关于本指南

声明:

诺禾致源拒绝接收《人间传染的病原微生物名录》中危害程度为第一、第二类的高致病组织、血液、细菌等样品,只接收提取得到的核酸样品。 危害程度为第三、第四类的致病性或传染性的组织、血液、细菌等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。

样品寄送时应采用WHO提出的三级包装系统,第一层容器:装样品,要求防渗漏;第二层要求耐受性好、防渗漏,容纳并保护第一层容器;第三层容器:放在一个运输用外层包装内。在第二层包装注明“致病性样品,接收时请注意”字样,并在样品信息单上注明其危害程度及接收注意事项。 此类样品寄送时销售或运营经理务必邮件通知样品组,告知样品组相关寄送信息(快递单号、样品类型、样品数量)以及接收时的防护措施和注意事项。

提取风险提示和注意事项:

核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。

取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染。


第一章 植物

1.1 植物组织样本说明

(1)植物主要包括禾本科植物、十字花科、常见作物、林木、常见蔬菜和花卉、中药、蕨类或苔藓。

(2)样本的取材优先选择核酸含量相对较高的组织,尤其是三代超长片段建库。幼嫩的组织最佳,如幼叶,幼芽。由于组培苗的愈伤组织DNA不稳定,组培苗个别分析中不建议使用。

(3)采集新鲜样本,尽快将采集好样本进行清洁整理,迅速置于低温保存或运输,减少植物中化合物的氧化对核酸的影响。

(4)建议在采集样本之前,将样本置于黑暗环境24-48小时后再取材。

1.2 植物组织样品

1.2.1 三代DNA测序

(1)样品总量(干重):pacbio三代文库≥2g,ONT三代文库≥2g,Ultra long文库≥3g;

(2)样品类型:新鲜幼嫩组织样、冻存幼嫩组织样或幼苗活体样,要求取新鲜幼嫩叶片/嫩芽,避免根茎组织。含多糖多酚的植物需要提前沟通送样时间,并备注样本为多糖或多酚,当天进行提取;

(3)样品运输:新鲜组织摘取后,立即进行表面消毒。可依次使用75%酒精冲洗-无菌水冲洗,用吸水纸吸干多余水份。使用剪刀去除木质化严重的部位(如叶脉)。液氮冻存前,进行分装。将组织放入预冷的冻存管、15ml/50ml离心管或者自封袋中,然后-80℃保存。如用锡箔纸包装组织样品,折叠时需有纹理可循,并将锡箔纸放入自封袋中,避免打开锡箔纸时样品洒落,干冰运输。如寄送样本为活体植株,应注意运输中对叶片的损伤,送样前联系销售或运营,确保收样时能及时保证样本存活情况。

1.2.2 Hi-C

(1)样品需要量:最低1g,最好送样3g以上;

(2)样品准备:最好是提供一叶或者两叶苗期的全部植物或者部分植物组织,对于富含多酚类的物种最好提供子叶组织;若为成熟植株,请选择幼嫩叶,或是除幼嫩叶片外的其他幼嫩组织,避免根茎;其次是提供在黑暗条件处理2~3天的植物组织;

(3)样品运输:参考1.2.1中运输要求

1.2.3 BioNano

样品状态:优先选择低龄幼苗、组培苗;其次选择成熟植株的茎尖幼嫩叶片;

取样部位:

(1)种子培育的低龄幼苗、组培苗:全部叶片、部分幼嫩茎;

(2)成熟植株:茎尖组织及靠近茎尖的第1-2片幼嫩叶片;

取样量:每一个项目样品的理论用量6g;

注:对于需要保留茎尖的特殊情况,取样时不取茎尖组织,只取紧靠茎尖的第1-2片嫩叶;

因为光图对于样品自身杂质含量要求比较高,所以对于富含油脂(如松叶,柏枝等),多糖多酚(如地黄,棉花等)以及富含生物碱(如千层塔等中药材)的植株,最好准备黄化的种子幼苗或者组培苗。

样品运输:

(1)新鲜组织样,取样时尽量保留叶柄,用湿巾擦拭干净去掉表面灰尘后,使用潮湿的吸水性较好的纸或纱布包裹,不要让材料干枯,但不能太湿,以免泡坏样品,材料珍贵的样品,请一片片叶片分开包裹,不要重叠,以防叶片烂毁浪费,新鲜材料的运输,从-20℃取出的冰袋不要直接接触样品,以免造成保湿用纸结冰,导致样品局部冻伤;

(2)冻存组织样,新鲜组织摘取后,进行表面清理剪取偏成熟部位后,液氮快速冷冻,-80℃保存,干冰运输。

(3)幼苗活体样,建议非寄送,由人员带到公司,避免植株损伤。如特殊情况只能进行邮寄,请与诺禾致源后台进行联系。

1.2.4 三代RNA测序

(1)样本量:新鲜植物组织干重:nanopore文库≥0.5g,Pacbio 文库≥1g,成熟部位,例如植物茎、根、种子等部位建议 2 倍以上送样。

(2)样本类型:采集于新鲜植物组织。

(3)样本运输:一般不建议采用 RNA later 或者 locker 等 RNA 保护液进行送样,植物样品不建议使用 TRIzol 送样。若野外采集不便使用液氮情况下,可以考虑采用此方法,注意完全按照 RNA 保护液相关说明进行操作。尽量使组织块尺寸保持在 5mm 左右,过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀的渗透到组织细胞,最后将离心管口用封口膜包好,-80℃冷冻送样。

1.3 特殊植物组织样品

(1)特殊植物样品类型:多糖多酚类植物,例如;番薯;次生代谢产物较丰富的植物,例如中药材植物;生境潮湿的苔藓或水生植物

(2)特殊植物送样量:pacbio三代文库≥4g,ONT三代文库≥4g,Ultra long文库≥6g。

(3)样品类型:新鲜组织样或幼苗活体样,要求取新鲜幼嫩叶片/嫩芽,避免根茎组织,最好准备黄化的种子幼苗或组培苗;

