RIP-seq-诺禾致源-RNA免疫共沉淀与蛋白结合

RIP-seq

RIP-seq—RNA-蛋白质相互作用研究技术

研究细胞内RNA与蛋白结合情况，以RNA免疫共沉淀（RIP）为基础，采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后，分离RNA，通过Illumina测序，在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类。
抗体类型丰富：
具有多种商品化抗体，高效支持实验开展。

应用方向

诺禾优势

信息分析

诺禾致源RIP-seq测序项目，通过对IP下来的合格RNA样本，建库测序，获得高质量reads，进行peak calling，对peak相关基因进行功能富集分析。

关联分析

基于文章高频出现的RIP-seq与RNA-seq关联分析内容，诺禾搭建了关联分析流程，助力高分文章发表。

RIP-seq与RNA-seq关联分析	1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图
	2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析
	3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析

常见问题

1. Input和IP样本之间的关系是什么？
- Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出最终的Peak结果，并进行后续分析。
2.Input是什么？有什么作用？
- RNA片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input是断裂后的RNA，需要与沉淀后的样品RNA一起经过逆转交联，RNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（非特异性结合所造成的假阳性Peaks），验证RNA断裂的效果和整个实验中IP效果，所以Input 对照是IP-seq实验必不可少的步骤。

拓展材料

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