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基因组测序

HLA捕获测序——高效捕获,深度测序,精确HLA分型

  • HLA捕获测序:

    对位于6号染色体短臂上约3.6M的人类白细胞抗原(HLA)区域杂交捕获,通过高深度测序检测其多态性与多种疾病之间的关系。HLA捕获
    测序分型是专为研究HLA相关疾病的科研工作者提供的解决方案。
  • 准确度高:

    分型精度一般为4 ~ 6位,最高可达8 位精度分型。
  • 捕获效率& 覆盖度高:

    捕获效率60%-70%(不含侧翼区)/95%(包含侧翼区),覆盖度达97.22%,且覆盖均一性好。
  • 性价比高:

    只针对HLA 区域DNA 序列进行捕获测序,测序费用低。

应用方向

1. 免疫类疾病分析
2. 药物诱发肝肾损伤的致病机理研究
3. 器官移植

诺禾优势

  • 1.捕获流程稳定

    采用罗氏定制探针和捕获平台,实现稳定且高效HLA区域序列捕获和测序。
    • 罗氏KAPA

      捕获平台
    • 27

      项目周期
    • 4.97 Mb

      捕获区间

    材料选取

    DNA样品
    ≥0.4μg

    文库构建
    180-280bp

    PE150测序

    信息分析

  • 2. 周期快、稳定性高

    诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的 测序数据分析及交付。高性能计算平台将持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
    • 20,280个

      物理核数
    • 1,727T flops

      计算峰值速度
    • 400TB

      总内存
    • 58.6PB

      总存储

信息分析

基因信息分析 疾病高级分析 癌症高级分析
1.数据质控:去除接头污染和
低质量数据
2.与IMGT/HLA数据库比对、
统计测序深度及覆盖度
3.HLA分型、注释
1.共有HLA型别分析
2.基于HLA型别的统计学检验的显著性分析(建议case-control样本100对及以上)
3.使用Novo-ZhongHua HLA 作为对照,进行基于HLA型别的统计学检验的显著性分析
1.HLA的somatic mutation分析 2.HLA-LOH分析

送样建议

组织类型 送样建议
冻存组织 >100 mg
培养细胞数量 >107
全血 >1 mL
FFPE ≥10片
DNA >0.8 ug

常见问题

  • 1.HLA基因测序以及信息分析能够得到哪些信息?

    • 诺禾致源利用罗氏专门的HLA捕获试剂盒,捕获区间不仅包括整个HLA区域,还包括HLA侧翼共将近5 Mb的区域,将数据 比对到IMGT/HLA参考数据库,得到HLA分型信息、SNP/InDel变异信息、氨基酸变异分析 以及统计学检验后的P值和OR值等信息。
  • 2.能对多少个HLA基因座位分型?能对我关注的某些基因分型吗?

    • 能够分型的基因受限于数据库的收录,现可分型27个HLA基因。对于常见的和疾病相关的HLA基因,包括HLA经典 I类(HLA-A、HLA-B、HLA-C), HLA经典II类在内的基因都可分型,几乎满足所有的科研需求。
  • 3.HLA基因捕获测序的周期是多久?

    • HLA捕获试剂盒为现货,不存在定制探针的等待时间,这样大大缩短了项目周期,从建库测序到基本分析周期为27天。
  • 4.分型的精确度一般要达到什么程度?

    • 具体的分型要参考IMGT/HLA数据库对HLA型别的收录情况,4位分型的不同代表着编码蛋白的不同,一般4位分型可 以满足科研的需求,诺禾致源能做到6位分型,部分可以做到8位分型。

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