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基因组Survey
真菌精细图正式测序组装之前，需要进行一个Survey 步骤，以获得基因组大小、复杂程度的基本信息。
数据质控
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1. 组装前质控
三代测序最基本的优势特征，是其独特的测序读长，因此足够长的测序读长，是保证三代测序组装质量的基础。平均10 Kb以上的测序读长，可以解决绝大部分重复序列，保证了真菌基因组精细图的质量。 -
2、组装后质控
基因组覆盖的均匀性，也是组装质量的重要指标，测序覆盖越均匀，每个单碱基的重复次数越好，最终结果的准确性也就越高。以三代测序为例，全基因组范围测序数据覆盖是较为均匀的（见下图）。
基因组结构注释
真菌基因结构较为复杂，为保证最终注释结果的准确性，我们结合了三种不同的软件方法进行基因预测，并对结果进行整合，以获得尽可能可靠的基因结构信息。
基因功能注释
通过一系列基本功能数据库的注释，可以获得编码基因在不同数据库中的同源信息，以解释编码基因在真菌生理中的功能。以GO为例，可以在将基因的功能归属到丰富的功能分类中去。
基因家族构建
基于多个样品间基因序列间的相似度，使用MCL算法进行聚类，可以获得样品间的同源基因家族信息。
基因组进化分析
基于多个基因组间的基因家族单拷贝基因信息，可以构建菌株间的系统进化树，用于解析菌株之间的进化关系。
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