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转录调控测序

smallRNA测序 ——研究small RNA功能及调控机制

小RNA(Small RNA,sRNA)通过特异性地识别结合 RNA 诱导的沉默复合体(RISC)对目标 mRNA 的表达在转录和翻译水平进行抑制,在调节个体发育、细胞增殖分化、肿瘤的发生发展及抗病毒等整个细胞水平的几乎所有事件中起着重要的调控作用,是细胞中高度复杂的 RNA 调控网络中的重要成员。目前广为研究的small RNA 主要是miRNA、siRNA和 piRNA,其中 miRNA 的研究最为深入。
Small RNA测序采用Illumina测序平台,可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开分析,既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因,为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。

应用方向

small RNA适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。
  • 植物方向

    植物对环境的适应性、突发、个体发育、遗传性状
  • 动物方向

    农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制
  • 真菌方向

    机理性、应用性、药用食用性研究

诺禾优势

  • 1. 周期快、质量好,稳定性高

    Small RNA通过先进的测序平台,一次性可获得数百万条序列,结合先进的分析方法,可在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的Small RNA,得到与调控相关的所有基因。
    • 项目周期45天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业,质控严格

    诺禾Small RNA测序采用Illumina测序平台,可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开分析,既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因,为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。

    材料选取

    提取RNA
    ≥ 2 μg

    文库构建
    诺禾致源独有
    smallRNA文库

    SE50测序
    6~20Mb

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功对鼠、猪、牛、水稻、葡萄、芒草、南极鱼、鲟鱼、红旗东方魨、大鲵、扬子鳄、梭子蟹、对虾、扇贝、海参、疟原虫、蝗虫等300多个物种进行small RNA测序分析,并在The Plant Cell、 Scientific Reports等权威期刊发表文章20多篇。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 2000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、 siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序原始数据质控后,进行Clean reads 长度分布统计,small RNA注释, 已知 miRNA 注释,已知piRNA注释,ncRNA分析,新miRNA 预测(有参考基因组),差异基因分析,miRNA 家族分析,差异表达 miRNA 聚类分析,miRNA靶基因预测,靶基因GO、KEGG富集分析。协助研究者从海量数据中 找出与条件相关的特异性基因, 然后进?步分析这些特异性基因的生物学意义。

关联分析

  • 1.miRNA与lncRNA关联分析

    • 当lncRNA上带有miRNA结合位点时,miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时,根据ceRNA理论,miRNA可以通过RISC与lncRNA结合,指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析,可通过生信分析 软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。
  • 2.miRNA与mRNA关联分析

    • 根据miRNA对mRNA的抑制作用原理,筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA,以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对。
  • 3.miRNA与CircRNA关联分析

    • CircRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

送样建议

样品类型 送样量 备注
新鲜植物组织 ≥800mg 含水量大的组织 2 g 以上
新鲜动物组织 ≥500mg 脂肪等 RNA 得率低的组织 2 g 以上
新鲜培养细胞 ≥1×10 7 去除培养基
菌体 ≥1×10 7或≥500mg
新采集的全血 ≥4 ml 血液样本送样前需要经过处理,推荐使用BD管送样
Total RNA建库起始量 ≥2ug

常见问题

  • 1.小 RNA 测序对样品提取有什么特殊要求?

    • 提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒,也不要使用LiCl沉淀,以免丢失小片段RNA。如果直接提供small RNA样品,可以使用small RNA提取专用试剂盒来进行提取。
  • 2.为什么实验结果中会存在降解的 rRNA序列?

    • 由于 total RNA 会发生轻微的降解,生物体内也有自然的降解过程,因此实验结果中会含有小部分 mRNA 降解片段。但通常比例很低,并且取决于样品 total RNA 的质量。
  • 3.进行小 RNA 测序时,客户除了样品以外还需要提供哪些相关信息?

    • 需要提供相应物种的参考基因组相关信息。如果没有本物种的基因组,需要提供近缘物种的相关信息。

拓展材料

  • 收藏好文

    Small RNA测序,只懂miRNA你就out了!
  • 线上课程

    转录调控多组学拓新应用专题研讨会

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