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与参考基因组比对
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比对率、测序深度、覆盖度分析
反映了样本测序数据与参考基因组的相似性。
测序深度，指比对到参考基因组的碱基总数除以基因组大小；
覆盖度，指被测到的该物种基因组的碱基总数占该物种基因组长度的百分比；
测序深度和覆盖度能够直接反应测序数据的均一性及与参考序列的同源性。 测序深度及覆盖度统计
| Name | Mapped reads | Total reads | Mapping Rate (%) | Average depth (×) | Coverage at least 1 or 4 × (%) |
| Sample 1 | 33,715,993 | 34,903,794 | 96.60 | 12.77 | 97.33 or 94.11 |
| Sample 2 | 67,686,930 | 69,676,436 | 97.14 | 25.08 | 98.77 or 95.24 |
SNP检测及注释
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开发SNP标记并进行注释
包括单个碱基的转换、颠换等。我们采用SAMTOOLS等软件进行个体SNP的检测。
为了降低SNP检测的错误率，选用如下标准进行过滤：
(1) SNP的reads支持数不低于4；(2) SNP的质量值(MQ)不低于20。
SNP检测及注释结果统计
ANNOVAR是一种高效的软件工具，它能利用最新的信息，对由多个基因组检测出的基因变异进行功能注释。
鉴于ANNOVAR强大的注释功能和国际的认可性，我们利用它对SNP检测结果进行注释。 SNP检测及注释结果统计
| Category | Number of SNPs | |
| Upstream | 203,062 | |
| Exonic | Stop gain | 2,142 |
| Stop loss | 564 | |
| Synonymous | 247,194 | |
| Non-synonymous | 167,809 | |
| Intronic | 321,306 | |
| Splicing | 1,471 | |
| Downstream | 189,867 | |
| upstream/downstream | 51,199 | |
| Intergenc | 986,703 | |
| ts | 1,256,052 | |
| tv | 915,265 | |
| ts/tv | 1.372 | |
| Total | 2,171,317 | |
SNP检测质量分布
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单个样本构建染色体跨度单体型
SNP突变频谱
全基因组SNP突变可以分成6类。以T:A>C:G为例，此种类型SNP突变包括T>C和A>G。由于测序数据既可比对到参考基因组的正链，也可比对到参考基因组的负链，
当T>C类型突变出现在参考基因组正链上，A>G类型突变即在参考基因组负链的相同位置，
所以将T>C和A>G划分成一类。
InDel检测及注释
InDel是指基因组中小片段的插入和缺失序列。利用SAMTOOLs检测长度小于50bp的小片段插入与缺失（InDel），然后用ANNOVAR软件对检测出的InDel进行注释。
InDel检测及注释结果统计
| Sample | CK9 | NJ6 | |
| Upstream | 3,075 | 30,977 | |
| Exonic | Stop gain | 8 | 68 |
| Stop loss | 1 | 24 | |
| Frameshift deletion | 228 | 1,416 | |
| Frameshift insertion | 210 | 1,168 | |
| Non-frameshift deletion | 244 | 2,629 | |
| Non-frameshift insertion | 231 | 2,627 | |
| Intronic | 3,091 | 29,553 | |
| Splicing | 15 | 80 | |
| Downstream | 2,337 | 23,814 | |
| Upstream/Downstream | 475 | 5,161 | |
| Intergenic | 21,431 | 181,216 | |
| Insertion | 14,821 | 133,095 | |
| Deletion | 16,538 | 145,709 | |
| Het rate(‰) | 0.008 | 0.589 | |
| Total | 31,359 | 278,804 | |
SV检测及注释
SV（结构变异）指基因组水平上大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。可利用BreakDancer软件，进行插入、缺失、倒置、染色体内部迁移、染色体间的迁移的检测，然后利用ANNOVAR进行变异注释。为保证结果的可靠性过滤去掉PE reads支持数小于2的SV结果。
SV检测及注释结果统计
| Sample | CK9 | NJ6 |
| Upstream | 156 | 1,266 |
| Exonic | 339 | 2,455 |
| Downstream | 110 | 1,023 |
| Intronic | 123 | 889 |
| Upstream/Downstream | 27 | 189 |
| Intergenic | 1,195 | 8,915 |
| Splicing | 0 | 6 |
| INS | 632 | 2,022 |
| DEL | 1,140 | 11,500 |
| INV | 178 | 1,221 |
| ITX | 190 | 1,097 |
| CTX | 1,317 | 7,286 |
| Total | 3,457 | 23,126 |
CNV检测及注释
CNV（拷贝数变异）指基因组片段的拷贝数增加或者减少。可通过CNVnator进行检测，即通过基因组上不同的reads 覆盖深度，判断潜在的拷贝数增加和拷贝数减少，并通过ANNOVAR进行变异注释。
SV检测及注释结果统计
| Sample | CK9 | NJ6 |
| Upstream | 107 | 240 |
| Exonic | 422 | 1,421 |
| Intronic | 24 | 68 |
| Downstream | 53 | 182 |
| Upstream/Downstream | 17 | 61 |
| Intergenic | 1,124 | 3,210 |
| Duplication number | 552 | 1,522 |
| Deletion number | 1,195 | 3,660 |
| Duplication length(bp) | 5,267,100 | 18,373,100 |
| Deletion length(bp) | 16,177,800 | 46,817,400 |
| Total | 1,747 | 5,182 |
基因组结构变异展示
为了形象化展示样本中的结构变异，对数据做如下处理：1. 对于SNP和InDel，画出其在染色体上的密度分布；
2. 对于SV及CNV，画出它们在染色体上的位置及大小。
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