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单细胞测序

Peak 注释

peak相对TSS的分布

为研究 TSS 侧翼的开放性程度,我们根据其与 peak 的距离,统 计 TSS 临近区域的peak 分布情况。

peak在功能区域上的分布

使用 ChIPseeker 对 peak 在基因组不同功能区域(promoter、5’UTR、3’UTR、 Exon、Intron、Downstream、Intergenic)上的分布进行注释和统计。

聚类分析

基于ATAC的peak信号,可对细胞进行聚类分析,然后通过t-SNE对样本进行降维、可视化,展示细胞的分群情况。 Chen X, Miragaia R J, Natarajan KN, et al. A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling[J]. Nature Communications, 2018. ttp://dx.doi.org/10.1101/309831.

Maker基因展示

通过聚类分析得到的各cluster中差异高表达的基因,针对这些特征性marker基因以多种形式进行展示。 Pervolarakis N, Sun P, Gutierrez G, et al. Iisntegrated single-cell transcriptomics and chromatin accessibility analysis reveals novel regulators of mammary epithelial cell identity[J]. Cell Reports,2019. doi: https://-doi.org/10.1101/740746

Motif注释分析

将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库JASPAR关联,可对cluster的每个Motif进行注释,然后把Motif注释结果投射到t-sne细胞分群图。可以把cluster差异motif,在t-SNE分群图中可视化,展示Motif活性信号。 Cusanovich D A,Hill A J, Aghamirzaie D, et al. Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility[J]. Cell, 2018, 147(5): 1309-1324. DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.06.052

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