基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
基因合成>
CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术
应用方向
1、DNA组蛋白修饰研究(组蛋白甲基化、乙酰化及新组蛋白修饰:乳酸化、磷酸化等);诺禾优势
1.低起始量建库
微量建库研发,可低至1000个细胞起始;2. 低活性建库
细胞活性低至40%可稳定出库3. 新鲜样本
针对于新鲜样本的CUT&Tag研究,推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案,以保证样本到达实验室的活性。4. 分析内容丰富
除CUT&Tag标准分析内容外,诺禾致源还可提供CUT&Tag&转录组关联分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。5. 项目经验丰富
诺禾致源CUT&Tag累计项目一抗30+,包含人、小鼠、小麦、拟南芥、银杏等多类型物种。对于珍贵样本、冻存后低活性样本、植物难提核样本分别进行针对性优化,建立了多套实验流程,助力客户在Signal Transduction and Targeted Therapy、Nature Cell Biology、Nucleic Acids Research等多个权威杂志发表高水平文章。6. 周期快、质量好、稳定性高
诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。<10
样本量40天
周期NovaSeq
测序平台信息分析
诺禾致源CUT&Tag测序项目,通过对获得的高质量reads,进行Peak calling及motif分析,高效预测相关基因, 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
参考序列比对分析 | 唯一比对的 reads 分布统计 |
peak calling | 定位组蛋白修饰/转录因子结合位点 |
peak注释 | 鉴定目标组蛋白修饰/转录因子潜在调控的靶基因 |
差异 peak 分析 | 分析DNA-蛋白互作在不同处理条件下的差异 |
相关基因功能分析 | Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析 |
motif 分析 | 目的转录因子结合的Motif序列 (转录因子对应的已知Motif & 转录因子对应的新的Motif) |
关联分析
CUT&Tag与RNA-seq关联分析 | 1. 整体层面的关联 |
---|---|
1.1 整体信号分布展示 | |
1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示 | |
1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图 | |
1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图 |
|
2.差异表达基因对应表观信号分布 | |
2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号 | |
2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图 | |
2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图 |
|
3.差异峰区域相关的基因表达变化情况 | |
3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图 | |
3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图 | |
4. 差异峰区域与差异表达基因的关联 | |
4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图 | |
4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图 | |
4.3 GO富集分析 | |
4.4 KEGG富集分析 |
送样建议
样本类型 | 样本状态 | 送样建议 |
---|---|---|
细胞样本 | 冻存 | 每份≥40万,冻存前活性>90%,建议送备份 |
新鲜 | 每份≥20万,冻存前活性>80%,建议送备份 | |
动物组织 | 新鲜/冻存 | 常见组织≥40 mg 心、肾、神经等组织≥50mg |
植物组织 | 新鲜/冻存 | 幼嫩组织叶片≥0.3g 种子、根等组织0.5~1g |
一抗建议:
请选择ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
常见问题
1.与ChIP-seq相比,CUT&Tag的优势是?
CUT&Tag起始量更低、数据信噪比更高、周期更快。
a. 起始量更低:chip需要千万级别细胞,CUT&Tag仅需十万级别甚至可低至60个细胞建库;
b. 数据信噪比更高:CUT&Tag无需超声打断等操作,属于原位捕获的技术,数据信噪比更高;
c. 周期更快:CUT&Tag采用高活性的自带部分接头的转座酶,无需超声处理等,大大简化了操作流程,节省了实验时间。
2. CUT&Tag对于一抗应该如何选择?
优先选用ChIP/ChIP-seq级别的候选抗体;ChIP级别抗体>非ChIP级别抗体;文献验证过的抗体>非文献验证过的抗体;
ChIP级别抗体对抗体纯度、特异性结合的要求都比较高,是完成CUT&Tag实验的首选抗体。如果没有找到目的基因的ChIP-seq级别的抗体,通过ChIP和IP验证的抗体也可以使用,但是尽量不要使用没有标注ChIP应用的抗体,或者标注未检测的抗体,否则实验效果可能不太理想。
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