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诺禾致源

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基因组测序

二代建库测序服务

二代建库测序—短周期、高质量

建库测序产品是以自动化建库平台、自动化质控流程和高性能的计算平台为技术依托,对合作伙伴提供的合格样品进行建库并运用 illumina 测序平台测序,或者对合作伙伴提供的合格文库直接进行测序,产出高质量的测序数据提供给客户进行生物信息学分析。

诺禾优势

  • 1. 多元化精准的产品类型

    DNA文库 RNA文库 PCR-free文库 自建库
    非常规小片段文库
    宏基因组文库
    人外显子文库
    人重测序文库
    全基因组DNA甲基化文库
    ChIP-seq文库
    RAD文库
    普通转录组文库
    链特异性转录组文库
    原核链特异性文库
    宏转录组文库
    lncRNA文库
    sRNA文库
    circRNA
    扩增子文库
    PCR产物文库
    基因组PCR-free文库
    自建库散样
    自建库包lane
    自建库包flow cell
  • 2.全方位详尽的测序策略

    测序平台 自建库产品类型 数据产出
    Novaseq 6000 Novaseq PE150 自建库散样/lane/FC 800G/lane 3.2T/flowcell
    Novaseq PE250 自建库散样/lane/FC 400M/lane 800M/flowcell
    Novaseq PE50 自建库散样/lane/FC 400M/lane 800M/flowcell
    Novaseq SE50 自建库散样/lane/FC 400M/lane 800M/flowcell
  • 3.完善的服务团队

    至2021年为止,建库测序服务团队拥有9年项目经验,结题数目超过50000个,具有完善的服务体系和技术团队。
    • 50人

      分析团队
    • 9年

      项目经验
    • 50000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务
  • 4.高质量的数据产出

    诺禾致源建库测序平台获得 illumina 颁发的 CSPro 资质证书,并成为 illumina 在中国大陆的 IGN 人重测序服务商。我们承诺的测序数据指标均高于 illumina 官方标准,可在测序服务合同中体现。
    测序策略 数据量交付标准 数据质量交付标准
    SE50 ≥目标数据量的90% 平均Q20≥95%,平均Q30≥90%
    PE150 ≥目标数据量的90% 平均Q20≥85%,平均Q30≥80%
    PE250 ≥目标数据量的90% 平均Q20≥85%,平均Q30≥80%
  • 5.极速的项目周期

    诺禾致源依托柔性智能交付平台 Falcon ,满足四大产品类型(WGS、WES、RNAseq、建库测序产品)共线并行的交付,极大的提高了产品交付周期和数据质量。

送样建议

文库类型 二代DNA文库类型
DNA小片段文库 人外显子、目标区域捕获 PCR-free RAD-Seq GBS-Seq 甲基化 RRBS 扩增子 宏基因组
植物组织 ≥0.5g - ≥3g ≥1g ≥0.5g ≥2g ≥2g ≥0.5g -
动物组织 ≥0.3g ≥0.5g ≥1.5g ≥0.5g ≥0.5g ≥1g ≥1g ≥0.3g -
细胞 ≥5×10 6 ≥5×10 7 ≥5×10 8 ≥5×10 7 ≥5×10 7 ≥5×10 8 ≥5×10 8 - -
动物血液(哺乳类) ≥1mL ≥1mL ≥5mL ≥1mL ≥1mL ≥2mL ≥3mL ≥1mL -
动物血液(红细胞有核类) ≥0.5mL ≥0.5mL ≥3mL ≥0.5mL ≥0.5mL ≥1mL ≥2mL ≥0.5mL -
唾液 ≥4mL ≥4mL ≥10mL - - - ≥10mL ≥4mL -
菌液(对数生长期) >4mL - ≥0.5g - - - - ≥0.5g -
菌体 对应菌液离心,可见明显沉淀 - ≥5mL
菌液离心
- - - - ≥4mL
菌液离心
-
土壤 - - ≥3mL
(离心管刻度)
- - - - ≥2mL
(离心管刻度)
≥5mL
(离心管刻度)
粪便、肠道内容物、食糜 ≥1mL(离心管刻度) - ≥2mL
(离心管刻度)
- - - - ≥1mL
(离心管刻度)
粪便、肠道内容物≥2mL;
食糜≥4mL(离心管刻度)
瘤胃液 ≥2mL - ≥2mL - - - - ≥2mL ≥2mL
水体(滤膜) 直径4cm,滤膜3张 - 直径4cm,滤膜3张 - - - - 直径4cm,滤膜3张 直径4cm,滤膜3张
FFPE 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片6张 - - - - - - - -
拭子 ≥4个 ≥4个 ≥10个 - - - - ≥4个 ≥5-10个
毛发 ≥20根 ≥20根 - - - - - - -


