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850K甲基化芯片—方便快捷的甲基化检测方法
芯片位点
技术优势
应用方向
癌症疾病
肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等研究。胚胎发育
人胚胎细胞发育研究诺禾优势
1.周期短
样本为8的倍数时,周期仅需30天!2.专业背景强
基于成熟的生物信息分析人才,进行专业的项目分析。3.科学方案设计
从材料选取、探针捕获、到检测分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。检测原理
探针一:
对于每个甲基化位点,都对应设计有两种探针:M 型磁珠、U 型磁珠。M 型磁珠尾部为 G,用来检测甲基化位点;U型磁珠尾部为 A,用来检测未甲基化位点。探针二:
Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠,探针末端为 C,配对后只掺入单个碱基。根据荧光类型判断掺入的碱基类型,即可判断是否被甲基化。信息分析
850K甲基化芯片可以进行DMP、DMR信息挖掘,并进行系列数据分析,助力高分文章发表。850K甲基化芯片 分析内容 | 1. 样本的 β 值密度曲线 |
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2. 各样本的 β 值箱线图 | |
3. PCA 图 | |
4. 标准化后的甲基化位点总表 | |
5. 差异甲基化位点(DMP)列表 | |
6. 差异甲基化区域(DMR)列表 | |
7. 差异甲基化位点热图 / 散点图 / 火山图 | |
8. DMP 对应基因的 GO 和 KEGG 富集 | |
9. DMR 对应基因的 GO 和 KEGG 富集 | |
10. Functional Epigenetic Modules 分析 | |
11. CNV 展示 |
关联分析
通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析,可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性,样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此850K甲基化芯片和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究,生物性状等多种领域。850K甲基化芯片与mRNA关联分析 | 1.应用FEM(Functional Epigenetic Modules)对DNA甲基化和基因表达进行系统级的综合分析 |
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2.利用甲基化位点对应的基因和转录组数据对应的基因信息,进行关联分析绘制starburst散点图 | |
3.应用差异甲基化位点数据和转录组差异基因数据绘制甲基化与转录组相关的circos图 | |
4.利用850K甲基化芯片获得的DMR信息,与转录组检测获得的与DMR最接近的基因表达情况,进行甲基化与转录组的联合分析并绘制相关性热图 | |
5.根据转录组数据分别得出高、低表达的基因,分析转录组差异基因上对应的甲基化位点甲基化水平 |
送样建议
样本类型 | 送样建议 |
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组织样本 | ≧3g;≧1g(样品珍贵);口腔拭子≧3份 |
FFPE |
1.推荐用试剂盒进行修复 15-20张切片(5-10μm厚,1×1 cm 2大小) |
核酸DNA | 不少于1.5μg,不少于50ng/μl |
细胞 | ≥ 5×10 6 |
全血 | ≥ 1.5mL |
常见问题
1. 怎样判断850K 芯片是否包含客户关心的位点?
2. 与450K 芯片相比,850K 芯片存在哪些优势呢?
3. 这款芯片的检出率和准确率有多少,甲基化转化率有多少?
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