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送样建议

Hi-C测序

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1. 细胞类样本

  • 样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
    悬浮细胞 >2×106 /单文库,建议送备份。 -80°C保存,干冰运输。 细胞送样前需自行交联固定;贴壁细胞送样前需消化成悬浮细胞固定后送样。
    悬浮细胞处理方法:
    (1)取出悬浮细胞,显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染;
    (2)使用显微镜或荧光细胞计数仪计数,检测对数期细胞的活性和数量,建议活性>90%,细胞所需量:至少2.0×106个/单个Hi-C文库,根据构建文库数推算所需细胞量;
    (3)在新鲜培养的状态下进行甲醛交联,交联过程操作需要在超净工作台中进行,所需试剂:37%Formaldehyde(Sigma:F8775-4X25ML)、Glycine(Amresco:0167-1kg);
    细胞固定流程:
    (1)细胞计数后在10ml完全培养基(80%1640,20%胎牛血清)中重悬后加入571μl 37%Formaldehyde(甲醛,终浓度2%),室温固定10min(每1-2min上清颠倒一次混匀);
    (2)加入894μl 2.5M Glycine(甘氨酸)溶液,轻微晃动培养瓶/皿,保证甲醛和甘氨酸充分混匀,培养基由粉红色变为亮⻩色,室温终止固定10min,冰上放置15min;
    (3)样品溶液400g,4°C离心5min,弃上清;
    (4)500μl PBS重悬细胞沉淀后移至1.5ml离心管中;400g,4°C离心5min,弃上清;再加入500μl PBS重悬细胞沉淀,400g,4°C离心5min,弃上清,使用封口膜密封离心管口,放在-80°C保存。
    附:2.5M Glycine配制方法
    注意事项:
    (1)冻存细胞需经复苏或一段时间细胞培养后再进行细胞交联,公司不提供细胞复苏或培养;
    (2)为避免实验操作而引起细胞损失,建议使用低吸附离心管和移液器枪头。

2. 动物组织

  • 样本类型 送样量 样本保存和运输
    动物组织 常规组织:500mg/份
    备份1-2份
    特殊组织类型需评估
    置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。
    动物组织处理方法:
    (1)取新鲜的动物组织,迅速用预冷的 0.9%生理盐水漂洗将组织表面残留的血液冲洗干 净,并剔除结缔组织和脂肪组织等非研究组织;
    (2)若组织体积较大,尽量将样品在冰上分割 500mg 左右的组织块,防止样品降解;
    (3)将处理好的组织样本保存于冻存管中,盖好螺旋盖,封口膜封口,准确标记,放入 液氮中速冻 10min;液氮速冻之后,转至-80°C 保存,干冰运输。
    注意:不建议将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的 EP 管中:密封袋经过液氮速 冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染;不带螺纹旋盖的 EP 管容易渗入液氮,导致管 内体积膨胀爆管。

3. 植物组织

  • 样本类型 送样量 样本保存和运输
    植物组织 幼嫩组织(叶片等):1g
    常规冻存组织:3g
    备份1-2份
    特殊组织类型需评估
    置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。
    建议选取幼嫩的叶片。
    植物组织处理方法:
    (1)从植物体上取下新鲜组织,用灭菌水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;
    (2)如果组织体积较大,应在冰上将组织剪切成 5 cmX2 cm 左右小块或薄片,然后放 入50 ml带有螺旋盖的冻存管或锡箔纸中,准备标记样本名称;
    (3)立即浸入液氮中速冻10 min,之后保存于-80℃冰箱;
    注意:植物多含有次生代谢物或多糖多酚,存在较高失败率,因此一定要选取幼嫩叶片。

4. 其他类型样本

  • 样本类型 送样量
    全血 需要分离出细胞,按细胞要求送样。
    直接送全血
    样本量:分哺乳动物和非哺乳动物,哺乳动物 1 个库最少 1ml,非哺乳动物 1 个库最少
    500ul,建议送备份样本。
    送样建议:取血液于紫色 EDTA 抗凝管中,用抗凝管取血后,画 8 字,轻柔摇晃 6 次,
    充分混匀,液氮速冻,速冻时可以放到 50ml 管里以免抗凝管冻裂,干冰送样即可。

5. 注意事项

(1)Hi-C建库测序、Hi-C3D图谱、互作图谱、单体型图谱必须有参考基因组。其中Hi-C3D图谱以染色体水平基因组分析效果最佳;其他有初版参考基因组即可,或以近源物种基因组作为参考。
(2)确保样本无外源污染,Hi-C实验不对样本进行污染源检测;对于体量较小、解剖存在困难的物种,需要提前进行饥饿处理,减少后期数据污染。
(3)细胞不可经过核酸染⾊等步骤,以免影响DNA分⼦结构,对后续实验造成影响。
(4)收集好的样品放到离心管或EP管(不建议将样品直接装入密封袋),干冰运输并录样为【RNA组织】。
(5)对于流式细胞仪分选的细胞样本,由于⼤量细胞会在分选过程中损伤或死亡,请务必注意操作的及时性。
(6)细胞计数不宜使⽤流式细胞仪。

6. 样本打包及寄送建议

  • 6.1 样本的打包

    (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
    (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
    (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
    (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
    (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
    (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
  • 6.2 样本的名称标识

    (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
    (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
    (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
    (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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