10X 单细胞ATAC-结果展示-诺禾致源

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10X 单细胞 ATAC

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送样建议

1.原始数据预处理

TAC进行基本的数据分析，主要结果包括：测序数据的产出和质量统计、参考基因组比对情况、实验捕获的细胞数目统计、细胞的fragments统计、fragments的基因组特征区域分布等。基于Cell Ranger A

2.差异Peak分析

将每个cluster和剩余所有cluster之间进行差异可接近性比较，可以找到每个cluster特有的开放区域。

3.Peak注释

为研究 TSS 侧翼的开放性程度，我们根据其与 peak 的距离，统计TSS临近区域的peak分布情况；后续使用ChIPseeker 对 peak 在基因组不同功能区域（promoter、5’UTR、3’UTR、 Exon、Intron、Downstream、Intergenic）上的分布进行注释和统计。

4.聚类分析

基于ATAC的peak信号，可对细胞进行聚类分析，然后通过t-SNE对样本进行降维、可视化，展示细胞的分群情况^[1]。

5.Maker基因展示

通过聚类分析得到的各cluster中差异高表达的基因，针对这些特征性marker基因以多种形式进行展示^[2]。

6.Motif注释分析

将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库JASPAR关联，可对cluster的每个Motif进行注释，然后把Motif注释结果投射到t-SNE细胞分群图。可以把cluster差异motif，在t-SNE分群图中可视化，展示Motif活性信号^[3]。

7.10x 单细胞转录组和10x ATAC联合分析

使用FindTransferAnchors鉴定scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集的锚点进行整合分析^[4]。

参考文献

[1] Chen X, Miragaia R J, Natarajan KN, et al. A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling[J]. Nature Communications, 2018.
[2] Pervolarakis N, Sun P, Gutierrez G, et al. Iisntegrated single-cell transcriptomics and chromatin accessibility analysis reveals novel regulators of mammary epithelial cell identity[J]. Cell Reports,2019.
[3] Cusanovich D A，Hill A J, Aghamirzaie D, et al. Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility[J]. Cell, 2018, 147(5): 1309-1324.
[4] Long, Zhilin et al.“Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma.”Cell discovery vol. 8,1 68. 19 Jul. 2022.