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三代DNA产品
1. 植物
1.1 植物样本说明
1.2 常规植物组织样品(不同DNA文库)
1.2.1 三代DNA测序
部分物种样本组织量建议(去除包装后的重量),参考下表;其中用于Ultra long ONT测序样本:必须是嫩叶或嫩芽,如果物种种子萌发条件简单,可使用刚萌发的幼苗进行后续实验,如寄送种子到公司进行培育,需要附加培育说明。序号 | 种类 | 举例说明 |
测序平台及文库类型 每个cell建议样本送样重量(g) |
||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Pacbio文库 | Nanopore普通文库 | Bionano文库 | |||||
1 | 普通禾本科植物 | 水稻、玉米、小麦等 | 1.5 | 1.5 | 0.75 | ||
2 | 豆科草本植物 | 大豆、苜蓿、落花生等 | 2 | 2 | 1 | ||
3 | 豆科木本植物 | 黄檀、槐树、紫藤等 | 4 | 4 | 2 | ||
4 | 蔷薇科水果 | 桃、李、苹果、梨、草莓等 | 2 | 2 | 1 | ||
5 | 蔷薇科观赏植物 | 海棠、月季、蔷薇等 | 4 | 4 | 2 | ||
6 | 壳斗科植物 | 栎树、槲树、栗等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
7 | 菊科植物 | 菊花、白术、莴苣等 | 4 | 4 | 2 | ||
8 | 龙舌兰科植物 | 龙血树、晚香玉、丝兰等 | 4 | 4 | 2 | ||
9 | 兰科植物 | 石斛、天麻、白及、蝴蝶兰等 | 4 | 4 | 2 | ||
10 | 茅膏菜科(食虫植物) | 瓶子草、捕虫草、茅膏菜等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
11 | 蕨类植物 | 桫椤、水韭等 | 4 | 4 | 2 | ||
12 | 仙人掌科植物 | 火龙果、仙人掌等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
13 | 芭蕉科植物 | 香蕉、芭蕉、旅人蕉等 | 4 | 4 | 2 | ||
14 | 苦苣苔科植物 | 苦苣苔、芒毛苣苔等 | 4 | 4 | 2 | ||
15 | 紫草科植物 | 紫草、软紫草、狼紫草等 | 4 | 4 | 2 | ||
16 | 三白草科植物 | 三白草、蕺菜等 | 4 | 4 | 2 | ||
17 | 睡莲科植物 | 睡莲、莼菜、荷花等 | 4 | 4 | 2 | ||
18 | 松科植物 | 马尾松、云杉等 | 3 | 3 | 1.5 | ||
19 | 莎草科植物 | 油莎豆、莎草、荸荠等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
20 | 小檗科植物 | 桃儿七、小檗、淫羊藿等 | 3 | 3 | 1.5 | ||
21 | 椴树科植物 | 黄麻、椴树、六翅木等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
22 | 五加科植物 | 人参、楤木、三七等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
23 | 瑞香科植物 | 狼毒、结香等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
24 | 薯类植物植物 | 木薯、番薯、土豆、蒟蒻等 | 2 | 2 | 1 | ||
25 | 锦葵科植物 | 木槿、棉、锦葵等 | 3 | 3 | 1.5 | ||
26 | 漆树科植物 | 盐肤木、南酸枣、黄栌等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
27 | 其他落叶乔木 | 杨树、梧桐、悬铃木等 | 4 | 4 | 2 | ||
28 | 其他药用植物 | 益智、何首乌、列当等 | 5 | 5 | 2.5 | ||
29 | 其他水果类 | 葡萄、柠檬、龙眼等 | 3 | 3 | 1.5 | ||
30 | 其他植物 | 其他植物样本或非叶片类植物样本可以线下咨询 |
1.2.2 Hi-C测序
(1)组织样品需求量(单个Hi-C文库在Illumina平台最高200G):>1g,送样量>3g最优;1.2.3 BioNano测序
(1)组织样品需求量(单cell,原始产出500G):>1g,送样量>3g最优;1.3 特殊植物组织样品
2. 脊椎动物
2.1 脊椎动物组织样本说明
2.2 脊椎动物组织样品(不同DNA文库)
2.2.1三代DNA测序
(1)样本类型及送样优先级:序号 | 种类 | 样本类型或组织部位 |