样本类型 二代RNA文库类型
普通转录组/DGE LncRNA 宏转录组文库 原核链特文库 smallRNA circRNA 备注
新鲜植物组织干重 ≥0.3g ≥0.3g ≥0.3g ≥0.8g - - ≥0.8g ≥1g 成熟部位例如植物茎、根、种子等建议2倍以上送样
新鲜动物组织干重 ≥0.2g ≥0.2g ≥0.2g ≥0.5g - - ≥0.5g ≥0.8g 核酸不丰富部位例如脂肪、成熟皮肤、骨头等建议酌情增加送样量
新鲜培养细胞 ≥2×10 6 ≥2×10 6 ≥2×10 6 ≥10 7 - - ≥10 7 ≥5×10 7 -
新采集的全血(加入Trizol) ≥5ml(全血:Trizol=1:3) ≥5ml(全血:Trizol=1:3) ≥5ml(全血:Trizol=1:3) ≥8mL - - ≥8mL ≥10mL -
PAXgene采血管 ≥2管 ≥2管 ≥2管 ≥3管 - - ≥3mL ≥5mL -
血清/血浆/细胞上清液/胸腔积液/脑脊液 - - - ≥20mL ≥20mL ≥20mL ≥20mL - -
唾液 - - - ≥5mL ≥5mL ≥5mL ≥5mL - -
石蜡切片 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片12张 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片12张 - - - - - - -
粪便样本 - - - - ≥1g ≥1g - - -
菌体 ≥2×10 6 ≥2×10 6 ≥2×10 6 ≥10 7 - - ≥10 7 ≥5×10 7 -
≥0.2g ≥0.2g ≥0.5g ≥0.5g ≥0.5g ≥0.5g ≥0.5g ≥0.8g
半固体细菌 ≥0.5mL ≥0.5mL - - - - - - -

常见问题

  • 1. 二代测序错误率为什么开始和末期会升高?

    • (1)测序错误率用E表示,碱基质量值用Q表示,Qphred=-10log10(e)Q30/Q20对应碱基正确率99.9%和99%。
      (2)一般测序片段前段几个bp以及片段末端的错误率会偏高;测序错误率会随片段长度增加而升高,这是由于化学试剂消耗造成的,是Illumina平台的共有特征。(非常规片段文库测序质量Q20、Q30会降低一些)。
  • 2. 文库产出均一性指什么

    • 测序时,同一条lane中的文库,产出数据量与文库加入量保持均一。例如混5个库,共得到50G数据,不会出现某一文库数据量30G而另一文库数据量只有5G的现象,要均等的每个库为10G。
  • 3. 基因组污染对RNA测序的影响?

    • 基因组污染会影响RNA的准确定量,会对后期建库及库容的计算造成影响;其次如果磁珠富集过后的RNA还存在基因组污染,会在后续的RNA建库过程中引入基因组的数据,对后续的分析产生影响。 可通过DNA酶消化去除,或PCR后切胶。
  • 4. 文库库检出现接头污染/含小片段如何处理?

    • 对于接头污染或引物二聚体污染可用磁珠纯化加以处理,而小片段文库只能切胶纯化,纯化效率一般在30%左右,风险比较高。

拓展材料

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