DNBelab C-TaiM4单细胞转录组

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产品简介

DNBelab C-TaiM4单细胞3’转录组产品基于华大智造自主研发的核心技术，采用液滴微流控原理，将带有标签引物的捕获磁珠体系和单个细胞或者细胞核体系包裹在油相液滴中；与传统GEMs体系不同的是，C-TaiM4采用双微珠捕获识别实现对polyA结构的mRNA进行充分捕获：Cell Beads用于mRNA的捕获，Index Carrier微珠用于根据同液滴中带有相似标签引物的强相关性识别、合并Cell Beads，提升有效液滴数量。 DNBelab C-TaiM4单细胞平台实验流程与原理

应用方向

✓ 神经科学、免疫、发育、肿瘤、类器官、其他疾病等细胞异质性科研及特定细胞类型基因表达决定细胞命运等研究
✓ 构建物种单细胞转录组图谱
✓ 各种疾病单细胞水平基因表达模式探索
✓ 确定靶向药物机制研究
✓ ......

产品优势

1.低多胞率：1,000细胞/0.4%
2.高稳定性：批次间差异小，重复性好
3.产品性能提升：较V2版本基因检出率提升50%以上（以PBMC、小鼠脑细胞核为例）
4.样本兼容广：适用于人、动物、植物样本的细胞/核样本，兼容低质量样本
5.性价比高：同样经费大队列研究可纳入更多样本

信息分析

获得原始测序序列(Sequenced Reads)后，通过如下流程进行生物信息分析。单细胞转录组的分析核心是细胞的分群和亚群差异基因的鉴定，使用MGI官方分析软件DNBC4tools对细胞进行分型和差异分析，后续对这些差异基因进行功能富集，从而鉴定亚群的功能特征。

常见问题

1.是否有应用DNBelab C-TaiM4系列单细胞产品的SCI文章发表？
- 截至2024年9月，应用DNBelab C系列单细胞产品发表的文章近百篇，涉及临床及相关物种（人、小鼠、大鼠）、模式物种（斑马鱼、拟南芥），以及其他动植物：例如灵长类动物、哺乳动物（猪、羊驼、蝙蝠）、两栖类、水产类、植物类、昆虫类等，文章呈现多样化趋势，助力众多科研工作者开展单细胞领域研究。
2.为什么设置大小磁珠捕获细胞？
- 有文章发现主流单细胞平台存在一个液滴内多胞磁珠的情况^[1]，华大智造使用的多磁珠捕获细胞技术可以识别液滴中包裹多个磁珠所造成的细胞转录本信息被分割的问题，使有效液滴数量增多。
3.多磁珠捕获细胞的原理是什么？
- 有效液滴的定义，包含1个细胞，两类功能磁珠：1个及以上Cell Beads、多个Index Carrier。两类功能磁珠中，直径较大的磁珠-Cell Beads表面有长、短两类序列，长序列含polyT尾用于捕获mRNA，短序列用于互补配对小磁珠上的人工序列capture seq；直径较小的磁珠Index Carrier在液滴中数量较多，表面是capture seq尾的标签序列，用来合并液滴中多个大磁珠标记的同一个细胞释放的mRNA信息。
4.C-TaiM4单细胞3端转录组测序要求？
- 数据量要求：推荐500M reads/样，测序平台：DNBSEQ T7，测序策略：PE100

参考文献

[1]Lareau Caleb A,Ma Sai,Duarte Fabiana M et al. Inference and effects of barcode multiplets in droplet-based single-cell assays.[J] .Nat Commun, 2020, 11: 866.）