基因组测序>
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HLA捕获测序——高效捕获,深度测序,精确HLA分型
HLA捕获测序:
对位于6号染色体短臂上约3.6M的人类白细胞抗原(HLA)区域杂交捕获,通过高深度测序检测其多态性与多种疾病之间的关系。HLA捕获准确度高:
分型精度一般为4 ~ 6位,最高可达8 位精度分型。捕获效率& 覆盖度高:
捕获效率60%-70%(不含侧翼区)/95%(包含侧翼区),覆盖度达97.22%,且覆盖均一性好。性价比高:
只针对HLA 区域DNA 序列进行捕获测序,测序费用低。应用方向
1. 免疫类疾病分析诺禾优势
1.捕获流程稳定
采用罗氏定制探针和捕获平台,实现稳定且高效HLA区域序列捕获和测序。罗氏KAPA
捕获平台27 天
项目周期4.97 Mb
捕获区间材料选取
DNA样品
≥0.4μg
文库构建
180-280bp
PE150测序
信息分析
2. 周期快、稳定性高
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的 测序数据分析及交付。高性能计算平台将持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。20,280个
物理核数1,727T flops
计算峰值速度400TB
总内存58.6PB
总存储信息分析
基因信息分析 | 疾病高级分析 | 癌症高级分析 |
---|---|---|
1.数据质控:去除接头污染和 低质量数据 2.与IMGT/HLA数据库比对、 统计测序深度及覆盖度 3.HLA分型、注释 |
1.共有HLA型别分析 2.基于HLA型别的统计学检验的显著性分析(建议case-control样本100对及以上) 3.使用Novo-ZhongHua HLA 作为对照,进行基于HLA型别的统计学检验的显著性分析 |
1.HLA的somatic mutation分析 2.HLA-LOH分析 |
送样建议
组织类型 | 送样建议 |
---|---|
冻存组织 | >100 mg |
培养细胞数量 | >107个 |
全血 | >1 mL |
FFPE | ≥10片 |
DNA | >0.8 ug |
常见问题
1.HLA基因测序以及信息分析能够得到哪些信息?
2.能对多少个HLA基因座位分型?能对我关注的某些基因分型吗?
3.HLA基因捕获测序的周期是多久?
4.分型的精确度一般要达到什么程度?
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