16S 、18S、ITS 目标区域扩增子二代测序-经典案例-诺禾致源

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16S、18S、ITS等扩增子测序（二代）

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肺炎支原体肺炎患儿呼吸道微生物群失衡

Respiratory microbiota imbalance in children with Mycoplasma pneumoniae pneumonia

期刊：Emerging Microbes&Infections
影响因子：19.568
发表单位：北京儿童医院
发表年份：2023年5月

一、研究背景

虽然以前的研究报道了传染病中呼吸道微生物群失调，但关于肺炎支原体肺炎(MPP)儿童下呼吸道(LRTs)微生物群失衡的数据不足。研究表明在MPP组中检测到的柔膜菌和支原体的丰度显著增加，分别超过总细菌群的67%和65%。与轻度MPP组相比，重度MPP组α多样性降低，支原体丰度显著升高。与轻度MPP患儿相比，重度MPP患儿支原体丰度与并发症及临床指标呈正相关。本文的研究描述了MPP患儿LRT菌群的特征，并揭示了其与疾病严重程度的关系。这一发现为儿童MPP的发病机制提供新的见解。

二、方法流程

取材

建库

测序

分析

158例MPP患儿和29例细菌性或病毒性肺炎患儿（对照组）的支气管肺泡灌洗液

构建PCR-free文库

肺泡灌洗液进行16S rRNA V3-V4基因测序

1.OTU聚类和分析
2.α-多样性
3.β-多样性
4. LEfSe分析

三、研究结果

1、MPP患儿呼吸道微生物群分析
MPP组的Shannon指数和Simpson指数均低于对照组，两组间β多样性差异显著。在对照组中，厚壁菌门和变形菌门是最占优势的门，分别占总序列的47.95%和32.5%，而在MPP组中，柔膜菌门的丰度显著增加，超过总微生物群的67%。对细菌分类群进行LEfSe分析，结果显示支原体在MPP组中显著富集，占总支原体含量的6.65%。链球菌和嗜血杆菌是下一个最丰富的属，分别占MPP组肺部微生物群的6%和3%。在对照组中，链球菌和嗜血杆菌的丰度分别增加到41%和18%，代表肺部微生物群中的优势菌株。

2、下呼吸道微生物群与MPP严重程度的关系
158例MPP患者中，重度57例(36.1%)，轻度101例(63.9%)。结果显示，重度MPP组呼吸微生物群α多样性显著低于轻度MPP组。重度组和轻度组的β多样性差异无统计学意义。在重度MPP患儿中，柔膜菌和支原体的丰度显著增加。此外，与轻度疾病的儿童相比，在重度MPP儿童中也检测到更高比例的嗜血杆菌。

3、基于不同诊断标准与MPP相关的呼吸微生物群
根据MPP RNA阳性(n = 99)、MPP特异性抗体阳性结果(n = 51)和临床证据(n = 8)诊断为MPP的儿童的呼吸道微生物群进行分析。三组之间的α或β多样性未发现显著差异。同样，我们分析了三组之间微生物群的组成，没有发现组成差异。在这三组中，在门和属水平上纤毛虫和支原体的丰度最高。

四、研究结论

该文章描述了MPP患儿LRT菌群的特征，并揭示其与疾病严重程度的关联。结果表明，在LRT中丰富的MPP有可能有助于MPP的诊断。