基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
原核转录组-高质量测序准确分析mRNA信息
原核转录组测序是基于Illumina测序平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。应用方向
环境影响
分析环境变化对微生物的生物学功能胁迫研究
研究胁迫环境下微生物的机体响应机制差异性状研究
寻找不同处理导致差异性状或表型相关联的主要功能基因诺禾优势
1. 样本起始量低
RNA 1 ug/建库(原核链特建库)2.周期快,质量好,稳定性高
诺禾原核转录组测序基于高通量测序,分析物种在特定条件下转录所得所有mRNA信息,系统全面的分析mRNA在结构和表达水平的变化,为原核生物的深入研究奠定基础。≤24
样本量30天
项目周期PE150
测序读长≥85%
测序质量Q303.方案设计专业,质控严格
诺禾原核转录组测序采用去rRNA原核链特异性的建库方式;严格要求测序数据质量:Q20>90%,Q30>85%。从材料选取,建库测序,到数据分析, 每一步都经过科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
RNA样品
≥1μg
文库构建
去除rRNA链
特异性文库
PE150测序
1-2Gb
信息分析
4.项目文章以及物种经验丰富
诺禾致源已经成功对大肠杆菌、鲍曼不动杆菌、副溶血弧菌、荧光假单胞菌、牙龈卟啉单胞菌、水稻黄单胞杆菌、水稻条斑病菌、乳酸菌、链霉菌、发状念珠藻、小球藻、拟柱胞藻、嗜盐古菌 等几百个物种进行原核转录组测序分析,并在该领域研究的权威期刊Advanced science等杂志发表高水平文章多篇。80人
分析团队10年
项目经验5000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
诺禾致源原核转录组测序项目,除了基因表达以及差异基因之外,还包括多项基因结构水平的分析。表达水平分析包括基因表达量分析、相关性分析、差异基因及其富集分析、WGCNA分析等, 结构水平包括UTR分析、变异位点分析、新转录本预测等等。原核转录组 | 分析内容 | 解决问题 |
---|---|---|
标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | 比对率分析 | |
基因表达水平分析 | 分析基本的表达量 | |
样本相关性分析 | 分析样本间的相关性大小 | |
差异基因分析 | 寻找不同比较组合间的差异基因 | |
GO/KEGG富集分析 | 差异基因的GO,KEGG富集分析 | |
GSEA分析 | 基因集富集分析 | |
蛋白互作网络分析 | 差异基因蛋白互作网络的分析 | |
WGCNA基因共表达网络分析 | 分析模块与样本间的相关性,寻找关键模块和hub基因 | |
高级分析 | SNP/Indel分析 | 分析变异位点 |
新转录本预测 | 挖掘该物种新的基因或转录本 | |
基因结构分析 | 对操纵子、转录起始位点和转录终止位点进行预测,然后进行启动子预测。 | |
UTR注释和相关分析 | 5’UTR SD序列预测和3’UTR 终止子预测 | |
反义转录本预测 | 鉴定其反义转录本在基因组上的位置、种类以及数量等。 | |
sRNA分析 | 对候选的sRNA分别进行二级结构预测和靶基因预测 |
送样建议
组织类型 | 送样建议 |
---|---|
total RN | 浓度:≥ 50ng/μL 体积:20μL ≤ V ≤ 120μL 总量:≥ 1μg |
菌体/菌丝 | ≥ 1*107个 ≥ 0.5g |
常见问题
1.物种没有参考基因组,可以做原核转录组测序吗?
2.原核转录组测序的深度和覆盖度是多少?
3.能否提取部分基因来做差异分析?
4.如果想从转录水平研究牛的瘤胃微生物,该怎么做?
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