测序平台及文库类型 每个cell建议样本送样重量(g) |
||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Pacbio文库 | Nanopore普通文库 | Bionano文库 | |||||
1 | 哺乳动物(猪、羊、狗等) | 抗凝血 | 2ml | 4ml | 2ml | ||
活细胞 | 1*107个 | 2*107个 | 1*108个 | ||||
实质脏器(肝、肾、脾等) | 200mg | 500mg | 200mg | ||||
空腔器官(输卵管、肠、胃等) | 500mg | 1g | 500mg | ||||
肌肉 | 1g | 2g | 1g | ||||
皮肤 | 1g | 2g | 1g | ||||
2 | 禽类(鸡、鸭、燕等);爬行类(蜥蜴等) | 抗凝血 | 0.1ml | 0.5ml | 0.3ml | ||
活细胞 | 1*107个 | 2*107个 | 1*108个 | ||||
实质脏器(肝、肾、脾等) | 200mg | 500mg | 200mg | ||||
空腔器官(输卵管、肠、胃等) | 500mg | 1g | 500mg | ||||
肌肉 | 1g | 2g | 1g | ||||
皮肤 | 1g | 2g | 1g |
冻存管示意图
组织样本与重量示意图
2.2.2 Hi-C测序
(1)样品组织总量:肝脏、肾脏、脑、肌肉等组织>1g;脂肪组织>3g(脂肪组织较难处理,中间损失会较多);细胞样本>10的6次方个细胞。2.2.3 BioNano测序
(1)样本量:组织量30-50mg/管,送2管。3 节肢动物
3.1 节肢动物组织样本说明
冻存管示意图
组织样本与重量示意图
3.2 节肢动物组织样本
3.2.1 三代DNA测序
(1)例如蚂蚁、蚊子等个体较小的昆虫,进行体表清洁去除污染后,可直接放入冻存管中,液氮速冻;3.2.2 Hi-C测序
(1)样品类型:采集于动物鲜活组织。3.2.3 BioNano测序
卵或幼虫,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输,总量1g/管,送2管。4 水产类
4.1 水产类组织样本说明
4.2 水产类组织样本
4.2.1 三代DNA测序
(1)部分物种样本组织量建议(去除包装后的重量):序号 | 种类 | 样本类型或组织部位 |
测序平台及文库类型 每个cell建议样本送样重量(mg)或体积(ml) |
||||
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Pacbio文库 | Nanopore普通文库 | Bionano文库 | |||||
1 | 鱼类(海水鱼、淡水鱼等);贝类;两栖类(蛙、大鲵、鳄鱼等) | 抗凝血 | 0.1ml | 0.5ml | 0.3ml | ||
活细胞 | 1*107个 | 1*108个 | 1*108个 | ||||
实质脏器(肝、肾、脾等) | 500mg | 1g | 500mg | ||||
空腔器官(输卵管、肠、胃等) | 1g | 2g | 1g | ||||
肌肉 | 2g | 4g | 2g | ||||
皮肤 | 2g | 4g | 2g | ||||
2 | 海洋软体动物 | 样本速冻前要保证样本处于较高的活力状态 | 2g | 4g | 2g |
4.2.2 Hi-C测序
(1)动物组织样本类:4.2.3 BioNano测序
(1)藻类样本:单细胞藻类按照1个plug需要包埋9x105,如果包埋5 plug,建议细胞量为5x106个。5 血液样本
5.1 血液样本说明
新鲜血样或是冻存血样均需要使用EDTA抗凝管进行采集并与抗凝剂充分混合,血液样本不建议保存时间过长。5.2 三代DNA测序
(1)样本用量详见表格。序号 | 种类 | 样本类型或组织部位 |
测序平台及文库类型 每个cell建议样本送样重量(mg)或体积(ml) |
||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Pacbio文库 | Nanopore普通文库 | Bionano文库 | |||||
1 | 哺乳动物(人、羊、狗等) | 抗凝血 | 2ml | 4ml | 2ml | ||
2 | 禽类(鸡、鸭、燕等);爬行类(蜥蜴等) | 抗凝血 | 0.1ml | 0.5ml | 0.3ml | ||
3 | 鱼类(海水鱼、淡水鱼等);贝类;两栖类(蛙、大鲵、鳄鱼等) | 抗凝血 | 0.1ml | 0.5ml | 0.3ml |
5.3 Hi-C测序
(1)样品总量:全血需提供分离并固定好的淋巴细胞,细胞量≥2.0×106/次。5.4 BioNano测序
5.4.1 血液(动物或人)样本
(1)当新鲜血液采集后运输并可在5天内运达诺禾的话,请参照如下指导:5.4.2 鱼血(或水生动物血液)样本
