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多组学联合分析

表观组学(染色质微环境)

常见的表观组及染色质微环境研究有 DNA 甲基化、RNA 甲基化、DNA 与蛋白互作、染色质可及性和染色质互作等,这些修饰的改变对机体生理过程的发生发展等都有着重要的影响。

分析思路

应用方向

  • DNA 甲基化:

    DNA 甲基化参与基因表达调控、基因沉默、DNA 损伤修复以及癌症发生等 重要生物学过程,是研究最深入的表观遗传调控机制之一。
  • Hi-C:

    Hi-C 技术利用高通量测序技术,结合生物信息学分析方法,研究全基因组范围内整 个染色质 DNA 在空间位置上的关系,构建染色体跨度单体型,同时捕获不同基因座位上 之间的空间交互信息,获得高分辨率的染色质三维结构信息,并能开发调控基因的 DNA 元件。
  • ATAC-seq:

    ATAC-seq 技术通过转座酶对某特定时空下开放的核染色质区域进行切割, 进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,是一种创新的染色质开放性研究技术。
  • RNA 甲基化(m6A 修饰):

    m6A 是真核生物 mRNA 最常见的一种转录后修饰,可参与调 节生物体中多种生物学过程,在细胞加速 mRNA 代谢和翻译以及在细胞分化、胚胎发育和 压力应答等过程中起重要作用,是当今最热门的研究领域之一。
  • ChIP-seq:

    ChIP-seq 结合了染色质免疫共沉淀技术(ChIP)和高通量测序技术,能够高 效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的 DNA 区段,已成为检测 DNA 靶位点与其相应转录因子(TF)、表观遗传组蛋白修饰以及染色质重塑的体内相互作 用不可或缺的技术。
  • CUT&Tag:

    研究 DNA 与蛋白互作的革新技术。使用 Protein A/G 融合的转座酶,在抗体 引导下对靶蛋白结合位点附近进行 DNA 的片段化。可以真实的反映细胞内蛋白因子和基 因组 DNA 的结合情况,广泛应用于动植物的表观遗传研究。

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