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数据质控
测序得到的原始测序序列（Sequenced Reads）或者 raw reads，里面含有带接头的、低质量的reads，为了保证信息分析质量，必须对raw reads过滤，得到clean reads，后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率，测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。
参考序列比对
将比对到基因组上的reads分布情况进行统计，定位区域分为Exon（外显子）、Intron（内含子）和Intergenic（基因间区）。reads与参考基因组比对率，
指比对到参考基因组上的reads数目除以有效测序数据的reads数据，可反映样本的基因组拼接注释水平。
基因表达水平分析
一个基因表达水平的直接体现就是其转录本的丰度情况，转录本丰度越高，则基因表达水平越高。我们通过所有基因的FPKM密度图以及小提琴图对不同实验条件下的基因表达水平进行比较，可以直观的获得不同实验条件下基因表达水平的情况。
差异基因表达分析
用火山图可以直观展示不同实验条件下差异基因的分布情况。差异表达基因以火山图、韦恩图及聚类热图等丰富的形式展示样本间差异基因表达的情况。
融合基因分析
融合基因可能会导致具有新的或不同功能的基因产物生成，这些异常活性的蛋白质会发挥癌基因的作用。此外,某些原癌基因还可能与一个新的启动子发生融合,从而激活下游癌基因的表达。
差异基因GO富集分析
差异基因GO富集柱状图，直观的反映出在生物过程（biological process）、细胞组分（cellular component）和分子功能（molecular function），富集的GOterm上差异基因的个数分布情况。
可挖掘差异基因的功能及所在的信号通路，缩小基因筛选的范围。
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