基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
ATAC-seq(mini ATAC-seq)——研究开放染色质的高通量测序技术
应用方向
诺禾优势
1.起始量低
常规ATAC-seq 5万个细胞即可完成建库;mini ATAC-seq(微量ATAC-seq)5千个细胞即可完成染色质开放性研究,最低下探至500个细胞。2.极致周期
实现极致周期20天快速稳定交付。3.新鲜样本
针对于新鲜样本的ATAC-seq/mini ATAC-seq研究,推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案,以保证样本到达实验室的活性。4.分析内容丰富
除ATAC-seq/mini ATAC-seq标准分析内容外,诺禾致源还可提供ATAC-seq/mini ATAC-seq&转录组关联分析、Footprint分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。5.项目经验丰富
诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富,涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类(如果蝇、飞蝗等)、水产/海产类(如扇贝、黄鳝、中华绒螯等)及植物(如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等)等几十种物种;尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验;助力客户在Immunity、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。6.周期快、质量好、稳定性高
诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。<8
样本量35天周期
20天(极致周期)NovaSeq
测序平台信息分析
诺禾致源 ATAC-seq 项目通过转座酶对特定时空开放的核染色质区域进行切割,获得该时空下全基因组中所有活跃转录的调控序列信息,分析转录因子结合信息、核小体区域信息、转录调控元件分布等。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
参考序列比对分析 | 唯一比对的 reads 分布统计 |
peak calling | 定位开放区域、核小体及转录因子结合位点 |
peak注释 | 探究染色质开放程度,鉴定转录因子或其他调控因子可能调控的靶基因 |
差异 peak 分析 | 分析不同样本间差异 peak,探究特定状态下特异性染色质开放区域 |
相关基因功能分析 | Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集分析 |
motif 分析 | 探究染色质开放区可能结合的转录因子 |
关联分析
诺禾致源提供ATAC-seq与RNA-seq关联分析的完整分析流程,用于分析基因表达量和ATAC-seq信号强度的关系。ATAC-seq与RNA-seq关联分析 | 1. 整体层面关联 |
---|---|
1.1 整体信号分布统计 | |
1.2 不同表达水平基因上下游ATAC信号统计 | |
1.3 整体RNA-seq/ATAC-seq信号关系 | |
2. 差异表达与染色质可及性 | |
2.1 差异基因TSS附近可及性 | |
2.2 差异基因相关ATAC-seq信号统计 | |
3. 差异表达与差异染色质可及性 | |
3.1 差异基因与差异peak统计 | |
3.2 差异基因与差异peak相关基因韦恩图 | |
3.3 差异基因与差异Peak的差异倍数关系 | |
3.4 GO富集分析 | |
3.5 KEGG富集分析 |
送样建议
样本类型 | 送样建议 | |
---|---|---|
ATAC-seq | 动物组织 | ≥50 mg |
植物组织 | ≥300 mg | |
冻存细胞样本 | ≥5×105个 | |
新鲜细胞样本 | ≥1×105个 | |
mini ATAC-seq | 动物组织 | ≥5 mg |
冻存细胞样本 | ≥1×104个 | |
新鲜细胞样本 | ≥5×103个 |
常见问题
1. ATAC-seq 技术通常与哪些技术结合起来研究?
2. ATAC能分析转录因子吗?
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