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鸡调控元件图谱: 鸡遗传学和基因组学资源

An atlas of regulatory elements in chicken: A resource for chicken genetics and genomics

期刊： Science Advances
影响因子：13.6
发表单位：美国加州大学戴维斯分校
发表年份：2023年5月

一、研究背景

在全球范围内，鸡的生产产生了所有动物蛋白质的三分之一，作为研究最深入的鸟类物种之一，鸡填补了我们理解哺乳动物和鸟类之间进化关系的重要空白。

二、研究结果

1.染色质状态的预测和表征
我们进一步探讨了DNA甲基化与调控元件之间的关系。我们发现启动子的甲基化水平最低，其次是ATAC岛、增强子和Polycomb抑制区域（图2E），这与这些调控元件调控基因表达的方式以及甲基化水平与基因表达之间的普遍负相关相一致。我们还观察到，具有ATAC信号的增强子（即EnhA和EnhAMe）的甲基化水平低于没有ATAC信号的增强子，这与我们之前在猪中的发现一致。
2.组织特异性染色质状态及其功能注释
我们发现所推断的TFs在相应组织中的表达水平高于其他组织。这表明这些组织特异性增强子是TF活性的热点，并在组织特异性的基因表达调控中发挥重要作用。
3.超级增强子的鉴定和表征
结果共同表明，超级增强子在鸡的组织特性和功能中起着关键作用。
4.探索增强基因组注释对鸡生物学的应用
研究结果表明，该调控元件图谱提供了进一步的特性，可能有助于更好地了解鸡的单基因和复杂性状的分子机制以及适应性进化和选择。

三、研究结论

这种对鸡基因组调控元件的广泛注释将有助于研究人员解码复杂性状和适应性进化的分子机制，并为实现家禽重要经济性状的遗传改良提供强有力的资源

四、参考文献

Pan Z, Wang Y, Wang M, Wang Y, Zhu X, Gu S, Zhong C, An L, Shan M, Damas J, Halstead MM, Guan D, Trakooljul N, Wimmers K, Bi Y, Wu S, Delany ME, Bai X, Cheng HH, Sun C, Yang N, Hu X, Lewin HA, Fang L, Zhou H. An atlas of regulatory elements in chicken: A resource for chicken genetics and genomics. Sci Adv. 2023 May 3;9(18):eade1204. doi: 10.1126/sciadv.ade1204. Epub 2023 May 3. PMID: 37134160; PMCID: PMC10156120.