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基因组测序

16S、18S、ITS等扩增子测序(二代)

16S、18S、ITS等扩增子测序(二代) 一步到位检测环境微生物多样性

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。
16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域,
通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。
ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。

应用方向

医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等
环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋等微生物群落分布和组成等
畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系
农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等
生物能源:特殊功能的菌株、工程菌的开发
特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究

诺禾优势

  • 1.读长长, 周期短, 性价比高

    采用 NovaSeq 6000 测序平台。NovaSeq 6000 测序平台通量更高,速度更快,运行时间更短,周期最短可达10天
  • 2.科学方案设计

    从材料选取,建库测序,到数据分析, 每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果
    • 60人

      分析团队
    • 9年

      项目经验
    • 100000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

基于目标区域的测序,检测序列丰度,以充分研究环境微生物多样性和群落结构差异性。除QIIME1流程外,诺禾还实现全流程QIIME2分析,QIIME2中的插件DADA2可以修正测序错误,注释更为精准,且提供了多种可交 互式图形系统展示,详细介绍见“QIIME2为你而来
标准分析 解决问题
物种注释 物种注释及各物种丰度信息
α-多样性分析 微生物群落的丰富度和多样性
β-多样性分析 不同样本间的微生物群落
及各样本差异情况
多元统计分析 寻找组间具有显著差异的物种,
同时可以比较组内差异和组间差异
的大小,判断分组是否有意义
CCA分析 研究物种组成与环境因子间的关系
环境因子关联分析
VPA分析
功能预测 预测样本的功能组成

高级分析 解决问题
肠型分析 肠道菌准确定位和疾病预测和治疗
贝叶斯网络图 判断微生物之间、微生物和环境、
代谢物间的依赖关系
Source Tracker 样本中微生物群落来源

送样建议

样本类型 建议送样量 最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 3g 0.5g
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) 2张 1张
拭子 3个 1个
瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀) 3mL,沉淀1g 1mL,沉淀0.5g
粪便/肠道内容物 2g(小鼠 6 粒) 0.5g(小鼠 3 粒)
动物/人组织 1g 0.5g
血浆 3mL 1mL
鲜奶 20mL 8mL

常见问题

  • 1.16S测序哪个区域比较合适?

    • 诺禾致源提供的几个测序区域来自文献调研,但是目前并没有研究表明哪个测序区域更好。有文章研究表明土壤样本,16S V4区(515F-806R)比较适合做扩增子研究,可检测的物种多样性更丰富, 并且可重复性强(PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.)。
  • 2.若关注环境中的真核微生物多样性,ITS测序和18S测序哪个更好?

    • ITS测序主要是针对真菌多样性的研究,注释准确度高;18S测序针对的是真核微生物,注释到的范围广,但是就真菌来说精确度相对较低;可根据研究目的合理选择测序方案。
  • 3.扩增子与宏基因组的区别?

    • 扩增子主要分为16S、18S、ITS测序,关注环境样本中的物种组成,该技术物美价廉,实用性高。宏基因组关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息,该技术深入挖掘环境样本功能层面的信息。
  • 4.样本送到公司,什么时候可以拿到结果?

    • 自样本检测合格之后开始计算周期,包括建库、测序、数据分析、结题。扩增子周期共计20个自然日。

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