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转录调控测序

Drug-seq——高通量药筛解决方案

Drug-seq——高通量药筛解决方案

Drug-seq(Digital RNA with pertUrbation of Genes)是一种mRNA 3’端测序技术,通过特异性靶向poly-A尾,实现样本裂解液中的mRNA直接反转录。由于其仅聚焦转录本的3’序列,测序数据只需 2M/样本,在药物筛选、毒性评估等大规模样本研究中具有广泛的应用前景。

应用方向

  • 新药筛选(通过基因表达变化评价药效)
  • 毒性评估
  • 药物靶点检测
  • 细胞培养条件筛选等大规模广筛研究:

诺禾优势

  • PCR无偏好性、数据更准确
  • 样本起始量低,1000个细胞即可开展
  • 无需RNA提取,裂解液直接反转录
  • 聚焦mRNA 3’端序列,数据需求量小,2M/样即可分析

技术流程

送样建议

常见样本类型:人/鼠来源细胞、细胞系等。
细胞类型 细胞投入量*/每孔 细胞活性
悬浮细胞 1k~ 20k 个 ≥85%
贴壁细胞 1k~ 10k 个 ≥85%
*注:
(1)细胞投入量:均指裂解处理时投入的细胞数量,此处贴壁细胞请注意根据不同细胞类型贴壁后的生长速率确定起始的细胞培养量和培养天数,保证加入裂解液时细胞投入量符合要求。
(2)其他类型或不常见样本请单独咨询。

分析流程

部分分析结果展示

样本基因表达量分布盒形图

主成分分析结果图

差异基因火山图

差异表达基因聚类热图

富集分析柱状图

富集分析散点图

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