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表观组测序

CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术

  • CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞,利用digitonin增加细胞膜通透性。靶蛋白特异性抗体(一抗)进入细胞与靶蛋白结合,二抗孵育放大信号,pA/G-Tn5融合蛋白与一抗和二抗结合,把转座体间接的固定在靶蛋白上。Mg2+激活Tn5酶,切割靶标区域。由于Tn5连有测序接头,在打断的同时直接在片段化的 DNA 两端添加接头,最终通过PCR扩增获得完整的文库。
  • 热点技术:

    相比传统ChIP-seq技术,CUT&Tag是全方位的升级,如起始量、信噪比、样本重复性等。
  • 起始量低:

    相比传统ChIP-seq技术,极大地减少样本使用量。
  • 信噪比高:

    实验材料无需进行甲醛交联,产出数据信噪比高。

应用方向

1. 应用于蛋白质与DNA互作研究
2. 检测组蛋白修饰在基因组上分布位点
3. 鉴定转录因子在全基因组上的结合位点
4. 超级增强子鉴定

诺禾优势

  • 1. 性价比较高

    较少的测序数据即可获得丰富的数据。
  • 2. 实验重复性好

    样本不受甲醛交联引起的表位遮蔽影响。
  • 3. 样本起始量低

    所需细胞量较少,最低可做至1000个细胞。
  • 4. 专业严谨,保证高质量数据产

    诺禾致源从样本处理,抗体富集,Tn5酶切割,DNA纯化,建库测序, 到数据分析,每一环节都经过优化和数据验证,保障高质量数据产出。

    寄送样本和一抗

    样本检测

    实验建库

    上机测序

    数据分析

信息分析

诺禾致源CUT&Tag测序项目,通过对获得的高质量reads,进行Peak calling及motif分析,高效预测相关基因, 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 reads分布及比对结果可视化
Peak calling 分析蛋白结合位点
motif分析 蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释 寻找蛋白潜在调控基因
差异peak分析 分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析 相关基因GO,KEGG富集分析

关联分析

CUT&Tag与RNA-seq关联分析 1.整体上的关联,展示表达水平和表观水平、不同表达水平的基因上下游的表观信号分布以及表观信号的变化程度与表达水平变化之间的关联
2. 差异表达与表观水平的关联,展示表达⽔平发⽣变化的那些基因所对应的表观⽔平情况
3. 差异表观水平与表达水平的关联,对于表观水平发生变化的区域(差异峰),展示其对应的基因的表达水平情况

送样建议

高等哺乳动物的冻存细胞 高等哺乳动物的冻存组织
组蛋白修饰类一抗,细胞数>20万;转录因子修饰类一抗,细胞数>40万 >40mg
ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送 样要求请详询各地区销售技术人员。
  • 一抗建议:

      请选择ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。

常见问题

  • 1.CUT&Tag接收样本的物种有什么要求?

      CUT&Tag 目前可接收常规动物和植物样本的冻存细胞和冻存组织,具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。

  • 2.客户有动物组织,建议消化成原代细胞送样还是将组织冻存送样?

      建议寄送冻存组织。CUT&Tag对细胞的活性要求较高,原代细胞通常活性偏低,冻存复苏后的细胞活性很难达到送样要求,建议将新鲜组织清理冻存,及时送样。

  • 3.CUT&Tag和ChIP-seq有什么区别?

      从建库流程角度,CUT&Tag要求的细胞起始量远低于ChIP-seq,不需要对样本进行甲醛交联, 使用beads吸附活细胞的状态下先进行一抗孵育,后使用Tn5转座酶切割片段并添加接头,且无需后续的解交联步骤。即样本起始量、 样本状态、抗体孵育、核酸片段化等步骤原理和ChIP-seq均不相同。从结果上看,CUT&Tag的数据信噪比更好,可重复性更好。

  • 4.抗体应该如何选择?

      CUT&Tag的数据产出主要取决于样本量、一抗特异性和一抗的靶点丰度。一抗需要客户提供商品化的ChIP级别的一抗原液, 项目结束后可寄还剩余一抗。如需公司提供二抗,则限定鼠/兔源的一抗,如无需使用公司二抗,则需要老师提供二抗。

拓展材料

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