(4)样品准备:由于水生环境/潮湿环境,造成其容易有污染,因此需要注意取样后清理,排除外源污染,适当时需要进行抗生素培养;

(5)样品运输:新鲜组织样,取样时尽量保留叶柄,用潮湿的吸水性较好的纸或纱布包裹,


第二章 脊椎动物

2.1 脊椎动物组织样本说明

(1)脊椎动物组织样本主要包括:哺乳动物、鸟类、爬行动物以及两栖动物。

(2)送样需要选择新鲜采集的样本,尤其是三代超长片段建库。样本的取材优先选择核酸含量相对较高的组织,DNA测序用样本制备优先级:血液>内脏>肌肉。

(3) 组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。

(4)用于DNA/RNA样品制备实验的组织样品处理及切割过程应在冰上尽可能快速进行,时间过长会导致样品降解。

(5)反复冻融和长期保存的组织有更多的降解风险。客户应确保寄送之前组织没有被反复冻融,特别是动物肝脏,脾脏,肾脏,心脏,脂肪,脑,肿瘤等有较高RNA酶/DNA酶活性的组织。

(6)对肿瘤组织的取材,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。

(7)液氮冷冻方式是多数组织样品选取的处理方法,详解如下:

a)组织取样前需准备好冷冻组织的足量液氮,预装样品的15/50 mL冻存管,管盖须钻孔(防止管子内液氮体积膨胀爆炸),并在离心管内加满液氮;

b)组织离体后需快速清洗,立即浸入装有液氮的冻存管中彻底冷冻(避免将样品先放入离心管,再将离心管放到液氮中);样品彻底冷冻后,再将样品转至-80℃保存;

c)无法使用冻存管采集保存的样品,离体后仍需将样品立即浸入液氮彻底冷冻,再选用合适的容器包装,包装后需再浸入液氮中彻底冷冻一次,最后将样品转至-80 ℃保存。

注:客户在送样之前需做好样品分离、解剖等处理,严禁寄送活体动物,提取组不便进行样品的解剖工作(如取昆虫的头部、动物的内脏等)。组织样品如需同时提取RNA和DNA,建议将样品分两份送样。

冻存管示意图

组织样本与重量示意图

2.2 脊椎动物组织样品

2.2.1 三代DNA测序

(1)样本量: 样品总量(干重):pacbio三代文库≥2g,ONT三代文库≥2g,Ultra long文库≥3g。细胞样本:不低于10的6次方个细胞。

(2)样本类型:采集于动物鲜活组织。组织优先级:肾脏>心脏>肝脏>肌肉等,采集样品时应选取核酸含量较多的部位(不推荐动物性腺、脑组织等代谢速率快的组织)。

(3)样本准备:采集组织后立即用预冷的0.9%生理盐水进行漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织和毛发等非研究组织,将样品分割成50 mg左右的小块(约黄豆大小,组织块越小,保存效果越好),立即液氮速冻,冻存后放入预冷的带螺旋帽的1.5 mL或2.0 mL的冻存管中(不建议将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的EP管中,因密封袋经过液氮速冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染,不带螺纹旋盖的EP管容易渗入液氮,导致管内体积膨胀爆管),然后用封口膜封口,-80℃保存。样品分割和处理时应尽量在冰上进行,防止样品降解。避免装样太满以至冻裂,造成样品污染。

(4)样本运输:寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证诺禾开箱验收时有足够干冰剩余。

(5)其他:如果计划采用组织内核酸稳定剂保存样本,请严格按照试剂说明书要求规范操作,取材时使组织块保持在试剂要求的大小范围,以保证试剂充分渗透,以免引起降解。

2.2.2 Hi-C

(1)样品总量:肝脏、肾脏、脑、肌肉等组织不低于1g;脂肪组织不低于3g(脂肪组织较难处理,中间损失会较多);细胞样本:不低于10的6次方个细胞。

(2)样品类型:采集于动物鲜活组织。组织优先级:细胞样本>肾脏>心脏>肝脏>肌肉等

(3)样品运输:

a)直接寄送组织:取新鲜的动物组织不低于1g(脂肪不低于3g),放入冻存管中,然后将冻存管放入液氮中速冻30min;如果组织块比较大,可以将组织放入自封袋中,然后用锡箔纸包裹起来,放入液氮中速冻30min;液氮速冻之后,转至-80℃保存。

b)将组织准备成细胞系:胶原酶消化法制备单细胞悬液,组织处理:彻底去除表皮毛发等杂质,用酒精擦拭表皮,获取无菌组织;放入加有1%-5%PS的PBS或者DMEM中,多次漂洗(10次左右,越多越好),剔除组织间的血管、结缔组织等,尽量得到纯净的组织,如肌肉/脂肪/真皮等;

c) 破碎组织:将处理干净的组织放入35mm培养皿中,用灭菌处理的剪刀剪碎至1mm3的组织碎块(尽量碎),然后转移到15ml的离心管或者灭菌处理的锥形瓶中;加入3-5倍体积的0.1%Ⅰ型胶原酶,37℃消化1h左右,直到组织变粘稠/澄清,观察细胞消化情况;再加入等体积0.25%胰酶消化5-15min,再次观察消化情况,可适当延长胰酶消化时间至20-30 min;将消化好的细胞依次用70 µm和40 µm滤膜过滤组织,得到细胞悬液;过滤后的细胞悬液用1000 rpm转速离心5 min,收集下层细胞;用3-5ml完全培养液重悬细胞,计数。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。

