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转录调控测序

互作转录组测序

互作转录组—揭示物种间生存关系与相互作用

互作转录组测序(Dual RNA-seq)主要是针对解决病原体和宿主之间互作的问题。无需分离两物种,避免分离造成的干扰;构建一个文库即可同时研究两个及其以上物种的转录情况和基因调控 关系、揭示物种间相互作用动态变化,挖掘物种间相互作用机制。
  • 全面高效:

    高通量全面捕捉相互作用物种转录本,剖析基因表达动态变化,构建物种间相互作用网络,筛选活性功能基因。
  • 分析多样:

    针对不同研究目的配套高级分析,比如共表达调控网络WGCNA、毒力因子注释或者时序性分析等。

应用方向

植物病害与抗病感病机理
生理适应与分子响应
病原菌与宿主免疫
物种间共生机理

诺禾优势

  • 1. 不同物种不同建库手段

    真核-真核互作采用ployA富集方式建库;
    真核-原核互作采用去除核糖体RNA链特异性方式建库;
    原核-原核互作采用原核链特异性方式建库。
  • 2. 分析全,稳定性高

    诺禾互作转录组采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • ≤30

      样本量
    • 50天

      项目周期
    • PE150

      测序读长
    • ≥80%

      测序质量Q30
  • 3.质控严格,分析流程多样

    诺禾互作转录组不仅提供物种的转录组分析内容,针对不同需求配置高级分析WGCNA、毒力因子注释、蛋白相互作用网络等深度挖掘种间关系信息... 从材料选取,建库测序, 到数据分析,每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    RNA样品
    ≥ 1 μg

    文库构建
    多类型文库

    PE150测序
    12~24Gb

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功完成对已经成功对真菌-水稻、疫霉菌-烟草、真菌-小麦、真菌-百合、真菌-柑橘、真菌-大豆、尖孢-苦瓜、交替单胞菌-金藻等近百个物种进行互作转录组测序分析。 助力客户在The Journal of Clinical Investigation、Nature Communication等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经 验,优质的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 1000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾致源互作转录组测序项目,针对不同的物种出具相应的转录组分析报告内容,以及挖掘物种间相互作用的生信分析。此外,诺禾致源提供个性化分析的服务,可以根据客户需求定制分析内容。
标准分析 高级分析
标准真核 / 原核转录组分析 WGCNA
String 数据库注释
PHI 数据库注释
VFDB 数据库注释
HPIDB 数据库注释

送样建议

组织类型 送样建议
新鲜动物组织 >500 mg
新鲜植物组织 >800 mg
新鲜培养细胞数量 >107

常见问题

  • 1.互作转录组的物种必须都要有参考基因组吗?

    • 理论上,最好是两个物种都有参考基因组,得到的结果更准确。但是也有文献报道,互作样本中只有一个物种有参考基因组,其分析流程是先将测序数据与有参考基因组物种进行 mapping,将 mapping 数据剔除后的转录组数据,可以选择与近缘物种 mapping 或 denovo 拼接的方式得到另一物种的信息,进一步进行分析。但是对于互作样品中的原核部分必 须有参考基因组,如果没有参考基因组,可以通过细菌扫描图实现。
  • 2.互作转录组相对于普通转录组有何优势?

    • 互作转录组是针对两种或两种以上具有相互作用的物种,一般互作方式包括共生、寄生、竞争以及捕食等。普通转录组需要对两种物种分离,但是会浪费部分信息并会带来其他的影响, 而互作转录组可同时研究两种或更多的物种,无需分离,排除分离带来的影响;成本更低,只构建一个转录组文库,便可同时分析两个物种,最终得到两个物种基因间的调控关系。
      诺禾致源拥有专业的设计方案、严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务,确保每一个环节都能出色完成,助力您的科学研究。

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