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诺禾致源

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科技服务

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基因分型

CRISPR Screen——高通量基因编辑手段

  • CRISPR Screen检测:

    基于CRISPR/Cas9技术,设计成千上万个sgRNA,在全基因组范围内进行基因编辑实验,筛选出大量突变细胞,识别与特定表型相关 的基因,通过高通量测序技术,统计每一种sgRNA reads富集数,比较每一组sgRNA变化情况,并按照从大到小进行排序,为研究打 靶基因提供有力的武器。检测全面,精准分析,专业背景强。

应用方向

  • 文库筛选

    可进行全基因组规模的文库筛选,对某类功能相关的基因编辑的筛选
  • 队列研究

    疾病与风险因素、遗传特征等研究。
  • 癌症疾病

    肿瘤、免疫病等研究等。探究肿瘤进化机制、寻找肿瘤治疗靶标、高效探索药物机制、开发联合用药等。
  • 动植物研究

    性状筛选等。

诺禾优势

  • 1. 生信分析内容丰富

    基于成熟的生物信息分析人才,专业的项目分析,可以根据客户不同要求分析个性化内容,对每一个sgRNA进行全面扫描,准确的定位分析。
  • 2.物种经验丰富

    诺禾致源不仅对人,大鼠,小鼠等常规物种有大量的项目经验,在如猪、弓形虫等生物中也有经验!助力客户发表更高分的文章。
  • 3.科学方案设计

    从建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

PCR产物
(1.5μg

文库构建

测序
(PE150)

生物信息分析

信息分析

诺禾致源WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
产品 分析内容
CRISPR Screen (sgRNA library) 检测 1. 原始序列数据
2. 测序数据质量评估:去除低质量和接头污染数据
3. 与参考序列进行比对、统计覆盖度和测序深度
4. 统计每一种 sgRNA 对应 reads 支持数
5. 对 sgRNA reads 富集数进行标准化调整,绘制箱线图
6. 聚类热图

送样建议

仅接受纯化后的PCR产物或客户自建库

常见问题

  • 1.怎样推荐检测数据量?

    • 建议10,000条 sgRNA 测1Gb 的数据量
  • 2.样本要求是什么?

    • 要求老师提供纯化后的 PCR 产物,片段在250~280 bp。
  • 3.测序平台和测序策略?

    • CRISPR Screen 的测序平台是 Illumina,测序策略为 PE150。
  • 4.为什么一对引物可以扩增出所有的 sgRNA ?

    • 根据 sgRNA 上下游的通用载体进行引物设计,所以可以扩增出所有转入细胞系中 sgRNA。

拓展材料

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