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CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术
- CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞，洋地黄皂苷打开细胞膜的通透性；pA-Tn5转座酶在抗体引导下精确结合靶蛋白附近的DNA序列，由于Tn5连有测序接头，可以直接在片段化的 DNA 两端添加接头，最终通过PCR扩增获得完整的文库。
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CUT&Tag建库原理图（DOI: 10.1038/s41467-019-09982-5）
应用方向
1、DNA组蛋白修饰研究（组蛋白甲基化、乙酰化及新组蛋白修饰：乳酸化、磷酸化等）；2、DNA-转录因子互作研究（探究转录因子结合位点的分布规律、转录因子之间的合作规则；基因转录调控的具体机制）；
3、增强子/超级增强子分析（鉴定超级增强子、结合转录组测序结果确定所调控的靶基因）；
4、组学验证手段（通过其他组学找到潜在结合的转录因子或是组蛋白修饰后进行验证）；
诺禾优势
1．低起始量建库
微量建库研发，可低至1000个细胞起始；-
2. 低活性建库
细胞活性低至40%可稳定出库 3. 新鲜样本
针对于新鲜样本的CUT&Tag研究，推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案，以保证样本到达实验室的活性。-
4. 分析内容丰富
除CUT&Tag标准分析内容外，诺禾致源还可提供CUT&Tag&转录组关联分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。 5. 项目经验丰富
诺禾致源CUT&Tag累计项目一抗30+，包含人、小鼠、小麦、拟南芥、银杏等多类型物种。对于珍贵样本、冻存后低活性样本、植物难提核样本分别进行针对性优化，建立了多套实验流程，助力客户在Signal Transduction and Targeted Therapy、Nature Cell Biology、Nucleic Acids Research等多个权威杂志发表高水平文章。-
6. 周期快、质量好、稳定性高
诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。<10
样本量40天
周期NovaSeq
测序平台
信息分析
诺禾致源CUT&Tag测序项目，通过对获得的高质量reads，进行Peak calling及motif分析，高效预测相关基因， 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能，组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。| 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|
| 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 参考序列比对分析 | 唯一比对的 reads 分布统计 |
| peak calling | 定位组蛋白修饰/转录因子结合位点 |
| peak注释 | 鉴定目标组蛋白修饰/转录因子潜在调控的靶基因 |
| 差异 peak 分析 | 分析DNA-蛋白互作在不同处理条件下的差异 |
| 相关基因功能分析 | Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析 |
| motif 分析 | 目的转录因子结合的Motif序列 （转录因子对应的已知Motif & 转录因子对应的新的Motif） |
关联分析
| CUT&Tag与RNA-seq关联分析 | 1. 整体层面的关联 |
|---|---|
1.1 整体信号分布展示 | |
1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示 | |
1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图 | |
1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图 |
|
| 2.差异表达基因对应表观信号分布 | |
2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号 | |
2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图 | |
2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图 |
|
| 3.差异峰区域相关的基因表达变化情况 | |
3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图 | |
3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图 | |
| 4. 差异峰区域与差异表达基因的关联 | |
| 4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图 | |
| 4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图 | |
| 4.3 GO富集分析 | |
| 4.4 KEGG富集分析 |
送样建议
| 样本类型 | 样本状态 | 送样建议 |
|---|---|---|
| 细胞样本 | 冻存 | 每份≥40万，冻存前活性＞90%，建议送备份 |
| 新鲜 | 每份≥20万，冻存前活性＞80%，建议送备份 | |
| 动物组织 | 新鲜/冻存 | 常见组织≥40 mg 心、肾、神经等组织≥50mg |
| 植物组织 | 新鲜/冻存 | 幼嫩组织叶片≥0.3g 种子、根等组织0.5～1g |
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一抗建议：
请选择ChIP级别的一抗，提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书，以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
常见问题
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1.与ChIP-seq相比，CUT&Tag的优势是？
CUT&Tag起始量更低、数据信噪比更高、周期更快。
a. 起始量更低：chip需要千万级别细胞，CUT&Tag仅需十万级别甚至可低至60个细胞建库；
b. 数据信噪比更高：CUT&Tag无需超声打断等操作，属于原位捕获的技术，数据信噪比更高；
c. 周期更快：CUT&Tag采用高活性的自带部分接头的转座酶，无需超声处理等，大大简化了操作流程，节省了实验时间。
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2. CUT&Tag对于一抗应该如何选择？
优先选用ChIP/ChIP-seq级别的候选抗体；ChIP级别抗体＞非ChIP级别抗体；文献验证过的抗体＞非文献验证过的抗体；
ChIP级别抗体对抗体纯度、特异性结合的要求都比较高，是完成CUT&Tag实验的首选抗体。如果没有找到目的基因的ChIP-seq级别的抗体，通过ChIP和IP验证的抗体也可以使用，但是尽量不要使用没有标注ChIP应用的抗体，或者标注未检测的抗体，否则实验效果可能不太理想。
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