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不够复杂的unique‐molecular identifiers (UMIs) 标记可能会影响small RNA测序

Insufficiently complex unique-molecular identifiers (UMIs) distort small RNA sequencing

期刊:Scientific Reports
影响因子:3.998
发表单位:南澳大利亚大学
发表时间:2020 年

在 PCR 扩增和测序之前,将重要的分子标识符(UMIs)附着在 RNA 分子上,使文库扩增到足以识别稀有分子的水平成为可能,同时通过识别重复的 reads 消除 PCR 偏倚。精确的去重复依赖于一个足够复杂的 UMIs 池,以允许唯一的标记。在处理复杂文库的应用中,如 RNA-seq,由于需要测序的分子变异很大,因此只需要有限种类的 UMI。然而,当测序一个不太复杂的文库时,如可能序列范围更有限的 small RNA 文库,作者研究发现 UMIs 的变化是必需的,甚至超出了专为测序 small RNA 文库的制备而设计的商业试剂盒所提供的变化。

图1 高表达的miRNA易发生过度de-duplication

参考文献

Saunders K , Bert A G , Dredge B K , et al. Insufficiently complex unique-molecu-lar identifiers (UMIs) distort small RNA sequencing[J]. Scientific Reports, 2020, 10(1):14593.

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