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表观组测序

与参考基因组比对

  • 严格的比对率、MspI 酶切效率、覆盖深度、甲基化位点分析

展示的比对率是指唯一比对上的 reads 数占总 reads 数的 比例,是测序获得的有效数据。MspI 酶切效率即唯一比对 的 reads 中含酶切位点 reads 所占比例。通过软件比对, 进行甲基化位点分析,获得样本中可靠的甲基化位点信息。

甲基化的分布

  • 反应不同样本的甲基化的水平

不同样本上的甲基化水平分布,反映了不同样本之间甲基化 水平的差异。

差异甲基化(DMR)分析

差异甲基化修饰区域(Differentially Methylated Region, DMR)指在不同样本之间,甲基化修饰水平具有显著差异的 基因组区域,这些区域在基因表达调控方面发挥重要作用。 利用 DMR 所在的基因组位置与基因组结构注释信息,对其 进行结构注释。通过 DMR 鉴定,并将锚定的基因、锚定的 promoter 区域相关基因绘制维恩图进行展示。

相关基因富集分析

  • 相关基因富集分析

Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。对相 关基因做 GO 富集分析,可以挖掘 DMR 调控基因相关的生物 学功能、细胞组成、生物学过程。

KEGG 富集分析

在生物体内,不同基因相互协调行使其生物学功能,通过 Pathway 显著性富集能确定相关基因参与的最主要生化代 谢途径和信号转导途径。

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