基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
细菌测序——对细菌基因组进行深入挖掘研究
细菌基因组研究,是通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同,我们提供了细菌框架图(草图)和细菌完成图两种不同的解决方案。通过对这些细菌测序研究,我们可以更好地了解和掌控菌株的生理过程,让细菌更好地为我们所用。应用方向
基因功能研究
预测重要基因和蛋白研究功能与机制进化分析
研究细菌种内进化关系病原菌
鉴定病原菌致病机制诺禾优势
1.方案设计专业,流程严格
从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。多平台的选择,不同精细程度的细菌基因组测序方案,适用不同研究背景,为您量身定制适宜的细菌基因组解决方案。细菌完成图我们承诺 1 Contig,0 gap!产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 | 适用范围 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|---|
细菌框架图 | Illumina PE150 | 350 bp文库 ≥ 100 X | 无 | 大规模测序 快速扫描 |
30个自然日 |
细菌完成图 | PacBio或Nanopore | 10 Kb 文库 ≥100 X | 1 contig 0 Gap |
少量菌株测序 精确到位 |
45个自然日 |
2.周期短,质量好
诺禾致源细菌基因组测序采用先进的Illumina PE150的二代测序平台,PacBio或Nanopore三代测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。30天+
项目周期Genome
检测方法ALL
检测结果20,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存3.项目文章以及经验丰富
诺禾致源微生物客户遍布全球,项目合作涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等多个领域。细菌基因组完成样品数超过上万个,已助力客户在mSystem、Nature Communication、Genome Biology、Microbiome、ISME等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。60人
分析团队8年
项目经验8000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
分析内容=标准分析+高级分析。基因组组装 | 基因组组装及结果评估 | 组装获得高质量的基因组序列 |
---|---|---|
基因组结构研究 | 编码/非编码基因预测 | 预测编码/非编码基因信息 |
重复序列分析 | 分析基因组重复序列结构 | |
基因岛预测 | 预测基因组内基因岛结构 | |
前噬菌体预测 | 预测基因组前噬菌体序列 | |
CRISPR 预测 | 对基因组进行 CRISPR 预测 | |
基因基本功能注释 | 常见功能数据库注释 (NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy) |
通过常见权威数据库解释编码基因功能 |
全基因组功能圈图展示(完成图) | 全面总览基因组组分情况 | |
基因组甲基化修饰分析(完成图) | 总览基因组甲基化修饰情况 | |
菌株致病相关研究 | 分泌系统效应蛋白、病原与宿主互作、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇 | 从胞外分泌、宿主互作等机制解释菌株致病性 |
细菌致病菌毒力因子和耐药基因注释(VFDB、 ARDB、CARD ) | 毒力因子及致病性相关基因 |
研究目标 | 应用技术 | 解决问题 |
---|---|---|
个体深入变异解析 | 基因组间共线性分析 | 基因组一对一共线性比较 寻找基因组间同源序列 |
基因组间变异检测 | 以共线性区域为基础 全面解析基因组间变异信息 |
|
群体进化历史解读 | Core-pan基因解析 | 构建Core-pan基因集合 单拷贝基因用于进化分析 |
进化树构建、ANI、cgMLST | 构建菌株间进化关系 解析菌株起源传播规律 |
送样建议
DNA 送样要求产品类型 | 文库类型 | 浓度要求 | 总量要求 (单次建库) | 其他要求 |
---|---|---|---|---|
细菌框架图 | 350bp 文库 | >24ng/μL | 400ng | DNA 无降解,条带单一,无杂带,无 RNA、 蛋白质等杂质污染 |
细菌完成图 | 350bp 文库 10Kb 文库 |
≥70 ng/μL | ≥5 μg |
常见问题
1.检测新菌株的变异,通过比较基因组或重测序均可以实现,应该如何选择?
2.为何完成图选择三代测序平台?
3.对于细菌基因组测序,三代和二代测序相比有何优势?
4.群体进化分析,对于参考基因组选择有什么要求?
5.细菌基因组中如何预测核糖体rDNA基因?
6.基于共线性分析检测得到菌株变异,应该如何解读?
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