单细胞CRISPR

10X单细胞CRISPR

产品简介

单细胞CRISPR筛选产品能够高通量筛选CRISPR敲除/激活/抑制对单个细胞转录组层面产生的影响，利用10x Genomics平台的单细胞捕获技术，实现一个样本同时分析成千上万个细胞的表达谱，以及其中的近百种CRISPR扰动，进而探究单个基因敲除/激活/抑制后对单个细胞层面的影响，从而揭示更多基因的未知功能。单细胞 CRISPR 筛选产品首先需要客户根据靶基因设计gRNA，然后将设计好的 gRNA 序列组装到慢病毒载体上用于后续细胞的转化，接下来将组装好的慢病毒对细胞进行转染，并对转染后的细胞通过流式或者抗生素的方法进行筛选。然后通过10x 平台对筛选后的细胞进行捕获：在油包水的反应体系中，Gel Beads 上的oligo 序列会捕获细胞中的 gRNA 序列，并且根据 gRNA 上的 protospacer 序列知道是哪一种 gRNA 转导进了细胞，进而在检测每个细胞表达谱数据的同时，检测每个细胞受到已知gRNA扰动后基因表达的变化情况。最终通过生信分析，以聚类分析、差异分析、功能分析的方式呈现结果。

应用方向

诺禾优势

常见问题

1. 如何确保样品在10x捕获时仍然保持sgRNA的表达？
- 客户可以通过多种手段，比如双抗、FACS、bulk RNA-seq、qPCR等，确定sgRNA在细胞中稳定表达以及表达水平。为了保证您的样本足够新鲜，建议提供新鲜制备的细胞悬液并选择上门捕获服务。
2. 10x CRISPR技术可以检测哪些CRISPR扰动？
- 10x单细胞CRISPR技术已证实可以检测的扰动有CRISPR敲除(CRISPRko)，CRISPR抑制(CRISPRi)，和CRISPR激活(CRISPRa)。
3. 10x CRISPR选择3’捕获还是5’捕获？二者有什么区别？
- 5’ CRISPR筛选能够于现有的大多数Cas9的sgRNA载体兼容。对于已有CRISPR文库或首次进行单细胞CRISPR筛选实验的客户，建议选择5’捕获。
  3’ CRISPR筛选需要将特定的捕获序列添加到载体中来捕获sgRNA。如果您想将单细胞CRISPR与之前使用Feature Barcode进行的3’转录组数据进行比较，建议选择3’捕获，以减少批次效应。
4. 10x CRISPR如何计算目标捕获细胞数？
- 建议每个基因设置1-5种sgRNA，再添加10%的非靶向sgRNA，每个sgRNA建议捕获100-200个细胞。
  例如：20个目标基因，每个基因2个sgRNA，5个非靶向sgRNA，总共45个sgRNA（20*2+5），建议捕获至少4500个细胞。