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诺禾致源

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表观组测序

MeRIP-seq  RNA 的 m6A 修饰

  • RNA甲基化免疫共沉淀 (Methylated RNA Immunoprecipitation,MeRIP)基于 m6A 特异性抗体识别并结合 mRNA 上 m6A 的原理,以免疫共沉淀方法富集甲基化修饰片段为基础,并联合高通量测序,研究发生 m6A 甲基化修饰的 mRNA 区域。
  • 热点研究:

    mRNA的m6A修饰。

应用方向

1. 不同植物的生物学功能研究: 植物中的m6A RNA修饰,参与调控植物的各方面生物学功能。
2. 癌症发生和转移;疾病发生、发展: m6A修饰参与调节生物体中多种生物学过程,与多种疾病发生、发展显著相关。
3. 细胞分化、胚胎发育和压力应答等: m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译、细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。

诺禾优势

  • 1. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、猪、牛、鸡、病毒、草莓、番茄、玉米、烟草、棉花等多个物种的MeRIP-seq分析, 助力客户在Hepatology、Nature Communications、Observational Study、Genome Biology、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。
  • 2. 全面降低医口样本人、小鼠送样量门槛

    诺禾致源研发微量MeRIP-seq建库技术,total RNA使用量低至2 μg。
  • 3. 生信分析内容丰富

    诺禾MeRIP-seq基于文章中高频出现的分析内容,搭建MeRIP-seq与RNA-seq关联分析流程。
  • 4. 科学的方案设计

    从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

诺禾致源 MeRIP 测序项目对质检合格的RNA样本进行IP实验及建库测序,获得高质量 reads,通过 motif 分析判断 IP 的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析,构建m6A修饰图谱。
MeRIP-seq 分析内容 解决问题
标准分析 测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
参考序列比对分析 唯一比对的 reads 分布统计
Peak calling 检出发生 m6A 修饰的可信区域
Motif 分析 蛋白结合序列的偏好性
Peak 峰相关基因注释 Peak 在基因组及转录本功能区上的分布
差异 peak 分析 分析不同样本间差异 peak 峰
相关基因功能分析 Peak 相关基因 GO,KEGG 富集分析
个性化分析、多组学关联分析需联系产品经理进行评估。

关联分析

基于文章高频出现的MeRIP-seq与RNA-seq关联分析内容,诺禾搭建了关联分析流程,助力高分文章发表:
MeRIP-seq与RNA-seq关联分析 1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图
2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析
3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析

送样建议

建库方式 类型 送样建议
常量建库 动、植物 Total RNA≥30 μg
微量建库 人、小鼠 Total RNA≥2 μg

常见问题

  • 1.为什么 MeRIP-seq 项目需要同时测 Input 和 IP 样本?

      MeRIP-seq 项目中 Input 和 IP 组成一对样品。实验环节 IP 样品用m6A 抗体特异性富集甲基化修饰的 RNA 片段, 而 Input 仅仅是片段化的 RNA 作为对照消减背景噪音,Input 样本需同时进行建库和测序。峰检测分析需整合两个 样本的数据,并利用 Input 数据排除本底表达水平高或非特异性结合的 Peaks,以提高 Peak Calling 的准确性。

拓展材料

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