效基因 Fhb7 IF=41.845


赤霉病(FHB)对小麦毁灭性强且防治困难,严重危害粮食和食品安全,是农业领域的世界性难题。该研究成功克隆出长穗偃麦草中抗赤霉病主效基因Fhb7,揭示了其抗性机制,为小麦抗病育种提供解决方案。


作为我国小麦研究领域首篇Science和小麦重要功能研究的首篇CNS主刊文章,美国科学院院士邓兴旺教授评价“其报道的五大研究内容精辟,其中任何一个进展皆足以在任何权威期刊上进行发表”,“Fhb7看来是通过水平基因转移 (HGT) 从真菌转入植物!这是一个极其少见的生物基因跨界转移现象”。中国工程院院士康振生教授点评“本研究还首次提供了真核生物间核基因组 DNA 水平转移的功能性证据,为进一步探索植物抗病基因和基因组进化机制提供了一条新途径”。小麦领域贾继增研究员高度评价“该研究是‘国家重大需求与科学问题结合’的成功范例,发表高水平的文章与解决实际问题是相互促进的,进一步体现了我国当前在小麦基因组及赤霉病研究的国际地位”。



2020 Genome Biology-肠道微生物的抗流感机制 IF=14.028


流感是一种急性传染性呼吸道疾病,严重威胁着人类的健康与生命安全。全球每年有近 10亿人遭受流感影响,其中包括 300-500万的严重病例以及高达 50 万的死亡病例。肠道微生物在保护宿主免受流感病毒感染方面起着重要的作用,但目前关于肠道微生物抵抗流感的机制仍然存在很多未知。该研究证实宿主能够通过增加自身肠道益生菌来抵抗流感病毒的感染,反映了一种全新的宿主与肠道菌群之间的相互作用,进一步揭示了肠道微生物的抗流感机制。该研究得到了国际合作项目和国家重点研发计划的资助。被“热心肠日报”、“华中农业大学”、“科技日报”等报道,为抗流感益生菌的开发以及感染愈后分子标识的筛选奠定了基础。


参考文献:


[1]Lu S, Zong C, Fan W, et al. Probing Meiotic Recombination and Aneuploidy of Single Sperm Cells by Whole-Genome Sequencing[J]. Science, 2012.

[2]Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature Genetics, 2013.

[3]Zhou X, Wang B, Pan Q, et al. Whole-genome sequencing of the snub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutionary history[J]. Nature Genetics, 2014.

[4]Li Y, Zhou G, Ma J, et al. De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity and agronomic traits[J]. Nature Biotechnology, 2014.

[5]Zhang T, Hu Y, Jiang W, et al. Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1)  provides a resource for fiber improvement[J]. Nature Biotechnology, 2015.

[6]Ma Z ,  He S ,  Wang X , et al. Resequencing a core collection of upland cotton identifies genomic variation and loci influencing fiber quality and yield[J]. Nature Genetics, 2018.

[7]Zhang Q, Lou Y, Yang J, et al. Integrated multiomic analysis reveals comprehensive tumour heterogeneity and novel immunophenotypic classification in hepatocellular carcinomas[J]. Gut, 2019.

[8]Li J, Xu C, Lee H J, et al. A genomic and epigenomic atlas of prostate cancer in Asian populations[J]. Nature, 2020.

[9]Wang H, Sun S, Ge W, et al. Horizontal gene transfer of Fhb7 from fungus underlies Fusarium head blight resistance in wheat[J]. Science, 2020.

[10]Zhang Q,  Hu J,  Feng J W, et al. Influenza infection elicits an expansion of gut population of endogenous Bifidobacterium animalis which protects mice against infection[J]. Genome Biology, 2020.


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