2.2.3 BioNano

(1)样本量:组织量30-50mg/管,送2管。

(2)样品类型:建议优先选择新鲜血液;其次是选择娇嫩的器官,优先选择脾脏,肝脏,肾脏。

(3)样品运输:

a)冷冻前组织需要是新鲜的,从未解冻过的。如果组织已经大块冷冻,可切下30-50mg送样,操作全程需保持整块组织冷冻(可在液氮或干冰环境下进行切割)。如果不能切割,可整块组织送样,如有需要可安排后续返样。

b)将30-50mg组织块放入离心管或冻存管中,每管一块组织。如果组织新鲜,先切到合适的量后放到管中再速冻整管。将组织放入事先预冷的离心管中,液氮速冻,确保组织不会黏住管壁难以取出。

c)冻存管中的样本可放置在-80度冰箱保存,需要邮寄时干冰运输。

注:Bionano一次提取至少需要10mg左右的组织,不同组织类型提取投入量可能不同,如本身组织量较少时,建议联系诺禾销售沟通。


2.2.4 三代RNA测序

(1) 样本量:新鲜动物组织干重:nanopore文库≥0.3g,Pacbio 文库≥0.8g,核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量。

(2) 样本类型:采集于动物鲜活组织。

(3) 样本运输:动物组织建议将样品分割成 5mm 左右大小的小块,分装于冻存管中冷冻送样,便于后续取样、研磨等操作,减少长时间取样造成降解。

第三章 节肢动物

3.1 节肢动物组织样本说明

(1)节肢动物主要包括昆虫以及虾蟹类动物。

(2)送样需要选择新鲜采集的样本,尤其是三代超长片段建库。某些吸血性昆虫,例如蚊子,血吸虫,该类型样本存在外源污染需要进行切腹处理

(3) 组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。

(4)取样操作需在冰上进行,避免样本的冻融,详细说明可参考第二章脊椎动物样本说明。

3.2 节肢动物组织样本

3.2.1 三代DNA测序(具体取样细节与脊椎动物相符

(1)例如蚂蚁、蚊子等个体较小的昆虫,可直接放入冻存管中,液氮速冻;

(2)例如蜜蜂、毛毛虫等个体较大的昆虫,取活体组织后,用预冷0.9%生理盐水清洗后,吸干体表液体。将组织样本分成约50 mg左右。液氮速冻后,放入干净的冻存管中;

(3)甲壳类节肢动物,例如对虾、螃蟹等,预冷0.9%生理盐水清洗活体组织,解剖后选取软组织,切割成50 mg的组织块(约黄豆粒大小),液氮速冻后置于冻存管中;

(4)所有样本均需经液氮速冻后置于-80℃低温保存,并选择干冰运输寄送样本。

3.2.2 Hi-C

(1)样品类型:采集于动物鲜活组织。

(3)样品运输:取新鲜的组织不低于1g,放入冻存管中,然后将冻存管放入液氮中速冻30min;如果组织块比较大,可以将组织放入自封袋中,然后用锡箔纸包裹起来,放入液氮中速冻30min;液氮速冻之后,转至-80℃保存。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。

3.2.3 BioNano

卵或幼虫,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输,总量1g/管,送2管。

3.2.4 三代RNA测序

(1)样本量:新鲜动物组织干重:nanopore文库≥0.3g,Pacbio 文库≥0.8g,核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量。

(2)样本类型:采集于动物鲜活组织。

(3)样本运输:动物组织建议将样品分割成 5mm 左右大小的小块,分装于冻存管中冷冻送样,便于后续取样、研磨等操作,减少长时间取样造成降解。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。


第四章 水产类

4.1 水产类组织样本说明

(1)水产类包括淡水鱼类、海水鱼类、贝类、藻类。

(2)送样需要选择新鲜采集的样本,尤其是三代超长片段建库。海水类物种需要进行淡化处理。

(3)组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。

(4)取样操作需在冰上进行,避免样本的冻融。

4.2 水产类组织样本

4.2.1 三代测序

(1)样本量:优先选用新鲜采集的样品送样,稀有样本可酌情选取冻存组织。采集样品时应选取核酸含量较多的部位。样品总量(干重):pacbio三代文库≥3g,ONT三代文库≥1g,Ultra long文库≥2g。

(2)样本类型:样品采集时建议活体取材后用预冷的0.9%生理盐水进行漂洗,以去除血渍和污物,将样品分割成50 mg左右的小块(约黄豆大小,组织块越小,保存效果越好),样品分割和处理时应尽量在冰上进行,防止样品降解。避免装样太满以至冻裂,造成样品污染。

(3)藻类样本:大型藻类送样量(干重)不少于3g,单细胞藻类(干重)不少于1g。建议藻类可提前使用抗生素处理

注:水产类样品需尽量保证为新鲜个体。尽量避免寄送保存时间较长或经过反复冻融的组织样品。针对软体动物可先使用75%的乙醇进行漂洗,漂洗干净后液氮冷冻,干冰运输;针对刺胞动物,可去除头部和肠道等部位,保留肌肉外壁用于提取。

4.2.2 Hi-C

组织样本类:

(1)样品类型:采集于动物鲜活组织。

(3)样品运输:取新鲜的组织不低于1g,放入冻存管中,然后将冻存管放入液氮中速冻30min;如果组织块比较大,可以将组织放入自封袋中,然后用锡箔纸包裹起来,放入液氮中速冻30min;液氮速冻之后,转至-80℃保存。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。

单细胞藻类样本:

(1)需要量:最低要求每次2×106,每份不超过2×107个细胞。请注明样品提交表格每个样品细胞的总数量。建议发送多份(2-3)样品,允许重复提取。

(2)样品准备:选择新鲜的单细胞藻类,使之保持存活。

(3)运输方式(室温):将藻类置于培养液中,用隔温容器运输(为避免极端的外界温度影响),运输时间12小时~2天。

4.2.3 BioNano

(1)藻类样本:单细胞藻类按照1个plug需要包埋9x105,如果包埋5plug,建议细胞量为5x106个。

(2)组织样本:选择娇嫩的组织部位。取出的组织液氮速冻,-80℃保存,干冰运输。组织量500mg/管,送两管。

(3)鱼类血液样本:新鲜采取的血液,要加抗凝剂,抗凝剂可以根据客户自己平常的研究来确定。采样后,请妥善-80℃保存好,运输到实验室前不能有过冻融。取好的样品一周内送到实验室,超过一周请重新准备样本。血液一般需求量为100ul/管,送2管。

