基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
基因合成>
smallRNA测序 ——研究small RNA功能及调控机制
小RNA(Small RNA,sRNA)通过特异性地识别结合 RNA 诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制,在调节个体发育、细胞增殖分化、肿瘤的发生发展及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用,是细胞中高度复杂的 RNA 调控网络中的重要成员。目前广为研究的small RNA 主要是miRNA、siRNA和 piRNA,其中 miRNA 的研究最为深入。应用方向
small RNA适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。植物方向
植物对环境的适应性、突发、个体发育、遗传性状动物方向
农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制真菌方向
机理性、应用性、药用食用性研究诺禾优势
1. 周期快、质量好,稳定性高
Small RNA通过先进的测序平台,一次性可获得数百万条序列,结合先进的分析方法,可在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的Small RNA,得到与调控相关的所有基因。项目周期45天
测序平台Novaseq
2. 方案设计专业,质控严格
诺禾Small RNA测序采用Illumina测序平台,可针对样本中的sRNA展开分析,既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因,为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。材料选取
提取RNA
≥ 2 μg
文库构建
诺禾致源独有
smallRNA文库
SE50测序
6~20Mb
信息分析
3. 项目文章以及物种经验丰富
诺禾致源已经成功对鼠、猪、牛、水稻、葡萄、芒草、南极鱼、鲟鱼、红旗东方魨、大鲵、扬子鳄、梭子蟹、对虾、扇贝、海参、疟原虫、蝗虫等300多个物种进行small RNA测序分析,并在The Plant Cell、 Scientific Reports等权威期刊发表文章20多篇。80人
分析团队7年
项目经验2000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
诺禾高通量测序技术可以对样本中small RNA进行测序和表达定量,从而解析sRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序原始数据质控后,进行Clean reads 长度分布统计,small RNA注释, 已知 miRNA 注释,已知piRNA注释,ncRNA分析,新miRNA 预测(有参考基因组),差异基因分析,miRNA 家族分析,差异表达 miRNA 聚类分析,miRNA靶基因预测,靶基因GO、KEGG富集分析。协助研究者从海量数据中 找出与条件相关的特异性基因, 然后进?步分析这些特异性基因的生物学意义。关联分析
1.miRNA与lncRNA关联分析
2.miRNA与mRNA关联分析
3.miRNA与CircRNA关联分析
送样建议
样品类型 | 送样量 | 备注 |
---|---|---|
新鲜动物组织干重 |
内脏组织、脑组织≥0.5g脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织≥2g |
核酸不丰富部位, 例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量 |
新鲜植物组织干重 |
叶片、花≥ 0.8g 根、茎、种子等其他组≥2g |
成熟部位,例如植物茎、根、种子等部位建议酌情增加送样量 |
新鲜培养细胞 |
≥1×10 7个 | |
BD采血管 |
≥2管 | 血液样本送样前加入EDTA抗凝管,推荐使用BD管送样 |
Total RNA建库起始量 |
总量:≥2ug | 浓度:≥50ng/uL;体积:20uL ≤ V ≤120uL |
常见问题
1.小 RNA 测序对样品提取有什么特殊要求?
2.为什么实验结果中会存在降解的 rRNA序列?
3.进行小 RNA 测序时,客户除了样品以外还需要提供哪些相关信息?
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