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诺禾致源

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表观组测序

全基因组甲基化测序

WGBS—全面准确分析基因组甲基化

全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome BisulfiteSequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和Illumina高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行甲基化研究。
  • 准确:

    WGBS可以达到单碱基分辨率,准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。
  • 高效:

    全面分析不同处理对全基因组甲基化水平的影响,快速准确地找到差异甲基化区域。

应用方向

  • 胚胎发育

    人、小鼠、斑马鱼等胚胎细胞发育研究。
  • 癌症疾病

    肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等研究。
  • 动物行为

    动物觅食、攻击、繁殖、通讯等行为研究。
  • 植物研究

    植物胁迫、生长发育、开花、遗传育种等研究。

诺禾优势

  • 1.样本起始量低

    DNA 0.1-0.2 μg/建库
  • 2. 周期快、质量好,稳定性高

    诺禾WGBS采用先进的Illumina平台测序,并与高性能计算平台(High PerformanceComputing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • <20

      样本量
    • 38天

      周期
    • PE150

      测序读长
    • ≥85%

      测序质量Q30
    • 20,280个

      物理核数
    • 1,727T flops

      计算峰值速度
    • 400TB

      总内存
    • 58.6PB

      总储存
  • 3.方案设计专业,质控严格

    诺禾WGBS建库加入阴性对照λDNA,要求重亚硫酸盐转化效率99%以上,并采用主流软件bismark 进行分析...从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密 的设计,以保障高质量研究成果。

    材料选取

    DNA样本>400 ng

    文库构建甲基化文库

    PE150测序

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功完成对猪,大豆,食蟹猴,小鼠,扬子鳄,牛,涡虫,牡蛎、拟南芥,水稻,杨树,白菜等近百个物种进行全基因组甲基化测序分析,助力客户在Genome Biology、Nucleic Acids Research、Nature Plants等权威杂志发表多篇高水平文章。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 1000+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾致源WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
WGBS 分析内容 解决问题
标准分析 测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 比对率和覆盖度分析
甲基化位点 calling 分析甲基化位点
甲基化分布 甲基化在基因组,染色体,功能与元件上的分布
差异甲基化分析 寻找 DMR
相关基因分析 相关基因GO,KEGG 富集分析
多样本分析 PCA 分析多样本甲基化变化规律

关联分析

诺禾致源WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
WGBS 分析内容
DNA甲基化与mRNA关联分析 1.整体上的关联,主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布,基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系
2.DMR相关基因表达与甲基化修饰,以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体,以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系
3.DMR相关基因与差异基因联合分析,将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集,以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息
4.DMR相关基因与差异基因功能分析,主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析

送样建议

组织类型 送样建议
新鲜动物组织 >200 mg
新鲜植物组织 >500 mg
新鲜培养细胞数量 10^6个
全血 >1 mL

常见问题

  • 1. 哪些物种可以研究WGBS?

    • 要做全基因组甲基化分析,对物种有以下要求:
      a. 物种为真核生物;
      b. 物种具有参考基因组,至少拼接到scaffold水平;
      c. 具有较为完整的注释。
  • 2. 全基因组甲基化测序有哪些优势?

    • 在全基因组水平,单碱基分辨率检出甲基化位点,不仅能够高精度发现CpG岛等常见区域的甲基化水平的变化,还能够分析genebody区,基因间区等区域的甲基化水平的差异,分析甲基化对染色体的状态以及基因结构变化的影响,从多维度分析解决生物学问题。
      诺禾致源拥有专业的设计方案、严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,贴心的项目服务,确保每一个环节都能出色完成,助力您的科学研究。

拓展材料

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