基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
数据质控
测序得到的原始测序序列(Sequenced Reads)或者raw reads,里面含有带接头的、低质量的reads,为了保证信息分析质量,必须对raw reads过滤,得到clean reads,后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率,测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。转录本长度分布统计
用主流拼接软件将测序序列拼接成转录本,取每条基因中最长的转录本作为unigene,以此作为参考序列用于后续分析。对拼接后的转录本长度进行统计,可据此评判拼接效果。基因表达水平分析
以unigene为参考序列,将每个样品的clean reads与参考序列进行比对。进一步得到每个样品比对到每个基因上的readcount值,并对其进行FPKM转换以衡量基因的表达水平。差异基因筛选
火山图可以直观展现q value与log2(fold change)的关系。当样品无生物学重复时,差异基因数目会偏多,为了控制假阳性率,需q value结合fold change来筛选。差异基因表达水平聚类分析
差异基因聚类分析用于判断不同实验条件下基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集,将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值,用于聚类分析。Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:北京诺禾致源科技股份有限公司 京ICP备15007085号-1