新鲜采取的血液,要加抗凝剂,抗凝剂可以根据客户自己平常的研究来确定。采样后,请妥善-80℃保存好,运输到实验室前不能有过冻融。取好的样品一周内送到实验室,超过一周请重新准备样本。6 人
6.1人组织样本说明
6.2 人组织样本
6.2.1 三代DNA测序
(1)样本量:样本总量(干重):1-2g(切成约黄豆粒大小)。细胞系样本:不低于5*10的6次方个细胞。序号 | 种类 | 样本类型或组织部位 |
测序平台及文库类型 每个cell建议样本送样重量(mg)或体积(ml) |
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Pacbio文库 | Nanopore普通文库 | Bionano文库 | |||||
1 | 人 | 抗凝血 | 2ml | 2ml | 2ml | ||
活细胞 | 1*107个 | 1*107个 | 1*108个 | ||||
实质脏器(肝、肾、脾等) | 200mg | 300mg | 200mg | ||||
空腔器官(输卵管、肠、胃等) | 500mg | 500mg | 500mg | ||||
肌肉 | 1g | 1g | 1g | ||||
皮肤 | 1g | 1g | 1g |
6.2.2 Hi-C测序
(1)样品总量:肝脏、肾脏、脑、肌肉等组织不低于1g;脂肪组织不低于3g(脂肪组织较难处理,中间损失会较多);细胞样本:不低于10的6次方个细胞。6.2.3 BioNano测序
(1)样本量:组织量30-50mg/管,送2管。7 ONT Ultra Long样本
7.1 人血液样本
血液样本采集后保存及运输
采血所需耗材及器械
环节 | 耗材/器械 | 数量 | 备注 |
---|---|---|---|
采血 | 5ml 紫盖采血管 | 按人数>1:5 | 单管采血量2ml |
采血绷带 | 按人数>1:1.5 | 绷带位置应远离采血点 | |
采血针 | 按人数>1:1.5 | - | |
碘酒 | 酌情 | - | |
棉签 | 按人数>1:5 | - | |
医用固定贴 | 按人数>1:1.5 | - | |
油性记号笔 | 酌情 | 黑色防水,标记样本 | |
速冻 | 保温桶 | 酌情 | 液氮不超过2/3,切勿随意晃动 |
不锈钢漏勺或者镊子 | 酌情 | 速冻后转移样本用 | |
保存 | -80℃冰箱 | - | 长期保存(建议少于1个月) |
干冰 | - | 短暂保存及送样运输, 需保持足够量埋没样本 |
|
送样 | 50ml 离心管 | 按送样量>1:1.5 | 用于保护采血管 |
报纸,柔性纸等 | 酌情 | 固定采血管 | |
加厚自封袋 | 酌情 | 建议7号 |
7.2 植物样本
建议采集样本
不可使用样本
7.3 动物样本
肌肉、内脏组织分管保存
完好抗凝管
破碎抗凝管,破损污染
7.4 真菌样本
8 核酸样本(DNA)
8.1 核酸样本说明
8.1.1 核酸样本检测方法
客户在核酸样本寄送前,需提供样本基本质控结果,常见样本质控包括Qubit®、NanoDropTM、AGE(琼脂糖凝胶电泳)或者Agilent 2100中一种或多种形式的样品分析结果。8.1.2 核酸样本检测项目及说明
v:体积(Volume),样品(溶液)体积。8.1.3 核酸样本制备要求
(1) 提取好的基因组 DNA 应溶解于不含有 EDTA 的 PH 8.0 缓冲液中,可溶解于 10mM Tris-Ac、Tris-HCl 或 ddH2O 中。8.2 三代建库
由于三代测序对样本质量要求较高,请务必按照以下送样标准,并仔细纯化样本,尽量避免多糖、蛋白质等残留。样本需要标注溶剂成分,溶解DNA的缓冲液不可含有EDTA,核酸样本不许含有以下物质:颗粒物质、螯合剂、二价金属阳离子、变性剂和洗涤剂、荧光染料,不得是EB凝胶回收产物。具体要求参见7.1。文库类型 | Pacbio三代文库 | nanopore三代文库 | nanopore Ultra long文库 |
---|---|---|---|
总量 | ≥5 ug(一次建库) | ≥8 ug(一次建库) | ≥40 ug(一次建库) |
主带 | ≥40 kb | ≥40 kb | ≥100 kb |
纯度 | 260/280 需在 1.8-2.0 之间,A260/230 在 1.9-2.4 之间 | ||
浓度 | ≥80 ng/μl | ||
NC/QC | 0.95-3.0 |
9 样本打包及寄送建议
9.1 样本的打包
(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。9.2 样本的名称标识
(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:北京诺禾致源科技股份有限公司 京ICP备15007085号-1