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转录调控测序

lncRNA测序—研究lncRNA的差异表达如何影响生物学过程

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。
lncRNA测序采用Illumina测序平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测,同时提供针对测序数据中mRNA的分析,结果更全面,广泛应用于医学、农学研究领域。

应用方向

lncRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。
  • 动物

    人、小鼠、斑马鱼等胚胎发育、性腺发育、肌肉发育和免疫调控生命过程研究。
  • 植物

    植物逆境响应、器官发育、生殖生长和病毒侵染等研究。
  • 癌症疾病

    肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等疾病发生与诊治研究。

诺禾优势

  • 1. 周期快、质量好,稳定性高

    诺禾lncRNA测序采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。交付周期<45天。
  • 2. 方案设计专业,质控严格

    诺禾lncRNA测序采用去核糖体链特异性建库方式,能够满足同时对lncRNA和mRNA的差异表达水平的分析以及lncRNA靶基因预测。从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密的设计, 以保障高质量研究成果。

    材料选取

    RNA样本
    ≥1ug

    文库构建
    链特异性文库

    PE150测序
    12~24Gb

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功完成对人、大小鼠、猴、猪、羊、果蝇、家蚕、沙棘、线虫、拟南芥、水稻、小麦、玉米、棉花等等近百个物种进行非编码RNA测序分析,助力客户在Nature communications、Genome biology、 Science Advance等权威杂志发表多篇高水平文章。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 2000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾致源lncRNA测序项目,标准分析流程:主要包括质控,比对,拼接,筛选,定量,差异lncRNA分析,差异mRNA分析,lncRNA靶向mRNA预测,功能富集等环节。该分析的核心是基因表达差异的显著性, 比较两个或多个条件下的基因表达差异(例如,处理与对照),从中找出与条件相关的差异基因,进一步分析这些差异基因的生物学意义。

关联分析

  • 1.LncRNA与mRNA关联分析

    • LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析,诺禾致源采用对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析方法,当样本间差异表达的lncRNA的 靶基因同时也是显著差异表达的mRNA时,该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。(样品数 < 5时,选取co-location作用的靶基因与差异表达的mRNA进行分析。样品数 ≥5 时,则选取 co-location和co-expression作用的靶基因并集与差异表达的mRNA进行分析)
  • 2.lncRNA与miRNA关联分析

    • 当lncRNA上带有miRNA结合位点时,miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时,根据ceRNA理论,miRNA可以通过RISC与lncRNA结合,指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析,可通过生信分析 软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。
  • 3.lncRNA、miRNA与mRNA关联分析

    • LncRNA具有miRNA结合位点,lncRNA通过与mRNA竞争性结合miRNA,抑制miRNA对靶基因的调控作用,从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论,筛选拥有相同miRNA结合位点的lncRNA-靶基因对,构建以 lncRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的lncRNA–miRNA-mRNA调控关系,构建ceRNA调控网络。

送样建议

样品类型 送样建议 备注
新鲜动物组织 ≥0.4 g 脂肪等 RNA 得率低的组织 2 g 以上
新鲜植物组织 ≥0.7 g 含水量大的组织 3~4 g 以上
新鲜培养细胞 ≥1×10 7 去除培养基
新采集的全血 ≥4 ml 血液样本送样签加入EDTA抗凝管,推荐使用BD管送样
Total RNA建库起始量 ≥1ug m≥1ug(互作文库);m≥0.5ug(非互作文库)

常见问题

  • 1.哪些物种可以研究lncRNA测序?

    • 要做lncRNA测序分析,对物种有以下要求:
      a. 物种为真核生物;
      b. 物种具有参考基因组,至少拼接到scaffold水平;
      c. 具有较为完整的注释。
  • 2.lncRNA 是否可以与蛋白质组的数量进行关联分析 ?

    • 可以,关联分析的思路类似于 lncRNA 和 mRNA 的关联分析,蛋白质组差异表达蛋白和差异表达 LncRNA 靶基因编码蛋白交集分析(聚类,功能富集)

拓展材料

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