RIP-seq-经典案例-诺禾致源

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RIP-seq

m⁶A去甲基化酶ALKBH5通过维持FoxM1表达和细胞增殖过程，从而保持胶质母细胞瘤干细胞样细胞的致瘤性

m⁶A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining
FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program

期刊：Cancer cell
影响因子：27.406
发表单位：MD安德森癌症中心
发表年份：2017年4月

一、研究背景

作者发现在胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs）中RNA去甲基化酶ALKBH5表达增高可通过调控FOXM1，从而有助于自身更新及致瘤性。FOXM1反义lncRNA促进ALKBH5与FOXM1 RNA的相互作用，导致去甲基化作用及FOXM1的基因表达升高。

二、方法流程

取材

建库

测序

信息分析

GSC11细胞系和GSC17细胞系

RNA样品，进行meRIP

Illumina HiSeq，SE50

m⁶A的分布情况，motif分析，
m⁶A差异峰分布模式，与基因表
达水平关系分析。

三、研究结果

利用m⁶A-seq和基因芯片预测ALKBH5的下游靶标FOXM1
作者比较了control和shALKBH5 GSC中m⁶A的分布情况，在GSC11细胞系中 GGACU motif在m⁶A位点处高度富集。由于ALKBH5是去甲基化酶，这新出现的特异峰应该包含了ALKBH5的真实靶标。随后作者在全部峰和特异峰中研究了m⁶A的分布模式。当把RNA分为5’UTR、CDS、3’UTR、ncRNA时，发现了整体/共同m⁶A相似的分布模式。此外还研究了这些差异峰是否与表达基因相关，找到与观察现象相关、可改变增殖相关基因表达的候选基因。

四、研究结论

ALKBH5通过使FOXM1前体mRNA 3’UTR去甲基化，从而使其与HUR结合，促进FOXM1前体mRNA表达，进而促进FOXM1表达，对GSC增殖和肿瘤形成过程产生重要影响。

参考文献

Zhang S, Zhao BS, Zhou A, et al. m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program[J]. Cancer cell, 2017, 31(4):591-606.

m6A去甲基化酶ALKBH5通过维持FoxM1表达和细胞增殖过程，从而保持胶质母细胞瘤干细胞样细胞的致瘤性

m⁶A去甲基化酶ALKBH5通过维持FoxM1表达和细胞增殖过程，从而保持胶质母细胞瘤干细胞样细胞的致瘤性