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送样建议

真核转录组

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1.真核转录组

  • 1.1 组织样本

    a. 植物组织:
    • 成熟部位,例如植物茎、根、种子等部位建议2倍以上送样
    • 需要清洗的样本,可以无菌水或75%乙醇冲洗表面,吸水纸吸干
    • 样本离体后,在冰上立即分割50-100mg小块,2-3管备份,放置冻存管并立即液氮速冻,放置-80℃保存,避免未经速冻直接放-80℃保存
    • 不建议使用RNAlater等RNA 保护试剂保存植物组织样品;因为植物细胞含有细胞壁,RNA保护试剂很难渗透
    • 不建议使用TRIzol保存;TRIzol法并不适用于萃取大多数植物样本,植物组织中的RNA提取多采用专门的提取试剂盒,而TRIzol保存会影响试剂盒提取液的提取效果
    b. 动物组织:
    • 对于动物组织,建议选用新鲜样本,采集样品时应选取核酸含量较多的部位;核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量
    • 生理盐水漂洗;剔除结缔组织等非研究组织
    • 样本离体后,在冰上立即分割50-100mg小块,2-3管备份,放置冻存管并立即液氮速冻,放置-80℃保存,避免未经速冻直接放-80℃保存
    • 无法及时用液氮速冻保存的样本,可采用RNAlater等RNA保护液进行送样,注意完全按照RNA保护液操作,尽量使组织块尺寸保持在5mm左右,过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀的渗透到组织。切记不可先-80℃冻存后取出放入RNAlater浸润
    • 动物样本可加裂解液(TRIzol,或其他同TRIzol使用方法一致的裂解液);如果使用TRIzol裂解液保存送样,请务必先进行液氮研磨破碎,然后溶于TRIzol中液氮速冻;-80℃保存
    c. 细胞样本
    • 生长状态良好的悬浮细胞或贴壁细胞
    • 悬浮细胞:每5×106个细胞(非送样量)加入1ml TRIzol试剂,用枪头反复抽打细胞,直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态;转移到的离心管中,液氮速冻,放置-80℃保存
    • 贴壁细胞按每10cm2培养面积(相当于六孔板一个孔或35mm直径培养皿)加1ml TRIzol试剂;用枪头反复吹打,使TRIzol接触所有长有细胞的培养瓶表面,并进行充分消化,反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块;转移到离心管中,液氮速冻,放置-80℃保存
    • 此外,也可将细胞用PBS缓冲液快速洗一次,离心之后收集得到细胞沉淀,液氮速冻,放置-80℃保存
    d. 血液样本:
    • 血液相关的产品只接全血或分离的细胞样本,不接血清/血浆
    • 常见血液样本处理方法:
    (1)TRIzol法;
    (2)PAXgene RNA tube法(全血样本更推荐此保存方法,需自备BD管保存送样);
    (3)离心分离得到白细胞或者PBMC。
    除上述三种外,全血样本也可不做处理,直接液氮速冻,但由于血液中RNA含量低,同时血细胞容易破裂、释放RNA酶,造成RNA降解,所以提取成功率低
    • TRIzol法:先把血液放到抗凝管里,震荡混匀,使血液和抗凝剂充分混合,再抽出一部分和TRIzol混匀,TRIzol和血的比例=3:1,震荡混匀,不要有血块,液氮速冻,-80℃冻存,干冰寄送
    • 因转录组测序分析对RNA质量要求较高,建议30天内送样进行RNA提取
    e. 菌体:
    • 建议收集液体培养基中对数生长期的菌体
    • 通过低速离心收集菌体并尽可能将培养基去除干净,然后用无菌水或PBS缓冲液冲洗样品1~3遍,送菌液沉淀
    • 不建议用RNAlater保存,因为RNAlater密度较大,取时不易分离菌体
    • 不建议加入裂解液,细菌的提取一般使用试剂盒
    • 不建议加TRIzol,影响菌体裂解
    • 直接送滤膜时,建议送样≥5张,不要将多张滤膜叠在一起后速冻寄送,将滤膜一张一张放入50ml离心管,液氮速15min,-80℃冻存,干冰寄送
    f. FFPE样本:
    • 福尔马林固定后石蜡包埋的组织简称为FFPE样品
    • 送样要求:
    1)厚度在5-10μm,组织面积大于25mm2的切片12张;
    2)FFPE样本常温或者冰袋寄送即可
    • 样本准备建议:
    1)获得样本后,尽快开始固定;
    2)将样本切薄再浸泡(5-10um或更薄最好);
    3)避免过度固定,浸泡时间过长;
    4)纯化的样品最好是固定或者包埋时间在半年内的样本,放置时间越长,对RNA纯化越不利
    • 提示:为保证实验的顺利,建议样本备份1-2份,以防备部分样本降解重新取材、制备或送样,耽误时间
    样本类型 核链特转录组
    新鲜植物组织干重 叶片、花 ≥ 0.3g; 根、茎、种子等其他组织 ≥ 0.5g
    新鲜动物组织干重 内脏组织、脑组织 ≥ 0.08g; 脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织 ≥ 0.3
    新鲜培养细胞 >≥5*106
    新采集的全血(加入 TRIzol) >≥5mL
    新采集的全血 (液氮速冻) >≥2mL
    PAXgene 采血管 ≥1 管
    石蜡切片 厚度在5-10μm,含组织面积大于25mm2的切片12张。
    菌体/菌丝 >3*106
    >0.3g
    半固体细菌 ≥ 0.5mL

  • 1.2 核酸样本

    • 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量
    • 核酸样品建议使用1.5ml、2ml EP管装载样品,其他保存管容易破裂且不利于保存样品和后续实验的开展
    • 为了防止样品污染和混淆,禁止使用96孔板和深孔板装载样品
    • 用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈
    样本类型 普通转录组文库 真核链特文库
    total RNA 浓度:≥ 50ng/μL
    体积:20μL ≤ V ≤ 120μL
    总量:≥ 800ng
    浓度:≥ 50ng/μL
    体积:20μL ≤ V ≤ 120μL
    总量:≥ 800ng
    因部分客户核酸含有杂质、颜色等物质导致会产生大量损失,为保证您的样本一次检测合格并节约宝贵的重送样时间,送样建议量是高于公司判定标准的,请您在核酸量足够的前提下尽量按照送样建议来送样,感谢您的大力支持与配合。

2 样本打包及寄送建议

  • 2.1 样本的打包

    (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
    (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
    (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
    (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
    (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
    (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
  • 2.2 样本的名称标识

    (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
    (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
    (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
    (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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