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诺禾致源

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转录调控测序

全转录组测序—研究非编码RNA与mRNA间的靶向调控以及相互作用关系

全转录组高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法和小片段富集筛选建库方法,可实现编码RNA和非编码RNA的建库、测序、信息分析及联合分析、ceRNA等,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程 (例如发育、疾病等)所有RNA转录本数据信息,通过数据分析将生物调控机制研究延伸到“ 网、多层面”结合的立体模式,有助于相对全面解读生物学现象。
  • 1.两库全转录组测序:LncRNA-Seq + Small RNA

    (1)采用去核糖体链特异性建库模式,进行PE150测序,实现lncRNA、mRNA、circRNA鉴定和定量、以及功能分析;
    (2)采用富集小RNA片段建库方法,进行SE50测序,实现miRNA、siRNA以及piRNA鉴定和定量,以及功能分析等;
  • 2.三库全转录组测序:LncRNA-Seq+ Small RNA+ CircRNA

    (1)采用去核糖体链特异性建库模式,进行PE150测序,实现lncRNA、mRNA、鉴定和定量、以及功能分析;
    (2)采用去除线性RNA,富集环状RNA建库方法,进行PE150测序,实现对低丰度的环状RNA鉴定和定量及功能分析;
    (3)采用富集小RNA片段建库方法,进行SE50测序,实现miRNA、siRNA以及piRNA鉴定和定量,以及功能分析等; 
    以上两种模式,还可以实现互作网络分析,以及内源竞争性RNA鉴定和网络分析。

应用方向

  • 动物方向

    人、小鼠、斑马鱼等胚胎发育、性腺发育、肌肉发育和免疫调控生命过程研究。
  • 植物方向

    植物逆境响应、器官发育、生殖生长和病毒侵染等研究。
  • 癌症疾病方向

    肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等疾病发生与诊治研究。

诺禾优势

  • 1. 周期快、质量好,稳定性高

    诺禾全转录组测序采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • 交付周期<60天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业,质控严格

    诺禾全转录组测序采用去核糖体链特异性建库方式和小片段富集筛选建库方法,能够满足同时对lncRNA、circRNA、smallRNA和mRNA的差异表达水平分析、功能预测及关联分析。从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    提取RNA
    ≥ 3.0μg

    文库构建

    PE150测序
    SE50测序

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已成功完成对人、小鼠、鸡、牛、猪、斑马鱼、水稻、等近百个物种的全转录组分析,助力客户科学研究及文章发表。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验, 完善的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。
    • 80人

      分析团队
    • 10年

      项目经验
    • 2000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾致源全转录组测序项目,既有lncRNA、circRNA、miRNA和mRNA的标准分析,又有全转录组关联分析。全转录组关联分析分为WTS和ceRNA两种分析流程。
WTS分析基于标准分析流程中的各靶向分析结果和各差异比较组合间差异表达分析,分析得到组间差异表达的各类RNA分子的靶向关系,并以此构建三种RNA分子间的调控网络。
CeRNA分析基于标准分析内容中各RNA分子的靶向预测结果,但不依赖于比较组合间的差异表达分析,而是直接筛选与miRNA呈负相关的ncRNA和mRNA分子,并以此构建三种分子间的调控网络。


wts信息分析流程图

ceRNA信息分析流程图

关联分析

  • 1.LncRNA与mRNA关联分析

    • LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。通过生信软件进行lncRNA与mRNA的关联分析。
  • 2.lncRNA与miRNA关联分析

    • lncRNA上带有miRNA结合位点时,miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA功能。通过生信分析软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。
  • 3.miRNA与mRNA关联分析

    • 根据miRNA对mRNA的抑制作用原理,筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA,以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对。
  • 4.lncRNA、miRNA与mRNA关联分析

    • LncRNA具有miRNA结合位点,lncRNA通过与mRNA竞争性结合miRNA,抑制miRNA对靶基因的调控作用,从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论,筛选拥有相同miRNA结合位点的lncRNA-靶基因对, 构建以lncRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的lncRNA–miRNA-mRNA调控关系,构建ceRNA调控网络。
  • 5.circRNA与miRNA关联分析

    • circRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。
  • 6.circRNA、miRNA与mRNA关联分析

    • circRNA具有miRNA结合位点,可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调节作用,从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论,筛选拥有相同miRNA结合位点的circRNA-靶基因对, 构建以circRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的circRNA-miRNA- mRNA调控关系,构建ceRNA调控网络。

送样建议

样品类型 送样建议 备注
新鲜动物组织 900mg 脂肪等 RNA 得率低的组织 2 g 以上
新鲜植物组织 1500mg 含水量大的组织 2 g 以上
新鲜培养细胞 2*10^7 去除培养基
新采集的全血 6ml 血液样本送样签加入EDTA抗凝管,推荐使用BD管送样
Total RNA建库起始量 ≥3ug或≥5ug 两库全转:≥3ug; 三库全转:≥5ug

常见问题

  • 1.全转录组产品两种技术模式如何选择?

    • 全转录组有两种,一种为两库全转,即采用两种建库测序模式;一种为三库全转,即采用三种建库测序模式;主要区别在于环状RNA研究方式不同,一个是对环状RNA广谱研究,即对环状RNA表达情况初步研究; 二是对环状RNA单独富集建库测序,即可实现对环状RNA高深度研究,以及低表达环状RNA的鉴定和定量分析等。可以根据研究目的和需求决定选择不同的建库方式。
  • 2.lncRNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗?

    • 可以,长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库,对所获得的RNA进行打断测序,相当于获得全部RNA,即可以进行分析环状RNA表达情况,可应用于分析各物种环状RNA表达谱。

拓展材料

  • 收藏好文

    非编码RNA在头颈鳞癌中的精细调控机制
  • 线上课程

    转录调控多组学拓新应用专题研讨会

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