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诺禾致源

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基因组测序

宏基因组测序(三代)

三代宏基因组测序—超长读长,更真实地还原菌群及其功能组成

三代宏基因组测序摆脱了二代读长短的限制,基于PacBio的超长读长,能轻松覆盖基因间区或基因特异性区域,更真实反馈菌群的复杂组成。除此之外,新三代测序技术-Nanopore 平台, 除了具有超长的读长之外,还以其更低的测序成本深受到研究者的关注,已成为宏基因组测序分析新的热点。

应用方向

新物种挖掘
功能基因挖掘
临床快速诊断

诺禾优势

  • 1.组装更佳,注释更精确

    目前诺禾致源三代宏基因组研究配备先进的PacBio、Nanopore测序平台,结合样品特点和数据的产出,选取最优组装效果,可以组装出更多binning甚至可以达到单菌级别, 充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因。已广泛应用于临床、生态环境、农业等研究中。
  • 2.周期短,质量好

    诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展, 高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

    项目周期 35天

    • 20,280个

      物理核数
    • 1,727 T flops

      计算峰值速度
    • 400 TB

      总内存
    • 58.6PB

      总储存
  • 3.科学方案设计

    诺禾致源从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    DNA样品≥5μg

    文库构建

    上机测序

    信息分析

信息分析

诺禾致源以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,直接提取环境样本DNA,采用超长三代测序技术,更精准获得环境微生物基因信息总和。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
基因预测 基因预测及相关性分析
物种、功能注释 物种、基因功能注释及相关分析
CARD 耐药基因相关分析

送样建议

样本类型 建议送样量 最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 6g 2g
水体滤膜
(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)
6张 2张
空气滤膜(直径种类多,与采样器搭配,有明
显颜色沉淀在滤膜上)
6张 2张
拭子 10-20 个 6个
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液
(离心有明显沉淀)
6-10mL,沉淀2g 2mL,沉淀1g
粪便/肠道内容物 5g 2g
动物/人组织 2g 1g
牛奶/酸奶 100mL/100g 20mL/10g
食糜 4g 2g
食品表面拭子 20个 10个

常见问题

  • 1.三代宏基因组有什么优势?

    • 相比较二代产品而言,三代 Meta 是合作项目的文章亮点,将是研究微生物群落的趋势,有如下优势。
      (1)能提高不能分离培养的微生物基因组的组装完整度,基因组可达到完成图水平;
      (2)提高注释的准确度和分辨率,注释到更多低丰度物种;
      (3)对多样性研究有更深度的功能发掘,例如比较基因组分析,基因簇和病毒信息等。

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