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First genomic prediction and genome-wide association for complex growth-related traits in Rock Bream (Oplegnathus fasciatus)

期刊:Evolutionary Applications
发表年份:2022.09

岩鲷(Oplegnathus fasciatus)是重要的水产养殖物种。作者通过使用六个统计模型进行真实数据分析来提高育种价值准确性,并进行全基因组关联研究(GWAS),以剖析重要的生长相关性状(体重、总长度和身体深度)的遗传结构。经过位点过滤,为455条岩鲷获得了16,162个SNP基因型。这三个性状的遗传性适中(BW为0.38,TL为0.33,BD为0.24),并且GWAS分析发现潜在的遗传结构是多基因调控的。通过使用六个统计模型(GBLUP、BayesA、BayesB、BayesC、Bayesian Ridge-Regression和Bayesian LASSO)进行育种值(GEBV)估计,发现六个模型的可预测性方面性能相似。另外研究发现,低SNP密度(基于GWAS的约1K选择的SNP)足以预测现在研究种群中三种生长相关性状的繁殖值,这将在此类先进标准繁殖种种群的基因分型成本和可预测性之间提供良好的折衷。这些序列表明,在岩鲷育种中采用基因组选择可以为选择育种候选物提供优势,以促进复杂的经济增长特征。

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