10x Visium 空间转录组-诺禾致源-组织芯片免疫荧光原位空间多组学10X测序

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10x Visium 空间转录组

结合空间转录组和单细胞 RNA-seq 测序揭示胰腺导管腺癌的组织结构

Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell
RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas

发表期刊： Nature Biotechnology
影响因子：45.117
发表时间：2020年1月
研究方向：肿瘤

文章摘要

虽然应用单细胞转录组在治疗患者肿瘤过程中已经发现了多种细胞亚群，并突出了肿瘤微环境中细胞间的相互作用，但在测序前制备单细胞悬液的组织解离导致了组织中细胞空间信息的丢失，从而限制了我们对肿瘤微环境中细胞的相互作用和组织的理解。为了解决组织中细胞类型的空间组成，我们利用空间转录组测序技术去计算映射到该区域的特异性基因与由单细胞转录组数据计算的细胞类型特异性基因之间的重叠程度，推断出特定细胞类型在给定组织区域的富集。通过对不同患者的原发性 PDAC 肿瘤的研究，我们确定了特定细胞类型和亚群在组织的空间受限区域的情况。应用这两种技术的结合可以去分析任何结构复杂的组织，并有潜力在生物领域提供有意义的新发现。

方案设计

作者分别取两名 PDAC 患者的2例新鲜 PDAC-A 和 B 肿瘤组织进行研究，同时进行scRNA-seq 和空间转录组建库测序分析。最后运用多模式相交分析（Multimodal intersection analysis，MIA），将单细胞转录组数据和空间转录组数据整合，进行 PDAC 组织的细胞类型分析，以及组织对应不同空间区域相关的细胞分布情况。

思路总结

人类心脏发育过程中，空间上的基因表达和细胞图谱

IA Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart

发表期刊： Cell
影响因子：36.430
发表时间：2019年12月
研究方向：发育

文章摘要

人类心脏形态的形成过程尚不完全清楚。它的所有特征需要一个深入探索组织范围内的基因表达的技术并具有单细胞空间分辨率。本文，我们提出了一种方法，可以全面的揭示胚胎心脏在三个不同发育阶段的细胞类型，并将细胞类型特定的基因表达映射到特定的解剖结构区域。空间转录组学鉴定了在每个发育阶段对应不同解剖区域的独特基因图谱。再结合单细胞转录组测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释情况。然后使用原位测序来细化这些结果，并创建三个发育阶段的空间亚细胞图谱。最后，我们制作了一个人类心脏发育的公用网络资源，以利于后期对人类心脏发育的研究。

方案设计

共取了3个人的样本，分别是：孕4.5-5周（4个 sections）、6.5周（9个 secitons）和9周（6个 sections）的心脏组织，采用空间转录组技术、原位测序技术、单细胞转录组技术三种技术手段，从时间和空间两个维度展示了人类心脏发育表达的模式。最后，结合三种技术进行人类胚胎心脏 3D 建模，构建了全方位组织基因表达图谱。

思路总结