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基因组测序

微生物基因组重测序

微生物基因组重测序——一站式解析变异与差异

微生物种类繁多,菌株的分化速度快,需要有一个经济快速的方法,对大范围内的海量菌株进行测序研究,了解菌株间的变异信息。 微生物基因组重测序应运而生,它是基于小片段文库的高通量测序数据,通过与近缘参考基因组进行比对,从而进行变异检测的方法。 可以检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SVCNV等变异信息,以精准快捷为特点,系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

应用方向

相比芯片检测或者外显子测序,基因组 DNA 重测序可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异,在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点,具有重大的科研价值和产业价值。利用全基因组重测序有助于快速发现与细菌/真菌重要性状相关的遗传变异,如病原真菌的致病因子信息、食用/药用真菌的功能基因。除此之外,在对大规模样本的分析过程中,结合进化学研究,可以帮助获取细菌/真菌进化史、传播规律等信息。

诺禾优势

  • 1. 周期短,质量好

    诺禾致源微生物基因组重测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
    • 30天+

      项目周期
    • Genome

      检测方法
    • ALL

      检测结果
    • 20,280个

      物理核数
    • 1,727 T flops

      计算峰值速度
    • 400 TB

      总内存
    • 58.6PB

      总储存
  • 2.方案设计专业,流程严格

    微生物重测序产品,以精准快捷为核心,切中核心目标,准确检测菌株间的重要变异信息。
    产品 测序平台 测序策略 检测内容 项目周期
    细菌重测序 Illumina PE150 350 bp文库 ≥ 100 X SNP、InDel、SV 30个自然日
    真菌重测序 Illumina PE150 350 bp文库 ≥ 30 X SNP、InDel、SV、CNV 30个自然日
    从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    样本DNA提取

    DNA检测

    文库构建

    文库检测

    上机测序

  • 3.项目文章以及经验丰富

    诺禾致源微生物客户遍布全球,项目合作涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等多个领域。微生物基因组重测序完成样品数超过上万个,已助力客户在mSystem、Nature Communication、Genome Biology、Microbiome、ISME等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。
    • 60人

      分析团队
    • 8年

      项目经验
    • 5000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
深入到位的数据分析可系统、全面了解样本的信息。变异检测只是重测序的数据基础,基于数据的挖掘,才是解释生物学问题的桥梁。一系列的信息分析,帮助我们更好的解读数据,了解菌株进化、选择和传播等重要问题。
分析内容 解决问题
变异检测 准确定位变异位点

送样建议

DNA 送样建议
产品类型 文库类型 浓度要求 总量要求 (单次建库) 其他要求
细菌框架图 350bp 文库 ≥20 ng/μL 400 ng DNA 无降解,条带单一,无杂带,无 RNA、
蛋白质等杂质污染
细菌完成图 350bp 文库 ≥20 ng/μL ≥500 ng

常见问题

  • 1.重测序与基于基因组的变异检测有何差异?

    • 基于基因组的研究,可以比重测序获得更多变异信息,特别是基因组中高变异的区域,以及部分新基因信息。此外,对于亲缘关系较远的菌株,由于高变区域较多, 借助基因组手段效果会更理想。而重测序的优势主要在于成本方面。对于大量近缘菌株间的进化研究,用重测序结果作为研究基础是足够的,可以用同样的费用获得 更多材料的变异信息。
  • 2.基于重测序和基于单拷贝基因的进化分析有何差异?

    • 进化分析的基本要求,是找到不同基因组之间共有的保守序列,并通过序列间的差异,使用合适的数学模型构建菌株间的进化关系,通过重测序和单拷贝基因都能达到这样 的目的。由于采用的数据集合有所差异,因此个别近缘物种的进化关系可能有细微改变,不过大范围的进化关系通常都是一致的。
  • 3.重测序分析如何保证变异信息的可靠性?

    • 重测序分析中,变异信息是所有后续分析的核心,变异数据的可靠性,是整个研究可靠性的保障。我们在重测序变异检测的过程中,从下机数据的QC,到严格的数据比对, 以及变异检测结果的再过滤,每个步骤都经历了严格的质控和数据过滤,保证了最终变异检测数据的可靠性。

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