• 客户服务系统CSS
  • |
  • |
诺禾致源

 > 

科技服务

 > 

转录调控测序

circRNA测序—研究circRNA的差异表达如何影响生物学过程

环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类特殊的非编码RNA分析,测序采用Illumina测序平台进行测序,针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定以及来源基因的分析, 环状RNA测序在医学、农学研究领域应用越来越广泛。
  • 高效:定量准确、检出率高:

    基于高通量测序,依据主流数据库和circRNA鉴定软件,分析项目物种的circRNA信息,深入挖掘circRNA在转录调控中所发挥的
    重要功能。

应用方向

circRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。
  • 生长发育

    人、小鼠、果蝇等细胞、组织生长发育研究。
  • 癌症疾病

    肿瘤、代谢病、免疫病等疾病发生与诊治研究。
  • 植物

    植物胁迫、生长发育、遗传育种等研究。

诺禾优势

  • 1. 平台优,周期短,性价比高

    诺禾circRNA测序采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • 交付周期<60天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业,质控严格

    诺禾circRNA测序采用去核糖体及线性RNA方式进行建库,能够有效捕获样品中circRNA,满足同时circRNA差异表达水平的分析以及miRNA结合位点分析。从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学 、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    提取RNA
    ≥ 2 μg

    文库构建
    链特异性文库

    PE150测序
    8Gb

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功完成对人,鼠,猪,绵羊,耗牛,牛,鸡、兔子,树鼩,鸟类,鸡,斑马鱼,罗非鱼,草鱼,牙鲆,水稻,烟草,棉花,梅花,陆地棉,二穗短尾草,西瓜,梨,海带,杜仲,真菌、葡萄等等, 近百个物种进行circRNA测序分析,助力客户在Molecular Therapy等权威杂志发表多篇高水平文章。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 400+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾致源circRNA测序项目,标准分析流程:主要包括质控,比对,拼接,鉴定,筛选,定量,差异分析,富集分析,miRNA结合位点分析,组织特异性分析,编码潜能预测等等环节。该分析的核心是circRNA 可以通过与 miRNA 结合的方式抑制 miRNA 的功能。因此,对鉴定的 circRNA进行 miRNA 结合位点分析,有助于进一步研究 circRNA 的功能。

关联分析

  • 1.circRNA与miRNA关联分析

    • circRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。
  • 2.circRNA、miRNA与mRNA关联分析

    • circRNA具有miRNA结合位点,可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调节作用,从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论,筛选拥有相同miRNA结合位点的circRNA-靶基因对, 构建以circRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的circRNA-miRNA- mRNA调控关系,构建ceRNA调控网络。

送样建议

样品类型 送样建议 备注
新鲜动物组织 ≥0.8g 脂肪等 RNA 得率低的组织 2 g 以上
新鲜植物组织 ≥1 g 含水量大的组织 1.5~2 g 以上
新鲜培养细胞 ≥5×10 7 去除培养基
新采集的全血 ≥6 ml 血液样品送样前加入 EDTA 抗凝剂
Total RNA建库起始量 ≥2ug

常见问题

  • 1.lncRNA 数据中有多少是circRNA 的数据?

    • 10%左右,与细胞的来源和所处状态有关,因为 circRNA 的表达具有组织特异性和时序 性,不同来源和状态的细胞或组织circRNA 的表达量不同。
  • 2.lncRNA 建库方法的检出率为多大?

    • 15%-27%。有文献报道,RNase R 未处理的检出率是处理后的 24%。
  • 3.circRNA 的长度分布是多少?

    • 200-100000nt
  • 4.miRNA结合位点分析具体指什么?

    • miRNA 结合位点分析,预测circRNA通过竞争性结合 miRNA 影响基因的表达;来源基因分析,通过来源基因的变化来预测其功能。
  • 5.circRNA测序都可以和哪些数据联合分析?

    • circRNA 产品可以和转录组,miRNA ,甲基化产品联合分析,具体如何分析需根据研究 目的和老师的需求制定个性化分析。
  • 6.为什么需要 8G 这么大的数据量?

    • 8G 的数据量是为了保证低表达的circRNA 的检出。继续增大数据量,还会一定程度增 加circRNA的检出数量。

拓展材料

更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585,或发送邮件至 service@novogene.com

Copyright@2011-2022 All Rights Reserved    版权所有:北京诺禾致源科技股份有限公司    京ICP备15007085号-1

一对一业务咨询

一对一业务咨询

在线客服

联系方式

联系电话

400-658-1585

企业邮箱

service@novogene.com
返回顶部