4.2.4 三代RNA测序

(1) 样本量:新鲜组织干重:nanopore文库≥0.3g,Pacbio 文库≥0.8g,核酸不丰富部位建议酌情增加送样量。

(2) 样本类型:建议将样品分割成 5mm 左右大小的小块,分装于冻存管中冷冻送样,便于后续取样、研磨等操作,减少长时间取样造成降解。

(3) 藻类样本:大型藻类送样量(干重)不少于3g,单细胞藻类(干重)不少于1g。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。


第五章 DNA样本

5.1 核酸样本说明

5.1.1 核酸样本检测方法

客户在核酸样本寄送前,需提供样本基本质控结果,常见样本质控包括Qubit®、NanoDropTM、AGE(琼脂糖凝胶电泳)或者Agilent 2100中一种或多种形式的样品分析结果。

5.1.2 核酸样本检测项目及说明

v:体积(Volume),样品(溶液)体积。

m:总量(Total Mass),DNA/RNA总量。

c:浓度(Concentration),DNA/RNA浓度。

28S/18S:28S/18S比值,真核生物rRNA中28S与18S比值,反映真核RNA完整性。

28S/16S:28S/16S比值,原核生物rRNA中28S与16S比值,反映原核RNA完整性。

OD260/280:OD260/280比值,DNA/RNA检测中260与280吸光度值比,反映DNA/RNA纯度。

OD260/230:OD260/230比值,DNA/RNA检测中260与230吸光度值比,反映DNA/RNA纯度。

样品分类

Level A:A类样品,指的是质量满足建库测序需求,且总量可以满足2次或者2次以上建库需求的样品。

Level B:B类样品,指的是质量满足建库测序需求,且总量可以满足1次但不足2次建库需求的样品。

Level C:C类样品,指的是质量不完全满足建库测序需求,可以风险建库测序但不保证测序质量样品。

Level D:D类样品,指的是质量完全不满足建库测序需求,不建议使用的样品。

风险与建议

总量不足或浓度过低存在以下风险:1、文库构建可能失败;2、文库产量低不能上机测序或测序数据不足;3、影响文库随机性、数据覆盖度偏低。因此对于核酸总量不足、过低或降解的样本,若仍需要建库,则请自行承担责任与风险。

降解样品:影响文库随机性,可造成duplication偏高等。

5.1.3 核酸样本制备要求

(1) 提取好的基因组 DNA 应溶解于不含有 EDTA 的 PH 8.0 缓冲液中,可溶解于 10mM Tris-Ac、Tris-HCl 或 ddH2O 中。

(2) 样品溶液澄清无色,无不可溶解物质,无 RNA 污染。

(3) 不含螯合剂(如 EDTA),二价金属阳离子(如 Mg2+),变性剂(如胍盐, 苯酚)、去污剂(如SDS,Triton-X100),不含生物组织中的污染物(如血红素、腐殖酸、多酚)。

(4) 样品避免接触紫外线、荧光染料等可能损伤 DNA, 如过样本需要切胶纯化, 请使用 SYBR®Safe (Invitrogen) 染料并使用蓝光成像。

(5) 样品不要暴露在高温(>65℃ 1 h 以上)或极性环境中(pH<6 或 pH>9) 如果样本来源生物的生存环境属于极端环境,提取样品前请与我方沟通提取方案。

(6) 样品切忌反复冻融,运输过程务必全程保持低温,如果基因组天然降解情况严重,建议联系诺禾销售沟通。

5.2 三代建库

由于三代测序对样本质量要求较高,请务必按照以下送样标准,并仔细纯化样本,尽量避免多糖、蛋白质等残留。样本需要标注溶剂成分,溶解DNA的缓冲液不可含有EDTA,核酸样本不许含有以下物质:颗粒物质、螯合剂、二价金属阳离子、变性剂和洗涤剂、荧光染料,不得是EB凝胶回收产物。核酸样本不可反复冻融,不可存放于高温、极端PH环境中,建议干冰运输。

文库类型 Pacbio三代文库 ONT三代文库 ONT Ultra long文库
总量 ≥10ug(一次建库) ≥10ug(一次建库) ≥40ug(一次建库)
主带 ≥40kb ≥40kb ≥100kb
纯度 260/280 需在 1.8-2.0 之间,A260/230 在 1.9-2.4 之间
纯度 ≥80ng/μl
NC/QC 0.95-3.0

注:NC:QC 样品 NanoDrop 所测浓度与 Qubit 所测浓度比值;含乙醇的DNA样本需提前告知。

(1)样品运输:DNA可溶解在TE buffer或ddH2O中,样品送样前需保持在4℃,碎冰邮寄,或根据具体情况用干冰邮寄,切忌反复冻融;

(2)样品检测:对于收到的DNA样品,诺禾致源将用1 µl的DNA去检测浓度(Nanodrop和Qubit分别检测),用200 ng的DNA去上样,用脉冲电泳检测条带大小,如样品不符合建库要求会尽快将结果反馈给客户。

5.3三代建库(微生物)

5.3.1 单菌DNA送样量要求

(1)纯度要求:OD260/280=1.8~2.0,DNA 条带单一,无杂带,无 RNA、蛋白 质等杂质污染;

(2)样品浓度和总量要求:

产品 送样量
PB单菌 浓度≥70ng/μL,总量≥5μg
ONT单菌 浓度≥60ng/μL,总量≥6μg

(3)细菌和真菌 DNA 样本,请老师首先进行污染排查检测和物种鉴定,污染排查和物种鉴定方法:细菌可以扩增 16s 全长后送一代测序,真菌还需扩增 ITS全长,确定物种正确,无其他杂菌污染再送样;

(4)注意事项: ①菌液应当为对数生长时期; ②霉菌和蕈菌可能存在二倍体杂合度比较高的情况,而且也可能包含其他杂 菌,如果直接提取 DNA 送样,会影响后续染色体组装效果,建议先进行纯化培养,多传几代,可以取孢子分离纯培养,然后再提取 DNA 送样。

