基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
基因组Survey—全面了解物种基因组特征
基因组Survey基于小片段文库的低深度测序数据,通过K-mer分析,从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息,是全面了解某一物种基因组特征的有效方法,为后续的全基因组 de novo 测序组装策略的制定提供理论依据。诺禾优势
1.方法优,周期短,准确度高
基于K-mer分析,可快速确定基因组特征,该方法已广泛应用于评估基因组基本特征。30天
项目周期K-mer
分析方法99%
准确率2.科学方案设计
从材料选取,建库测序,到数据分析, 每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
DNA样品
10μg
文库构建
350bp
PE150测序
信息分析
3.分析全面
测序深度为50×,基于小片段数据,通过K-mer分析,预估物种基因组大小,并对物种基因组, 重复序列情况进行分析。对基因组进行初步组装,进行GC含量和外源污染分析。基因组Survey | 分析内容 |
---|---|
标准分析 | 基因组大小评估 |
杂合度评估 | |
重复率评估 | |
初步组装 | |
GC含量评估 |
4.悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力
基因组Survey采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。 诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容, 以保证高效的数据处理和安全的数据存储。20,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存5. 出色完成每一个项目环节
诺禾致源已经成功对经济作物、粮食作物、园艺植物、无脊椎动物、海洋动物等多种物种进行基因组特征评估,结合丰富的项目经验,专业的项目方案指导和分析流程, 保证快速、准确的评估基因组特征50人
分析团队8年
项目经验500+
结题项目1对1
项目服务常见问题
1.怎样评估研究物种的基因组大小?
2.Survey是评估基因组的有效手段,对于没有参考基因组的物种,在启动de novo 项目之前,对基因组特征评估是十分必要的,基因组大小及复杂状况直接影响到项目价格,周期以及后续的组装策略等。 Survey评估和流式细胞仪评估有什么区别?
3.做了基因组Survey是否就一定不用做流式了呢?
4.K-mer分析时,为何选的K-mer长度不一样?
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