DNA指纹图谱-构建品种专属二维码
-
同一物种的各个品种之间存在大量的多态性标记。以DNA标记的组合所构建的“指纹”,称之为“DNA指纹图谱”。DNA分子标记种类繁多,其中SNP标记具有数目多,覆盖基因组范围广等优势,是构建DNA指纹图谱的新型优势分子标记。目前,SNP标记已经在玉米、油菜、香菇等物种指纹图谱构建中得到广泛应用。
应用方向
-
1)从基因维度区分品种:基于核心标记对品种进行区分,相比仅依赖表型区分更加准确,同时可以获得各个品种最具代表性的位点集合。
2)扩充图像展示内容,增加基因型展示形式:将指纹图谱和品种图片结合,带来全新的品种信息展示方式,后续可加入到数据库实现表型-基因型的联合查询、展示。
3)为批量样本品种鉴别打下基础:可将筛选到的核心标记用于开发KASP标记和液相芯片,应用于品种内大批量样本快速鉴别或申请相关知识产权。
技术路线
-
1)提取样本DNA,构建二代文库测序,获取全部的基因信息。
2)将获得的原始测序数据进行质控,比对参考基因组,进行SNP检测及初步筛选,获得高质量SNP位点和注释信息。
3)对全部样本进行初步分类,基于多态性等指标筛选核心SNP位点,统计核心位点信息,构建DNA指纹图谱并计算遗传相似性分析结果。
技术策略
-
同一物种,涵盖尽可能多的品种,样本数≥50个,需要参考基因组。
WGS策略:推荐测序深度10X,超大基因组物种可适当降低深度。需要参考基因组。
GBS策略:推荐根据参考基因组大小,每个样本测10Wtags/G,超大基因组可适当降低Tag数。
拓展材料
-
线上课程
基因测序基础知识系列讲座—分子育种产品知识小课堂
-
收藏好文
分子育种|液相芯片专题(一)基因组选择(Genomic Selection,GS)在种猪育种中的应用
-
收藏好文
种业革命:全基因组选择技术如何助力种业振兴
更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585,或发送邮件至 service@novogene.com