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转录调控测序

Clean长度统计

由于核糖体保护的 RNA 片段(RPF)的长度在 28nt 左右 (26-32nt)富集,统计片段分部可以评估实验富集的效果。对 各样品的 Ribo-seq 的 clean data 进行长度统计。

定量与差异分析

计算各样本所有基因的表达值 (RPKM) 后,通过盒形图、小提琴图、密度分布图展示不同样本基因表达水平的分布情况。根 据项目情况,设置差异基因筛选阈值,展示每个比较组合的差 异基因(包括上调和下调)热图、聚类分析及功能富集结果。

TE分析

结合转录组数据计算 TE,在 TE 层面进行定量和差异分析,以 及 GO、KEGG 功能富集分析。

P-site分析

翻译过程中,核糖体相对于 RNA 以密码子长度(3 nt)为单位移动。因此,以 P - 位点为基准,来源于正常翻译过程的 RPF 片段应该在 RNA 上呈现 3 碱基的周期性分布。这是判断一个 RNA 是否被翻译的直接证据

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