基因组测序>
建库测序>
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动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
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动植物基因组测序>
RRBS—经济且准确的DNA甲基化
准确:
单碱基分辨率,准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态。经济:
性价比高,在较少的测序数据量下,针对启动子及 CpG 岛区域的DNA甲基化进行分析。应用方向
队列研究 疾病与风险因素、遗传特征、生物标记物等研究。诺禾优势
PE150
测序读长≥80%
测序质量Q3020,280个
物理核数1,727T flops
项目经验400TB
总内存58.6PB
总储存材料选取
DNA样品
文库构建
甲基化文库
PE150测序
信息分析
信息分析
诺禾致源RRBS实现单碱基分辨率的甲基化位点准确 定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
测序数据质量评估 | 过滤低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | 比对率和覆盖度分析 |
甲基化位点calling | 分析甲基化位点 |
甲基化分布 | 甲基化在基因组,染色体,功能与元件上的分布 |
差异甲基化分析 | 寻找 DMR |
相关基因分析 | 相关基因GO,KEGG 富集分析 |
多样本分析 | PCA 分析多样本甲基化变化规律 |
关联分析
通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析,可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性,样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此RRBS和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究,生物性状等多种领域。 基于多组学文章中的应用场景和经验,诺禾致源搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程,以助力科研者们发表高分文章。DNA甲基化与RNA-seq关联分析 | 1. 整体上的关联,主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布,基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系 |
---|---|
2. DMR相关基因表达与甲基化修饰,以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体,以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系 | |
3. DMR相关基因与差异基因联合分析,将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集,以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息 | |
4. DMR相关基因与差异基因功能分析,主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析 |
送样建议
样本类型 | 送样建议 |
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新鲜动物组织 | >500 mg |
新鲜培养细胞数量 | 5×108个 |
全血 | >2 mL |
常见问题
1.为什么RRBS数据分析中样本的CG含量较低?
由于样品在建库时使用bisulfite处理后,非甲基化的C转化为U,后期PCR后进一步转化为T,因此甲基化项目CG含量偏低是正常的。
2.为什么 RRBS 主要应用于人、鼠、猪等高等哺乳动物?
RRBS 用 MspI 酶切将 CpG 位点富集出来进行测序,该酶的酶切位点为 CˇCGG,而不适用于CHG与CHH序列环境的检测。 高等哺乳动物中 DNA 甲基化主要发生在5’-CpG-3’二核苷酸的胞嘧啶上,植物中许多物种的甲基化信息位于CHG与CHH序列环境。
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