• 客户服务系统CSS
  • |
  • |
诺禾致源

 > 

科技服务

 > 

基因分型

案例一 非洲疟疾传播媒介冈比亚按蚊的遗传多样性

Genetic diversity of the African malaria vector Anopheles gambiae

文章杂志:Nature
影响因子:40.137
文章单位:剑桥、牛津等
发表年份:2017.11

一、研究背景

An. gambiae 是非洲 Plasmodium falciparum 的主要传播媒介,使用杀虫剂来进行处 理减少了疟疾的发病率和死亡率,但是增加了 An. gambiae 对杀虫剂的抗性,更好的理解导致该现象的分子机制以及生态和进化进程,对于延长杀虫剂使用寿命, 加速对传播媒介控制的新策略和工具的发展至关重要。本研究旨在探索不同国家地区 An. gambiae An. coluzzii的群体结构、基因流动情况以及探索 耐药性基因。

二、技术路线

样本选择
检测方法
数据分析

765个野生样本、
80个实验室样本

全基因组重测序、 Sanger、
Sequenom MassARRAY 质谱

群体结构、基因流动、
抗性基因等

三、研究结果

1. 全基因组重测序之后,与 AgamP3 参考基因组进行比对,发现了52,525,957 个高质量的 SNP 变异,核苷酸多样性平均为1.5%,显示了蚊子是具有遗传多样性的真核生物。
2. 质谱验证结果与 WGS 结果比较显示,杂合的一致性为97.45%,纯合突变一致性为99.99%。
3. CRISPR/Cas9 靶位点筛选,作者鉴定了863个抗性相关基因,其中包含13个与不育相关的基因的靶位点,并提出基因驱动必须针对同一基因内的多个靶点。
4. 作者分析了两个种之间高度分化的506个 SNP,表明 An. gambiae An. coluzzii 之间具有基因渗入的现象。
5. 基因组表现出杀虫剂耐药基因的正向选择,包括 Vgsc、Gste、Cyp6p 基因等。

placeholder+image

四、研究结论

不同国家地区 An. gambiae An. coluzzii 具有基因流动现象,并具有耐药性基因;该研究探索了蚊子如何应对我们目前的控制措施,为未来如何设计更好的技术和策略对蚊子进行防治提供了指导。

案例二 葡萄糖转移基因 SLC2A2 的变异与使用降压药后的血糖反应有关

Variation in the glucose transporter gene SLC2A2 is associated with glycemic response to metformin

文章杂志:Nature Genetics
影响因子:27.959
文章单位:邓迪大学医学院与加州大学旧金山分校生物工程与治疗科学系
发表年份:2016年

一、研究背景

二甲双弧是典型的降血糖的药物,全球的用户超过了1亿,但是其作用机制尚不清楚。除糖尿病之外,二甲双弧还对其他病有益处,例如脂肪肝、帕金斯 病等。但是事实上,很多2型糖尿病人患者不能响应正常剂量的二甲双弧。作者旨在寻找特异性的遗传标记,为精准医疗提供指导。

二、技术路线

样本准备
检测方法
数据分析

筛选1,372个样本、
第一阶段1,473样本、
第二阶段1,223样本、
第三阶段10,557欧洲血统
与2,566非欧洲血统样本

GWAS 筛选,Sequenom MassArray、
TaqMan 验证

Hardy?Weinberg 平衡、
逻辑回归、遗传分析、meta 分析

三、研究结果

1. 研究者对10,557名欧洲血统参与者进行 Meta 分析,发现在调整 HbA1c 基线时,每个 C 等位基因拷贝都与糖化血红蛋白降低0.07% 有关;不经调整,C 等位基因的等位效果为0.17。

placeholder+image

2. 研究者为缩小候选的致病基因和变异列表而进行了局部 Meta 分析,发现变异型 rs8192675 及其代用物与 HbA1c 降低的相关性最强。研究人员在1,226个符合欧洲血统的肝脏样本中检测了 rs8192675 是否为 eQTL,结果显示 rs8192675 作为 SLC2A2 的最高 cis-eQTL,其中C等位基因的表达降低,表明 rs8192675 位点的 C 等位基因与 SLC2A2 的低表达有关。

placeholder+image

3. 作者研究了 rs8192675 的潜在临床影响,发现肥胖患者的临床潜力更大,C 等位基因纯合子携带者的 HbA1c 百分比比 T 等位基因纯合子携带者降低0.33%。

四、研究结论

该研究建立了 rs8192675 与二甲双弧诱导的 HbA1c 降低之间的强大的多种族队列关系。二甲双胍可改善 SLC2A2 表达降低导致2型糖尿病患者在开始治疗前葡萄糖稳态存在的缺陷,而且在肥胖患者中,rs8192675 可作为分层医学的生物标记。

参考文献

[1] Miles A, Donnelly M J, Stalker J, et al. Genetic diversity of the African malaria vector Anopheles gambiae[J]. Nature, 2017, 552:96?100.
[2] Zhou K, Yee S W, Seiser E L, et al. Variation in the glucose transporter gene SLC2A2 is associated with glycemic response to metformin[J]. Nature genetics, 2016, 48 (9) :1055.

Copyright@2011-2024 All Rights Reserved    版权所有:北京诺禾致源科技股份有限公司    京ICP备15007085号-1

一对一业务咨询

一对一业务咨询

在线客服

联系方式

联系电话

400-658-1585

企业邮箱

service@novogene.com
返回顶部