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比较转录组-借转录组研究之力解秘物种进化
比较转录组测序（RNA-seq）是基于Illumina测序平台，通过RNA-seq技术手段研究物种进化，通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系，挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。应用方向
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物种进化
通过转录组测序技术研究物种进化 -
亲缘关系研究
分析不同物种或亚种间mRNA序列差异进而探索近源物种间的亲缘关系 -
基因挖掘
通过比较转录组挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因
诺禾优势
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1. 样本起始量低
RNA 0.4 μg/建库 -
2. 周期快、质量好，稳定性高
诺禾比较转录组测序是一种快速、全面解析不同品系、不同亚种进化关系及特定组织表达情况的生物学方法，以期从序列水平和基因表达水平发掘物种进化历程。 具有“高效、基因定位准”的优势，并实现快速、稳定的测序数据分析及交付。≤24
样本量40天
项目周期NovaSeq 6000
测序平台PE150
测序读长≥85%
测序质量Q30
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3. 方案设计专业，质控严格
诺禾比较转录组测序针对不同的物种和组织部位，采用合适的提取方法；根据不同的需求可提供不同的建库方式；严格要求测序数据质量：Q20＞90％，Q30＞85％。从材料选取， 建库测序，到数据分析，每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。同时诺禾致源高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展， 高性能计算平台将会持续更新并扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。材料选取
RNA样品
≥0.4μg
文库构建
PE150测序
12Gb
信息分析
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4. 项目文章以及物种经验丰富
诺禾致源已经成功对番茄、苎麻、裂腹鱼、蛙、沙拐枣、枸杞、核桃、黄岑等近百个物种进行比较转录组分析，已在Plant Molecular Biology等权威期刊发表多篇研究成果。80人
分析团队10年
项目经验1000+
结题项目1对1
项目服务
信息分析
诺禾致源比较转录组测序，通过对样本的转录本进行单独拼接，筛选直系同源基因，研究进化关系，挖掘主效基因集。表达水平分析包括CDS预测分析、基因表达量分析等，结构水平包括直系 同源基因分析、直系同源基因ka/ks分析、divergent和conserved直系同源基因富集分析、SSR分析等。| 比较转录组 | 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|---|
| 标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 转录本拼接 | 拼接获取后续分析的参考序列 | |
| 基因功能注释 | 对拼接序列进行功能注释 | |
| CDS预测 | 预测编码蛋白产物的序列 | |
| 基因表达水平分析 | 分析基本的表达量 | |
| 直系同源基因分析 | 分析筛选直系同源基因 | |
| 非同义突变/同义突变（ka/ks）分析 | 筛选divergent和conserved直系同源基因 | |
| GO/KEGG富集分析 | 筛选得到直系同源基因的GO，KEGG富集分析 | |
| SSR分析 | 简单重复序列预测 |
送样建议
| 组织类型 | 送样建议 |
|---|---|
| 新鲜动物组织 | ≥200 mg |
| 新鲜植物组织 | ≥300 mg |
常见问题
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1.比较转录组测序和无参转录组测序有什么区别?
- 无参转录组更关注的是样本之间基因表达量的差异，所以可以采用混合拼接得到参考序列，再将各个样本的reads分别与ref进行mapping获得各个样本的基因表达量。 比较转录组测序关注的一个重点是物种间直系同源基因分析,直系同源基因是通过CDS预测得到的，需要对不同样本进行单独拼接预测CDS，然后比较各样本直系同源基因。
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2.比较转录组测序中内参和外参作用是什么？
- 内参和外参是比较转录组测序在直系同源基因分析过程用到的参考序列，内参相比于项目物种亲缘关系较近，可以选择同属不同种的；外参则要求亲缘关系较远，可以是同科不同属的。 内参和外参可以用于校对样本间的进化关系。具体选择内、外参时也要依据项目物种之间的亲缘关系远近。
拓展材料
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测序百晓通
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