5.3.2 三代扩增子DNA送样量要求

5.3.2.1 DNA样本

(1)样品总量:DNA≥10 ng/μL,总量:DNA≥150 ng;

(2)需客户提供电泳图;

(3)送样时请使用干冰或冰袋运送(建议用干冰);

(4)DNA 要有明显主带,无降解,无 RNA、蛋白质等杂质污染,例如如下电泳图:

注:图中标为标准品,上样5μL(10ng/μL);M-1为Trans 2k plus,上样2μL;M-2Trans 15k plus,上样2μL;白色数字为样本序列号,原液上样5μL。

5.3.2.2 PCR样本

(1)PCR产物浓度≥20 ng/μL,PCR 产物总量≥400ng;

(2)PCR产物要经过纯化(如胶回收纯化),确保条带单一,无降解,无引物二聚体;

(3)PCR 产物需带有双端Barcode序列(注意区别于二代barcode序列,每个样本有成套barcode序列);

(4)需客户提供电泳图;

(5)送样时请使用干冰或冰袋运送。

5.3.3三代宏基因组DNA送样量要求

(1)样品总量:DNA浓度 ≥80 ng/μL,DNA总量≥5 μg(ONT平台)/ DNA总量≥10 μg(Pacbio平台);

(2)纯度要求:OD260/280=1.8~2.0,无 RNA、蛋白质等杂质污染;

注:三代样本1为A类,脉冲场电泳,主带在30K以上,基因组轻微断裂,轻微降解。

(3)注意事项: 人或动物组织样本meta,要避免宿主DNA的污染,如果宿主基因组序列占环境DNA比例较高,测序后得到的有效数据量很低,且我们无法通过已知宿主基因组序列去污染,会对后续分析结果造成较大影响。建议可通过以下方法尽量避免宿主DNA的污染:

① 取样时,尽量不要取靠近组织的部位;

② 提取时,采用适用于样本类型的 DNA 提取试剂盒;

③ 如果宿主有参考基因组,可以通过比对去除宿主基因组污染。

5.4 样本检测方法

(1) Invitrogen Qubit®Fluorometer

(2) Agarose Gel Electrophoresis

(3) NanoDropTM/酶标仪

(4) Agilent 2100 Bioanalyzer

5.5 样本检测使用量

样本类型 Qubit® AGE Agilent 2100 NanoDropTM/酶标仪 稀释度
DNA样品 1-3μL 100ng或5μL(低浓度样品) 1.5-3μL 1-2μL 如样品浓度 >= 200ng/μL 将用TE缓冲液稀释原液
RNA样品 - 100ng或5μL(低浓度样品) 0.5-3μL 1-2μL 如样品浓度 >=200ng/μL 将用 0.1% DEPC处理水稀释原液

核酸样本送样体积>20ul

5.6 DNA样本质控说明

DNA样本质量图示

质量好的DNA样本(推荐)

质量差的DNA样品(不推荐)

DNA样本文库构建风险

1. 总量不足:可能导致 a. 文库构建失败;b. 文库产量低不能上机测序或测序数据量不足;c. 影响文库随机性;d. 导致数据产量和覆盖度偏低;

2. 样品降解(尤其基因组样品):影响覆盖均一性和随机性;可造成duplication偏高等。

3. 含有杂质样本:可能造成文库构建失败,建议纯化后送样。


第六章 血液样本

6.1 血液样本说明

新鲜血样或是冻存血样样本均需要使用EDTA抗凝管进行采集并与抗凝剂充分混合,血液样本不建议保存时间过长,

6.2 三代DNA测序

样本类型 Pacbio三代文库 ONT三代文库 Ultra long文库
动物血液(哺乳类) ≥10ml ≥4ml ≥8ml
新鲜/冻存血液(人) 3-5ml以上 3-5ml以上 6-10ml以上
动物血液(红细胞有核类) ≥4ml ≥2ml ≥4ml
鱼类血液 ≥10ml ≥4ml ≥8ml
甲壳类(血淋巴) ≥10ml ≥4ml ≥8ml

(1)要求为全血样本,并加入抗凝剂,推荐使用EDTA抗凝的采血管收集样品(由于会影响实验,不能使用肝素抗凝),并将其放入50ml离心管中(以防冻存过程中发生采血管冻裂,导致血液损失);-80℃冷冻后,干冰运输。

(2)血液样本一定要避免反复冻融,如果血液放置时间过长,或经历过反复冻融,请务必提前沟通,以尽量保证血液样本核酸提取质量。因放置过久或经历过反复冻融的样本经常会发生细胞核破裂,核酸游离于血浆中。加入抗凝剂后的新鲜血液一般可以在4℃放置12-24小时,但经过速冻后的样本一定要低温保存。切记血液样本一定避免反复冻融。

(3)血液样品应使用塑料材质的采血管送样,避免使用玻璃材质采血管送样或装液太满,以至冻裂。

(4)新鲜血液样本:推荐 EDTA 抗凝采血管收集样品,或加EDTA/柠檬酸钠抗凝剂保存,4℃保存,冰袋运输(需在1天内送到)。

6.3 Hi-C

(1)样品总量:全血需提供分离并固定好的淋巴细胞,细胞量≥2.0×106/次。

(2)所需试剂:37%甲醛(sigma),Glycine(amresco),Lymphoprep(Stemcell)。

(3)分离淋巴细胞:

a)取15ml Lymphoprep于50ml离心管中,将2ml的新鲜血液缓慢平铺于上层(平铺血液时将离心管倾斜一定角度缓慢注入,避免两种液体混合在一起),800g 4℃离心20min。

b)经离心后,液体分层,PBMC所在的细胞层为白色,用移液器小心吸取该层细胞将其转移到干净的50ml的离心管中,避免吸到红细胞层。

c)加入1xPBS至30ml,300g,10min离心去上清;加入少量1xPBS,用手指轻弹重悬沉淀后再加满至30ml,5000g离心5min后去上清;重复一次。

