lncRNA测序-经典案例-诺禾致源

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lncRNA测序

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在SAMP8模型中系统研究AD中LncRNA的作用

Systematic Analysis of Long Noncoding RNAs in the Senescence-accelerated
Mouse Prone 8 Brain Using RNA Sequencing

期刊：Molecular Therapy
影响因子：6.3
发表单位：北京师范大学
发表年份：2016年8月

一、研究背景

阿尔兹海默症（AD）是老年人中常见的痴呆症，属于一种进行性神经退行疾病。关于AD发病机制的研究很多，但是关于lncRNA在AD形成中的作用研究较少。本研究选用2种小鼠模型 SAMP8和SAMR1，对LncRNA在AD脑组织中的作用进行研究。

二、方法流程

取材

建库

测序

分析

SAMP8是一种阿尔兹海默症的动物模型，SAMR1是对照组。选择3月龄的SAMP1和SAMP8雄性小鼠（各15 只）为实验材料。随机选取3只，取大脑皮层进行lncRNA测序研究。

Total RNA，去rRNA构建链特异性文库

利用Illumina HiSeq 进行双端测序

鉴定SAMP8和SAMR1小鼠大脑中的lncRNA
SAMP8和SAMR1差异表达分析
GO和KEGG进行功能富集
lncRNA与AD相关性研究

三、研究结果

1.鉴定SAMP8和SAMR1小鼠大脑中的 lncRNA
通过筛选共获得了23,334个lncRNAs，其中包括了8422个已经注释的LncRNA以及 19,423个预测的LncRNA。此外，还鉴定出了76,787个蛋白编码转录本。对筛选出来的lncRNA和蛋白质编码基因转录物进行进一步分析。
2. SAMP8和SAMR1差异表达分析
在SAMP8样本中共有211个lncRNA转录本发生差异表达（其中97个发生上调、 114个发生下调）。差异表达的mRNA共 2505个，其中1486个差异上调，1019个差异下调，并对差异表达的lncRNA和差异表达的mRNA进行聚类分析。
3.GO和KEGG进行功能富集
Cis作用共确定了与165个差异表达的lncRNA相关的共678个靶基因；通过GO富集，排名前5的为与细胞器相关的通路，同时还发现与AD相关的通路。此外，共有11个显著富集的KEGG代谢通路，其中有与AD形成有关的通路。trans作用共确定了367个靶基因，共58条GO通路被显著富集，其中一些通路与AD有关。KEGG通路共富集到17条，同样也发现了与AD相关的代谢通路。对差异表达的2505个mRNA进行GO和KEGG富集。其中也存在于AD相关的通路，如下面4条通路：氧化磷酸化、AD、抗原生成与表达、过氧化物酶体增殖物激活受体等。
4. lncRNA与AD相关性研究
选择在样本SAMP8和SAMR1之间差异表达的LncRNA与其靶基因。这些lncRNA和靶基因均与AD有关，最终得到的lncRNA信息。

四、研究结论

本文通过RNA测序，找到与AD相关的LncRNA。发现这些lncRNA和靶基因均与AD有关，为AD的研究提供新思路。

参考文献

Zhang S, Qin C, Cao G, et al. Systematic Analysis of Long Noncoding RNAs in the Senescence-accelerated Mouse Prone 8 Brain Using RNA Sequencing:[J]. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2016, 5(8):e343.