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基因组测序

Bionano建库测序

Bionano建库测序—捕获物理图谱数据,还原单分子结构

Bionano 基于 Nanochannel array 技术可以高通量地对通过 Nanochannel 的被荧光标记的 DNA 分子自动拍照成像,完整的还原单分子结构。该技术不需要将 DNA 分子打断成短片段,也不进行扩增,因而具有较长的读长,最长读长可达 Mb 级别,其能够真实地展示基因组信息。该技术对于获取高复杂区域重复序列信息、检测基因组结构变异有着无与伦比的优势,是当前基因组研究的有力武器。

应用方向

Saphyr 系统以100kbp-Mbp级别读长可实现超高灵敏度的结构变异检测分析和复杂基因组de novo组装。在结构变异检测领域目前广泛应用于肿瘤、白血病、遗传病、罕见病等疾病的研究。

诺禾优势

  • 1.高通量

    诺禾致源拥有最新的Saphyr DC平台及Saphyr chip,单张芯片最高可产出3.9T的数据。
  • 2.周期短

    得益于新平台及芯片的高通量,平均每12h可以完成3个人类样本的检测(100×),带给您卓越的周期体验。
  • 3.更超长

    崭新的DLS标记技术无需对双链DNA进行切割标记,避免了任何可能的物理损伤,竭尽全力保证分子长度,发挥平台优势。

信息分析

涉及产品 分析内容 解决问题
建库测序 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
Bionano辅助组装 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
辅助挂载 提高scaffold,提升组装质量和完整性
Bionano变异检测 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
变异检测 寻找平衡易位和倒位
变异位点注释 仅针对人类样本

送样建议

样本类型 样本总量(单次建库) 备注
血液 650ul-1ml全血 Bionano提取需要1.5*106个白细胞作为提取的起始量。
细胞 1.5x10^6个细胞 细胞培养物冷冻前
动物组织 30-50mg 按10mg为单位分装
植物组织 0.5g 优先提供萌发幼苗

常见问题

  • 1. Bionano 对样本要求有哪些?

    • Bionano光学图谱系统基于单分子光学图谱技术,通过其特有的芯片技术使完整的单一 DNA 分子可以在纳米通道中平行排列,拍照成像,展示更完整的基因图谱。Bionano 技术对于 DNA 分子长度要求在150 kb以上,样本的状态对 Bionano 平台 DNA 的提取至关重要。
      动物方向:血液>脾脏、肝脏、肾脏、脑组织>肌肉组织
      植物方向:萌发幼苗>幼嫩植株>幼嫩组织
      DNA 分子运输中会加速损失,需要进行胶块包埋运输。
      组织送样需要提前告知样本类型,如:多糖多酚植物等,及时联系工作人员。
  • 2. 如何评估 Bionano 数据质量?

    • 标记密度(Label Density):一般 NRLS 为8~15 Labels/100 kb,DLS 为 10~25 Labels/100 kb;
      分子量 N50:评估总体分子的长度;要求不低于200 kb;
      假阳性(FP):平均假阳性标记位点比例(参考范围< 15%),需要参考基因组进行分析; 假阴性(FN):平均假阴性标记位点比例(参考范围< 21%),需要参考基因组进行分析。
  • 3. Bionano 中 NRLS 与 DLS 区别有哪些?

    • Bionano 拥有两种标记化学试剂,一种是最新的直接标记和染色的方法(DLS 标记方法),另一种是较早的基于切口酶的标记,即切割、标记、修复和染色的方法(NLRS 标记方法)。

      DLS 标记方法

      DLS 标记方法

  • 4. Bionano 是否可以混样?

    • 否,由于技术原理所限制,是没有办法进行混样测序。混样测序会造成数据拆分错误问题。

拓展材料

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