d)加入1xPBS至10ml,进行细胞计数。(细胞数量需要≥2M)。

(4)固定:

a)在10ml的细胞悬液中,加入571µl 37%甲醛混匀(终浓度为2%),室温放置15min(每1、2分钟混匀一次)。加入1.14mL 2.5M甘氨酸混匀终止交联,室温放置5min,(每1、2分钟混匀一次),然后冰上放置15min。

b)将细胞悬液用500g 4℃离心10min,弃上清,细胞沉淀可以储存在-80℃。

(5)干冰寄送:寄送细胞时需要足够的干冰,以保证细胞在途中不融化。

6.4 三代RNA测序

样本类型 Nanopore 文库 Pacbio 文库
新采集的全血(加入 Trizol) ≥5ml ≥10ml
PAXgene 采血管 ≥2 管 ≥5 管

6.5 BioNano

6.5.1 血液(动物或人)样本

(1)当新鲜血液采集后运输并可在5天内运达的话,请参照如下指导:

a)用EDTA管采集血液。采集后的血液可放置到采血管混匀仪室温混匀15min,或手动轻柔缓慢颠倒混匀15次,确保无凝血现象。

注:Bionano提取需要1.5*106个白细胞作为提取的起始量。全血样本与抗凝剂充分混合,避免凝血现象,保证足够的白细胞数量,是全血样本提取成功的关键。

b)采血用封口膜封口后保存在4度,使用4℃冰袋运输(请勿使用-20℃冰袋)。

(2)新鲜血液打包运输指南

a) 将采血管放入密封袋中,塑料袋内放置吸水纸(吸附意外的泄露)。切勿用纸巾包裹采血管。

b) 使用泡泡纸松松地包裹密封袋。不要用胶带直接包裹或钉密封袋。

c) 将打包好的采血管放入体积足够的聚苯乙烯泡沫箱中,放入足够的冰袋(4℃),保证运输过程低温。如有需要,加入缓冲材料。使用最快速的运输服务进行运输。

注:新鲜血液必须在采血5天内运达。如果不能够在5天内运达,则尽快冷冻血液(参考如下冷冻血液运输指南)新鲜血液,EDTA抗凝,5-10ml。

(3)冷冻血液采集及预处理指南

推荐将采集后充分抗凝的血液进行分装,以便进行后续储存和运输。分装650ul-1ml全血(针对不含有带核红细胞的血液)。一次提取仅需要一管分装血液,推荐额外送样一管作为备份。1. 将血液抽取到EDTA管中,采集后的血液,可放置到采血管混匀仪室温混匀15min。或手动缓慢混匀15次,保证与抗凝剂的充分混匀,确保无凝血现象。

将血液进行分装,每个冻存管分装650ul-1ml血液。将每份血液尽快放到-80℃冰箱冷冻。如条件不具备的话,最晚在采血后4天内完成冷冻。

注:如果血液已经冷冻,切勿为了分装而解冻。可将整管血液送样,如有需要可安排返样。冷冻全血样本需要保证从冷冻之日起,恒定保存在-80℃,没有经历过样本化冻。

(4)冷冻血液打包运输指南

a) 分装后的冷冻管口需用封口膜包裹,将所有样品管放到密封袋中;

b) 用泡泡纸松松地包裹密封袋,不要用胶带直接包裹或钉密封袋。

c) 使用可放下合适体积的干冰和样品的聚苯乙烯泡沫箱,确保运输过程干冰量足够。使用最快速的运输服务进行运输。

6.5.2 鱼血(或水生动物血液)样本

新鲜采取的血液,要加抗凝剂,抗凝剂可以根据客户自己平常的研究来确定。采样后,请妥善-80℃保存好,运输到实验室前不能有过冻融。取好的样品一周内送到实验室,超过一周请重新准备样本。


第七章 RNA样本

7.1 核酸样本说明

7.1.1 核酸样本检测方法

客户在核酸样本寄送前,需提供样本基本质控结果,常见样本质控包括Qubit®、NanoDropTM、AGE(琼脂糖凝胶电泳)或者Agilent 2100中一种或多种形式的样品分析结果。

7.1.2 核酸样本检测项目及说明

v:体积(Volume),样品(溶液)体积。

m:总量(Total Mass),DNA/RNA总量。

c:浓度(Concentration),DNA/RNA浓度。

RIN值:即RNA integrity number(RNA完整值),是安捷伦公司开发的以数字化形式表示 RNA 完整性的参数。

28S/18S:28S/18S比值,真核生物rRNA中28S与18S比值,反映真核RNA完整性。

28S/16S:28S/16S比值,原核生物rRNA中28S与16S比值,反映原核RNA完整性。

OD260/280:OD260/280比值,DNA/RNA检测中260与280吸光度值比,反映DNA/RNA纯度。

OD260/230:OD260/230比值,DNA/RNA检测中260与230吸光度值比,反映DNA/RNA纯度。

样品分类

Level A:A类样品,指的是质量满足建库测序需求,且总量可以满足2次或者2次以上建库需求的样品。

Level B:B类样品,指的是质量满足建库测序需求,且总量可以满足1次但不足2次建库需求的样品。

Level C:C类样品,指的是质量不完全满足建库测序需求,可以风险建库测序但不保证测序质量样品。

Level D:D类样品,指的是质量完全不满足建库测序需求,不建议使用的样品。

总量不足或浓度过低存在以下风险:1、文库构建可能失败;2、文库产量低不能上机测序或测序数据不足;3、影响文库随机性、数据覆盖度偏低。因此对于核酸总量不足、过低或降解的样本,若仍需要建库,则请自行承担责任与风险。

降解样品:影响文库随机性,可造成duplication偏高等。

7.2 三代建库

由于三代测序对样本质量要求较高,请务必按照以下送样标准,并仔细纯化样本,尽量避免多糖、蛋白质等残留。核酸样本不许含有以下物质:颗粒物质、螯合剂、二价金属阳离子、变性剂和洗涤剂、荧光染料,不得是EB凝胶回收产物。核酸样本不可反复冻融,不可存放于高温、极端PH环境中,建议干冰运输。

