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单细胞测序

10X 单细胞转录组

scRNA-Seq 解析单个细胞内基因表达情况

  • 高效:

    10x Genomics 单细胞转录组测序平台利用微流控和 barcode 标记等技术,捕获近十万个细胞,从而获得大量的转录组信息。该过程通量高、成本低、周期短。
  • 准确:

    在细胞分型和标记因子的鉴定上有着得天独厚的优势,为细胞类型鉴定、信号通路差异响应、分子调控网络、细胞异质性研究带来了全新的方法与便利的手段。

应用方向

1.干细胞分化以及组织器官发育研究
2.神经系统发育研究
3.免疫方向研究
4.肿瘤异质性研究
5.疾病分型以及用药指导

诺禾优势

1. 多个驻地实验室,提供更方便的实验预约
2. 上门、寄送全方位服务模式,拥有极致周期
3. 从样本制备到个性化分析,为您提供全方位的服务

信息分析

单细胞转录组的分析核心是细胞的分群和亚群差异基因的鉴定,诺禾单细胞使用10x官方分析软件Cell Ranger和第三方软件Seurat对细胞进行分群和差异分析,对差异基因进行功能富集,从而鉴定亚群的功能特征。

送样建议

组织类型 新鲜组织、新鲜悬液或者速冻组织
细胞大小 >5~30 μm
建议细胞活性 >80%,(尽量去除细胞团 / 碎片 / 杂质等)
细胞浓度 700~1200 cell/μL
细胞总量 >建议30 万,最低尝试量 10 万细胞

常见问题

  • 1.为什么选择单细胞测序技术?

    • 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞,单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关 系等提供了新方向, 广泛应用于生殖细胞、胚胎干细胞、神经细胞、肿瘤细胞、免疫细胞等热点研究领域。
  • 2. 对于单细胞的样本要求?

    • 细胞数量与浓度:建议5×105个,浓度为1000个/μL
      细胞活性:大于80%,建议风险建库数量为105
      细胞尺径:5 μm ≤ X ≤ 30 μm。
  • 3. 细胞捕获数?基因检出数?

    • 细胞捕获数与样本活性与细胞浓度密切相关。一般建议5000细胞,更多的细胞可以少量提升基因检出数。基因检出数与样本状态有关,不同类型的样本,基因检出数存在数倍的差异。
  • 4. 细胞数达不到106是否可以做10X Genomics 单细胞转录组?

    • 可以做,但是有风险。Cell counter 计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右,如果细胞数过低,很有可能会存在计数不准确的情况,我们就无法较准确得到细胞浓度 从而进行上样,这会影响后续实际细胞检出数目;另外,实验前需要清洗细胞2次,每次损失最少25%,而且细胞计数2次也会损失一定细胞,太少量无法进行操作。
  • 5. 细胞活性达不到80%是否可以做10X Genomics 单细胞转录组?

    • 细胞活性过低时,细胞内的 RNA 可能会发生降解,从而使得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况,影响基因检出。因此如果客户细胞数目及细胞情况实 在无法满足要求,需要事先了解风险。
  • 6. 能够在细胞捕获阶段判断出捕获的细胞数量?

    • 不能。但是可以通过反转录得到的 cDNA 浓度,大体估算细胞捕获量的范围。
  • 7. 线粒体基因过滤情况和多细胞去除方法?

    • 线粒体基因比例高,通常意味着细胞活性低,这种情况下需要进行线粒体基因过滤。并不是所有项目都会进行线粒体基因过滤,视样本情况而定。大多占比大于20%或30% 的时候会进行这一步骤,有的会高达50%才进行。
      在细胞捕获量大或细胞成团的时候,多细胞比例会升高,这时需要进行多细胞去除。目前10X官方没有多细胞去除的标准。我们的标准是对于 UMI 的数量进行一个上限的设定。

拓展材料

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