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诺禾致源

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表观组测序

RRBS—经济且准确的DNA甲基化

  • 简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域,并进行 Bisulfite 测序,同时 实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法,简化甲基化测序在大规模 临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
  • 准确:

    单碱基分辨率,准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态。
  • 经济:

    性价比高,在较少的测序数据量下,针对启动子及 CpG 岛区域的DNA甲基化进行分析。

应用方向

队列研究 疾病与风险因素、遗传特征、生物标记物等研究。
癌症疾病 肿瘤、精神疾病、代谢病、免疫病等研究。
动物发育 肌肉发育、育种与繁殖等研究。

诺禾优势

  • 1. 生信分析内容丰富 诺禾RRBS基于文章中高频出现的分析内容,搭建DNA甲基化与转录组关联分析。
  • 2. 周期快、质量好,稳定性高 诺禾RRBS用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现 快速、稳定的测序数据分析及交付。Alternate Text
    • PE150

      测序读长
    • ≥80%

      测序质量Q30
    • 20,280

      物理核数
    • 1,727T flops

      项目经验
    • 400TB

      总内存
    • 58.6PB

      总储存
  • 3. 方案设计专业,质控严格 诺禾RRBS建库加入阴性对照λDNA,要求重亚硫酸盐转化效率99%以上,并采用主流软件bismark 进行分析... 从材料 选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    DNA样品

    文库构建
    甲基化文库

    PE150测序

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对猪,牛,羊,人,大鼠,小鼠等物种进行简化甲基化测序分析,助力客户在Journal of Agricultural and Food Chemistry等权威杂志发表多篇高水平文章。

信息分析

诺禾致源RRBS实现单碱基分辨率的甲基化位点准确 定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 比对率和覆盖度分析
甲基化位点calling 分析甲基化位点
甲基化分布 甲基化在基因组,染色体,功能与元件上的分布
差异甲基化分析 寻找 DMR
相关基因分析 相关基因GO,KEGG 富集分析
多样本分析 PCA 分析多样本甲基化变化规律

关联分析

通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析,可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性,样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此RRBS和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究,生物性状等多种领域。 基于多组学文章中的应用场景和经验,诺禾致源搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程,以助力科研者们发表高分文章。
DNA甲基化与RNA-seq关联分析 1. 整体上的关联,主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布,基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系
2. DMR相关基因表达与甲基化修饰,以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体,以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系
3. DMR相关基因与差异基因联合分析,将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集,以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息
4. DMR相关基因与差异基因功能分析,主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析

送样建议

样本类型 送样建议
新鲜动物组织 >200 mg
新鲜培养细胞数量 >107个
全血 >2 mL

常见问题

  • 1.为什么RRBS数据分析中样本的CG含量较低?

      由于样品在建库时使用bisulfite处理后,非甲基化的C转化为U,后期PCR后进一步转化为T,因此甲基化项目CG含量偏低是正常的。

  • 2.为什么 RRBS 主要应用于人、鼠、猪等高等哺乳动物?

      RRBS 用 MspI 酶切将 CpG 位点富集出来进行测序,该酶的酶切位点为 CˇCGG,而不适用于CHG与CHH序列环境的检测。 高等哺乳动物中 DNA 甲基化主要发生在5’-CpG-3’二核苷酸的胞嘧啶上,植物中许多物种的甲基化信息位于CHG与CHH序列环境。

拓展材料

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