文库类型 Pacbio RNA 文库 Nanopore RNA 文库
送样浓度(ng/μl) Qubit≧30 Qubit≧10
RIN值 RIN≧7
纯度 A260/280 需在 1.8-2.0 之间,A260/230 在 1.3-2.5 之间
NC/QC ≤2.5

(1)样本运输:核酸样品建议使用 1.5ml、2ml EP 管装载样品,其他保存管容易破裂且不利于保存样品和后续实验的开展,为了防止样品污染和混淆,禁止使用 96 孔板和深孔板装载样品。用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发,建议将样品管盖用封口膜缠绕 4-5 圈。

7.3 样本检测方法

(1)Agilent 2100

(2)Qubit

(3)Nanodrop、

(4)1%AGE,150v30min

7.4 RNA样本质控说明

(1)普通电泳示意图:

(2)2100图实例:

低等动物单带:

植物叶片多条带:

第八章 人

8.1人组织样本说明

(1)送样需要选择新鲜组织或冰冻组织,尽量选择新鲜组织,尤其是三代超长片段建库。

(2)组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。

(3)用于DNA/RNA样品制备实验的组织样品处理及切割过程应在冰上尽可能快速进行,时间过长会导致样品降解。

(4)反复冻融和长期保存的组织有更多的降解风险。客户应确保寄送之前组织没有被反复冻融,特别是肝脏,脾脏,肾脏,心脏,脂肪,脑,肿瘤等有较高RNA酶/DNA酶活性的组织。

(5)癌症研究需同时取肿瘤样本和正常对照。肿瘤样本尽量保证组织中恶性肿瘤细胞所占比例较大,至少超过50%。正常对照首选血液样本,次选癌旁对照。

(6)对肿瘤组织的取材,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。

(7)液氮冷冻方式是多数组织样品选取的处理方法,详解如下:

a)组织取样前需准备好冷冻组织的足量液氮,预装样品的15/50 mL冻存管,管盖须钻孔(防止管子内液氮体积膨胀爆炸),并在离心管内加满液氮;

b)组织离体后需快速清洗,立即浸入装有液氮的冻存管中彻底冷冻(避免将样品先放入离心管,再将离心管放到液氮中);样品彻底冷冻后,再将样品转至-80℃保存;

c)无法使用冻存管采集保存的样品,离体后仍需将样品立即浸入液氮彻底冷冻,再选用合适的容器包装,包装后需再浸入液氮中彻底冷冻一次,最后将样品转至-80℃保存。

注:客户在送样之前需做好样品分离、解剖等处理。组织样品如需同时提取RNA和DNA,建议将样品分两份送样。

8.2 人组织样本

8.2.1 三代DNA测序

(1)样本量:样本总量(干重):1~2g(黄豆粒大小,1~2粒)。细胞系样本:不低于5*10的6次方个细胞。

(2)组织大小实例:

(3)样本类型:新鲜组织或冰冻组织。

(4)组织样本准备:采集组织后立即用预冷的0.9%生理盐水进行漂洗,以去除血渍和污物,并剔除结缔组织和毛发等非研究组织,将样品分割成50 mg左右的小块(约黄豆大小,组织块越小,保存效果越好),立即液氮速冻,冻存后放入预冷的带螺旋帽的1.5 mL或2.0 mL的冻存管中(不建议将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的EP管中,因密封袋经过液氮速冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染,不带螺纹旋盖的EP管容易渗入液氮,导致管内体积膨胀爆管),然后用封口膜封口,-80℃保存。样品分割和处理时应尽量在冰上进行,防止样品降解。避免装样太满以至冻裂,造成样品污染。

(5)细胞样本准备:加细胞冻存液(血清+10%DMSO),液氮慢冻/收集得到细胞沉淀,液氮速冻。

(6)样本运输:寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证诺禾开箱验收时有足够干冰剩余。

(7)其他:如果计划采用组织内核酸稳定剂保存样本,请严格按照试剂说明书要求规范操作,取材时使组织块保持在试剂要求的大小范围,以保证试剂充分渗透,以免引起降解。

8.2.2 Hi-C

(1)样品总量:肝脏、肾脏、脑、肌肉等组织不低于1g;脂肪组织不低于3g(脂肪组织较难处理,中间损失会较多);细胞样本:不低于10的6次方个细胞。

(2)样品类型:采集于新鲜组织。组织优先级:细胞样本>肾脏>心脏>肝脏>肌肉等

(3)样品运输:

a)直接寄送组织:取新鲜的组织不低于1g(脂肪不低于3g),放入冻存管中,然后将冻存管放入液氮中速冻30min;如果组织块比较大,可以将组织放入自封袋中,然后用锡箔纸包裹起来,放入液氮中速冻30min;液氮速冻之后,转至-80℃保存。

b)将组织准备成细胞系:胶原酶消化法制备单细胞悬液,组织处理:彻底去除表皮毛发等杂质,用酒精擦拭表皮,获取无菌组织;放入加有1%-5%PS的PBS或者DMEM中,多次漂洗(10次左右,越多越好),剔除组织间的血管、结缔组织等,尽量得到纯净的组织,如肌肉/脂肪/真皮等;

c) 破碎组织:将处理干净的组织放入35mm培养皿中,用灭菌处理的剪刀剪碎至1mm3的组织碎块(尽量碎),然后转移到15ml的离心管或者灭菌处理的锥形瓶中;加入3-5倍体积的0.1%Ⅰ型胶原酶,37℃消化1h左右,直到组织变粘稠/澄清,观察细胞消化情况;再加入等体积0.25%胰酶消化5-15min,再次观察消化情况,可适当延长胰酶消化时间至20-30 min;将消化好的细胞依次用70 µm和40 µm滤膜过滤组织,得到细胞悬液;过滤后的细胞悬液用1000 rpm转速离心5 min,收集下层细胞;用3-5ml完全培养液重悬细胞,计数。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。

