UMI small RNA测序-诺禾致源

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UMI Small

UMI small RNA测序—精准定量small RNA表达水平，探究其功能及调控机制

UMI small RNA测序，文库构建时引入特异性分子标签（UMI），结合高通量测序进行精准定量，研究某物种某组织在特定条件状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息，主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等；在疾病研究方面，可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。诺禾致源UMI small RNA测序采用Illumina测序平台，通过建库引入特异性分子标签，实现精准定量，通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能分析，以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等。

精准：
UMI small RNA 是在建库过程中，利用长度一定、序列随机 / 固定的分子标签来标记初始cDNA 分子，之后进行 small RNA 的测序分析，测序后利用 UMI 标签追溯每一个片段的来源，实现更加精准的定量。

应用方向

适用于所有普通small RNA建库的替换。

植物方向
植物对环境的适应性、突变、个体发育、遗传性状
动物方向
农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制
真菌方向
机理性、应用性、药用食用性研究

诺禾优势

1. 周期快、质量好，稳定性高
UMI small RNA通过先进的测序平台，一次性可获得数百万条序列，结合先进的分析方法，可在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的small RNA，得到与调控相关的所有基因。
- 项目周期40天
- 测序平台Novaseq
2. 方案设计专业，质控严格
诺禾small RNA（sRNA）测序采用Illumina测序平台，可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开分析，既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因，为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。

材料选取

RNA样品
>200ng

文库构建
UMI small RNA文库

PE150测序

信息分析
3. 项目文章以及物种经验丰富
诺禾致源已经成功对人，小鼠，鸡，酵母，烟草，拟南芥，榆树，油菜，褐飞虱等多个物种进行UMI small RNA测序分析，项目经验十分丰富。
- 80人
  分析团队
- 7年
  项目经验
- 600+
  结题项目
- 1对1
  项目服务

信息分析

诺禾UMI small RNA测序是在建库的时候用包含UMI标签的接头替代普通建库的接头，在测序后可以通过对UMI标签的识别准确去除扩增产生的重复对基因进行准确定量，进一步能够解析miRNA、 siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序原始数据质控后，进行Clean reads 长度分布统计，small RNA注释，已知 miRNA 注释，ncRNA分析，新miRNA 预测（有参考基因组），差异基因分析，miRNA 家族分析，差异表达 miRNA聚类分析，miRNA靶基因预测，靶基因GO、KEGG富集分析。通过数据分析，协助研究者快速从海量数据中找出与条件相关的small RNA，然后进⼀步探究这些small RNA的生物学意义。

关联分析

1.miRNA与lncRNA关联分析
- 当lncRNA上带有miRNA结合位点时，miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时，根据ceRNA理论，miRNA可以通过RISC与lncRNA结合，指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析，可通过生信分析软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。

2.miRNA与mRNA关联分析
- 根据miRNA对mRNA的抑制作用原理，筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA，以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对。

3.miRNA与CircRNA关联分析
- CircRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样品类型	送样量
新鲜植物组织	≥150mg
新鲜动物组织	≥100mg
新鲜培养细胞	≥1×10 ⁶
菌体	≥1×10 ⁶或≥100mg
新采集的全血	≥3 ml
Total RNA建库起始量	≥200ng

常见问题

1.UMI小 RNA 测序对样品提取有什么特殊要求？
- 提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒，也不要使用LiCl沉淀，以免丢失小片段RNA。如果直接提供small RNA样品，可以使用small RNA提取专用试剂盒来进行提取。

2.为什么实验结果中会存在降解的 rRNA序列？
- 由于 total RNA 会发生轻微的降解，生物体内也有自然的降解过程，因此实验结果中会含有小部分 mRNA 降解片段。但通常比例很低，并且取决于样品 total RNA 的质量。

3.进行UMI small RNA 测序时，客户除了样品以外还需要提供哪些相关信息？
- 需要提供相应物种的参考基因组相关信息。如果没有本物种的基因组，需要提供近缘物种的相关信息。

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