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基因分型

850K甲基化芯片

850K甲基化芯片—方便快捷的甲基化检测方法

  • DNA甲基化是指在 DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。DNA 甲基化能引起染色质结构、DNA 构象、DNA 稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。
    850K甲基化芯片(HumanMethylation850 BeadChip)是由Illumina公司开发的甲基化位点检测芯片。850K甲基化芯片包含>850,000个CpGs,分布于增强子、基因编码区、启动子区和CpG岛。相比较于全基因组甲基化检测,该芯片周期短、价格低,并可以接受 FFPE 样本。

芯片位点

  • (1)涵盖 Infinium Methylation 450 BeadChip 芯片中的>90%的位点
    (2)CpG 岛以外的 CpG 位点
    (3)人类干细胞中的非 CpG 甲基化位点(CHH位点)
    (4)肿瘤(多种类型的癌症)VS 正常样本中的不同甲基化位点,可以检测多种样本类型
    (5)FANTOM5 增强子
    (6)ENCODE 开放染色质和增强子
    (7)脱氧核糖核酸酶超敏位点
    (8)miRNA 启动子区域

技术优势

  • (1)广泛的基因组覆盖范围:每个样本检测>850,000个 CpG 位点。
    (2)分辨率高:单碱基分辨率,可以直接检测到发生甲基化的确切位点。
    (3)高质量的数据:同时采用 Infinium I 及 II 探针设计,是检测范围最大化。
    (4)可重复性高:自身技术重复相关性R2>0.98;850K VS 450K 交集探针间相关性R2>0.98。
    (5)适用于 FFPE 样品。

应用方向

  • 癌症疾病

    肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等研究。
  • 胚胎发育

    人胚胎细胞发育研究

诺禾优势

  • 1.周期短

    样本为8的倍数时,周期仅需30天!
  • 2.专业背景强

    基于成熟的生物信息分析人才,进行专业的项目分析。
  • 3.科学方案设计

    从材料选取、探针捕获、到检测分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

检测原理

850K 甲基化芯片流程展示

  • 探针一:

    对于每个甲基化位点,都对应设计有两种探针:M 型磁珠、U 型磁珠。M 型磁珠尾部为 G,用来检测甲基化位点;U型磁珠尾部为 A,用来检测未甲基化位点。
    基因组上的某一位点如果被甲基化了,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC 仍为 GC,与M 型磁珠配对,荧光标记的核苷酸掺入后能被检测到荧光信号,M 型磁珠发光。反之,如果没有被甲基化,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC 变为 GT,与 U型磁珠配对,延伸后U 型磁珠发光。
  • 探针二:

    Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠,探针末端为 C,配对后只掺入单个碱基。根据荧光类型判断掺入的碱基类型,即可判断是否被甲基化。

信息分析

850K甲基化芯片可以进行DMP、DMR信息挖掘,并进行系列数据分析,助力高分文章发表。
850K甲基化芯片 分析内容 1. 样本的 β 值密度曲线
2. 各样本的 β 值箱线图
3. PCA 图
4. 标准化后的甲基化位点总表
5. 差异甲基化位点(DMP)列表
6. 差异甲基化区域(DMR)列表
7. 差异甲基化位点热图 / 散点图 / 火山图
8. DMP 对应基因的 GO 和 KEGG 富集
9. DMR 对应基因的 GO 和 KEGG 富集
10. Functional Epigenetic Modules 分析
11. CNV 展示

关联分析

通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析,可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性,样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此850K甲基化芯片和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究,生物性状等多种领域。
基于多组学文章中的应用场景和经验,诺禾致源搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程,以助力科研者们发表高分文章。
850K甲基化芯片与mRNA关联分析 1.应用FEM(Functional Epigenetic Modules)对DNA甲基化和基因表达进行系统级的综合分析
2.利用甲基化位点对应的基因和转录组数据对应的基因信息,进行关联分析绘制starburst散点图
3.应用差异甲基化位点数据和转录组差异基因数据绘制甲基化与转录组相关的circos图
4.利用850K甲基化芯片获得的DMR信息,与转录组检测获得的与DMR最接近的基因表达情况,进行甲基化与转录组的联合分析并绘制相关性热图
5.根据转录组数据分别得出高、低表达的基因,分析转录组差异基因上对应的甲基化位点甲基化水平

送样建议

样本类型 送样建议
组织样本 ≧3g;≧1g(样品珍贵);口腔拭子≧3份
FFPE 1.推荐用试剂盒进行修复
15-20张切片(5-10μm厚,1×1 cm 2大小)
核酸DNA 不少于1.5μg,不少于50ng/μl
细胞 ≥ 5×10 6
全血 ≥ 1.5mL

常见问题

  • 1. 怎样判断850K 芯片是否包含客户关心的位点?

    • 这款芯片全面覆盖 CpG 岛、启动子区的 CpG,还增加了增强子区(新增了333,265 个探针覆盖来自 ENCODE 及 FANTOM5 计划的增强子)以及基因编码区的探 针覆盖。客户可以根据芯片位点分布来判断。除此之外,我们还可以提供芯片具体的位点信息帮助客户判断位点是否在芯片中。
  • 2. 与450K 芯片相比,850K 芯片存在哪些优势呢?

    • 这款芯片保留了450K 芯片中90%以上的重要位点,又根据 ENCIDE 和 FANTOMS5 等的研究成果,增加了333,265个增强子区的位点。位点数更多、覆盖更广、性价比更高。
  • 3. 这款芯片的检出率和准确率有多少,甲基化转化率有多少?

    • 目前对于甲基化研究的方法是无法用准确率来衡量的,在质检合格的情况下,甲基化芯片针对同一个样本,两次检测的一致性R 2>98%,与全基因组甲基化测序相 比一致性R 2>90%。Illumina 官方的检出率是>96%。

拓展材料

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