8.2.3 BioNano

(1)样本量:组织量30-50mg/管,送2管。

(2)样品类型:建议优先选择新鲜血液;其次是选择娇嫩的器官,优先选择脾脏,肝脏,肾脏。

(3)样品运输:

a)冷冻前组织需要是新鲜的,从未解冻过的。如果组织已经大块冷冻,可切下30-50mg送样,操作全程需保持整块组织冷冻(可在液氮或干冰环境下进行切割)。如果不能切割,可整块组织送样,如有需要可安排后续返样。

b)将30-50mg组织块放入离心管或冻存管中,每管一块组织。如果组织新鲜,先切到合适的量后放到管中再速冻整管。将组织放入事先预冷的离心管中,液氮速冻,确保组织不会黏住管壁难以取出。

c)冻存管中的样本可放置在-80度冰箱保存,需要邮寄时干冰运输。

注:Bionano一次提取至少需要10mg左右的组织,不同组织类型提取投入量可能不同,如本身组织量较少时,建议联系诺禾销售沟通。

8.2.4 三代RNA测序

(1)样本量:新鲜组织干重:nanopore文库≥0.3g,Pacbio 文库≥0.8g,核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量。

(2)样本类型:采集于新鲜组织

(3)样本运输:动物组织建议将样品分割成 5mm 左右大小的小块,分装于冻存管中冷冻送样,便于后续取样、研磨等操作,减少长时间取样造成降解。

注:寄送组织时需要用足够的干冰,以保证组织在途中不融化。

第九章 三代微生物

9.1 单菌组织样本

(1)样本量:菌体≥3g,-80℃保存,干冰寄送。

(2)样本准备:对数期细菌(50ml)菌液,4000×g 离心 10min(4℃),弃上清,沉淀(离心后至少3g)用无菌水洗 2 次后干冰送样,建议送 2-3个平行,避免一次提取不成功。

真菌(100mL) 菌液,4000×g 离心 10min(4℃),弃上清,沉淀用无菌水 洗 2 次后干冰送样,若是新鲜真菌建议 3g 以上,建议送 2-3个平行,避免一次 提取不成功。

(3)提取成功的样品类型 鲍曼不动杆菌,沃氏葡萄球菌,肠炎沙门氏菌,埃希氏菌,粪肠球菌,葡萄球菌,不动杆菌,放线菌,链霉菌

(4)注意事项:

a)甘油保存,需要重新液体培养基(例如 LB)活化到对数期,不可直接送甘油保存的菌株;

b)不建议送固体培养皿的菌,如是只有固体培养基才能活,可以刮到有 PB 缓冲液的离心管 里面,离心,送沉淀 2g 以上;

d)真菌(5g)大型菇类等,建议送菌丝,孢子或是子实体杂合率高,不利于组装。

9.2 三代扩增子组织样本

三代扩增子是研究环境中微生物多样性的有效方法,扩增全部高变区,综合它们的所有变异信息进行物种的注释,可以获得兼顾准确性和精确性的物种注释结果。

(1)样本量:

样本类型 建议送样量 最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 3-5g 1g
水体滤膜 (孔径0.22-0.45μm/直径3-4cm) 2-3张 1张
拭子 3-5个 1个
瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀) 3-5mL 1mL
粪便/肠道内容物 3-5g 1g
动物/人组织 1-3g 1g
血浆 3-5mL 1mL

(2)样本运输:-80℃保存,干冰寄送。

(3)提取成功的样品类型

项目类型 样本类型
16s 土壤、粪便、淤泥、人和动物组织样本、水体、酒糟(发酵液)、棉签拭子、瘤胃液、菌体
18s 土壤、粪便、淤泥、水体、酒糟(发酵液)、藻类
ITS 土壤、粪便、淤泥、沉积物、人和动物组织样本、水体、酒糟(发酵液)、

9.3 三代宏基因组组织样本

三代宏基因组与二代测序技术相比,其超长读长的优势可识别基因组重复或突变序列,从而提高宏基因组物种鉴定的精度,获得更多低丰度的物种。与此同时,其超高碱基一致性、无碱基偏好性等优势使该技术成为宏基因组分析的新热点。

(1)样本量:

样本类型 建议送样量 最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 6g 2g
水体滤膜 (孔径0.22-0.45μm/直径3-4cm) 6张 2张
空气滤膜(直径种类多,与采样器搭配,有明显颜色沉淀在滤膜上) 6张 2张
拭子 10-20个 6个
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀) 6-10mL,沉淀2g 2mL,沉淀1g
粪便/肠道内容物 5g 2g
动物/人组织 2g 1g
牛奶/酸奶 100mL/100g 20mL/10g
食糜 4g 2g
食品表面拭子 20个 10个

(2)样本运输:-80℃保存,干冰寄送。

(3)提取成功的样品类型: 土壤、水体、粪便、肠道内容物、发酵液等。

9.4 三代RNA测序(菌体组织)

(1)样本量:

样本类型 Nanopore 文库 Pacbio 文库
菌体 ≥5×106 个 ≥5×107 个
≥0.3g ≥0.8g
半固体细菌 ≥0.5ml -

(2)样本类型:菌体样本。

(3)样本运输:去培养基,收集菌体后,立即液氮速冻,-80℃保存,干冰寄送。建议用 RNAlater 保存,因为 RNAlater 密度较大,提取时不易分离菌体,不建议用 TRIzol 裂解液送样,因为有的菌体用 TRIzol 法提取不成功。

第十章 样本打包及寄送建议

10.1 样本的打包

(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。 为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。

(2)为了防止样品运输途中由于干冰挤压而损坏,少于10管的样品建议将EP管放入50ml离心管,并在50ml离心管中用棉花或卫生纸固定;大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。

(3)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。

10.1.2 组织样本

(1)建议根据送样量使用不同规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。

(2)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。

(3)使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。

(4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。

(5)为便处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。

10.2 样本的名称标识

(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。

(2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。

(3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使Mark笔的标记模糊,建议用油性笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。

(4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。